長江北岸有三個運河口:瓜洲運口、儀真運口和白塔河口。
　　江浙來的漕船一般通過瓜洲運口北上。陳瑄動員鎮江、揚州、常州、儀征等地二萬余人，疏浚瓜洲壩河道，並設置兩座減水閘，成為比較完善的通航樞紐。湖廣、江西及長江上遊來的漕船沿長江東下，一般進入儀真運口，進入儀揚運河。陳瑄對儀真運口和河道大力疏浚，使它們方便通行。
　　運河的另一過江通道是泰州白塔河。江南來的船舶從孟瀆河到達長江，再沿長江上溯三百裡，到達瓜洲運口，然後北上，不僅跑冤枉路，而且江水滔滔，很不安全。
　　而離孟瀆河不遠，有條水淺狹窄、行船不便的白塔河。陳瑄大力開鑿白塔河，直通長江。這樣，江南來的船出了孟瀆河，通過白塔河，就可以直接北上了。
　　運河淮陰至徐州段，借黃河河道運輸。黃河經常決口，一條大河變成很多條小河，船走不了多遠就容易擱淺。而在百步、呂梁，卻是亂礁縱橫交錯，水勢洶湧，一不小心，船隻撞上礁石，一船貨物就泡了湯。陳瑄組織人力鑿掉亂礁河段的巨石，建立閘門蓄水。黃河水變得平緩，行船安全了，運河北上的通道變得順暢。
　　淮揚運河以西是大大小小的湖泊，在廣闊的湖上行船也不安全。陳瑄全面督浚淮揚運河，增築高郵河堤，在高郵湖堤內鑿渠四十裡，避開風濤之險。又大築寶應、汜光、白馬諸湖長堤，運輸條件則大為改善。
　　陳瑄沿運河建立大型物資轉運樞紐，在淮安、徐州、濟寧、臨清、德州、通州等地建立大倉庫，漕船分段運輸，保證北京供應。沿運河一線，建設近六百個管理處，有士兵保衛運河、引導船隻，如果船隻擱淺，則有專人拉纖(即“纖夫”)。他們光著脊背，喊著整齊的號子，拉著大船艱難跋涉，豆大的汗珠吧嗒吧嗒地落在石堤上。
　　運河上的纖夫，的確是一幅不錯的繪畫素材。
　　陳瑄還建設很多水閘和水庫(即“水櫃”)，使運河雨季行船安全、旱季河不乾涸。
　　這樣，大運河的運輸能力大大增加。
　　陳瑄運糧，由以前的每年二百萬石增加至五百萬石，朱棣不再擔憂北京的吃飯問題了。
　　大運河由此開啟長達五百余年的物流繁榮，成為溝通南北的黃金水道，成為中國空前融合的紐帶，成為明王朝的生命線，其作用不亞於今日的鐵路！
　　直至宣德八年(1433年)，六十九歲的陳瑄在淮安一線勘察水利，倒在其為之治河數十年的河堤之上，不幸病逝……宣宗追封其為平江侯，隆重地舉行國葬。他為治水貢獻畢生精力，做的運河規劃，目光長遠，精密周詳，治理漕河三十年，從未失誤、犯錯，功勳遠超東周時期的水利專家鄭國。
　　而這陳瑄雖然一開始為武將，但被永樂帝朱棣卻安排於一個風馬牛不相及的漕運總兵官，負責物資運輸，直讓人笑掉大牙。
　　但這陳瑄在此位上，一做便是數十年，做了一件澤被蒼生的大事情疏通京杭大運河，最後倒在為之奮鬥終生的河堤之上，這與大半生在海上航行，最後魂歸大海的鄭和卻是何等的相似。
　　大運河通了，但老百姓的負擔並未減輕。每年五百萬石糧食自湖廣、江西、浙江及蘇州、松江府運到北京，三千裡路，艱難跋涉，但是朝廷不出一分運費，全由百姓承擔。
　　江南百姓上繳的公糧，還需要自己運至山東臨清、江蘇淮安、徐州等地，搬到政府指定的官倉裡，一來一去要花一年時間，再由運糧兵運至北京。盡管運河上的運糧兵多達十二萬人，地方政府為省錢，經常征調百姓參與運糧。因此，農民正常的農業生產受到嚴重干擾，以至於許多人饑寒交迫，連飯都吃不上。
　　自永樂四年(1406年)閏七月始，永樂帝朱棣正式下詔建設北京，命令泰寧侯陳珪、工部尚書宋禮、副都禦史劉觀等人把物力集中到北京，建造宮殿和城牆。
　　宋禮、劉觀、戶部侍郎師逵、戶部侍郎古樸、右副都禦史虞謙等人分赴四川、湖北、湖南、浙江、山西和江西等林區組織伐木。陳珪在山東臨清、北直隸、河南、蘇州等地組織燒磚，此外派官員在北京開采巨石、燒製琉璃。
　　建造新首都的每一根柱子、每一塊石頭都浸透著勞苦大眾的血淚和汗水。
　　這些巨石是從哪裡來的?都是百姓從距北京七八十公裡外的大石窩(今房山南尚樂鄉石窩村)、馬鞍山、牛欄山、白虎澗等地弄來的。 大石窩產漢白玉，是宮廷巨石的主產地。馬鞍山、牛欄山則產青砂石，白虎澗產豆渣石。
　　紫禁城三大殿的台階石，塊塊均為“萬人石”。
　　因為每次采石有一兩萬人參加，有時多達數萬人。
　　搬運石頭的場面十分宏大。有的大石料八九十丈方，小的四五十丈方，搬運一塊需要一萬人。
　　搬運一塊長三丈有余、寬丈余米、厚約五尺的石頭，兩萬名民工喊著震天響的口號，邁著一致的步伐，一起拉動巨石，像蝸牛一般向工地爬行，不知為何會讓人聯想到古埃及人建設金字塔的場面……
　　民工們揮汗如雨，饑渴難耐，於是每一裡鑿一口旱井，供大家解渴。巨石搬運至工地，需要一個月的時間，花費十萬余兩白銀！
　　有的石頭用車拉，稍微省力一些。一塊石頭需十六輪大車裝載，以一千八百頭騾子拖拽。即便如此，搬到北京工地仍需二十二日，耗銀約七千兩。
　　建造宮殿需要大量的木料，材料過半才能動工。四川、湖南、湖北的原始森林是主要砍伐地。
　　砍樹運樹很危險，百姓痛苦不堪。有的官員體恤百姓，百姓做牛做馬還有個好心情。比如戶部侍郎古樸，在江西采伐木頭時，體恤百姓，受到大家稱讚。
　　而有的官員逼迫太急，官逼民反，惹出大麻煩。戶部侍郎師逵便是如此。