果然，在秀保的暗示下，不少譜代大名率先行動，並借此機會名正言順進入朝廷中樞。如藤堂高虎版籍奉還後成為右大臣，島清興之子島秀勝版籍奉還後成為左近衛大將，秀保為其在京都興建豪華宅邸，俸祿與在藩時收入相當，且因兩家封地較大，還特準許保留居城世代居住。

此外，秀保還規定，郡侯或享有郡侯待遇以上的大名可與皇室聯姻，大名間聯姻需則要奏明朝廷，否則當解除婚約並嚴懲。

最先嘗到甜頭的是原小浜藩主木下勝俊。

這位醉心和歌、流連京都繁華地的大名，家中財政相當困難，早就到了寅吃卯糧的地步。加之子嗣眾多，為了避免《推恩令》的影響，索性主動提出若狹一國八萬五千石(當時已並入敦州，縮並為遠敷、三方二郡)版籍奉還。

朝廷晉其為大飯伯(居城大飯城)後不久，很快又實封遠敷侯，位同輔郡侯，不僅可以與皇室聯姻，還獲得了宮內大輔的官職，協助管理宮內之事。不用為家中瑣事發愁，生活過得逍遙自在。

有此典型，此後十余年間，數十家大名選擇版籍奉還，全國地方大名數量也急速削減到了五十余家，且實力已難與開幕之前同日而語，朝廷已經取得了絕對優勢。

此外，歷代天皇都在皇統諸制度基礎上進行修改，力圖穩定統治的同時又能擇優治國，“皇統革新”可謂影響深遠。

皇統二十年(1653年)二月，孝明天皇東巡途中感染風寒，久病未愈，回京途中崩於江戶城，享年五十六歲。

本就病重的菊姬也因白發人送黑發人悲痛不已，終究藥石無用，於次月病逝，追號孝慈皇太后。

秀保年屆七十四，雖然在他心中，菊姬相對沒有駒姬那麽感情深厚，但他明白，這主要是她太為大局著想了，以至於有什麽煩心事、什麽委屈全都憋在心裡，以至於讓人“忽視”了她的感受和存在。

可她甘心情願做秀保背後那個女人，為秀保、為這個家，乃至為天下付出了全部，“孝慈”名副其實。她的離去給秀保的打擊不亞於駒姬的病逝，但更多地是對皇室內部的衝擊。舉個不甚恰當的例子，就如同明太祖痛失馬皇后一般，影響的絕非皇帝一人。

至於孝明天皇，秀保心情更為複雜，他一直覺得自己的這個嫡子太過老實，可以做守成之君，但難以駕馭那些桀驁的勢力。

因此，早早就開始替他謀劃，通過一系列明暗計謀，將他面前的障礙掃清。即便後來送他登上皇位，仍抓緊時間推進“皇統革新”，為的就是在自己走之前，為他創造一個太平盛世。

但也因為他的老實，讓父子的關系相比歷代帝王出奇的融洽。試想一下，有哪位皇帝，甘願即位後仍被父母操控?諸如呂後和漢惠帝、武後和諸子、乾隆和嘉慶，歷代強勢父母和弱勢子女間的矛盾都難以彌合，直到一方離去。

可孝明天皇不一樣，不僅是老實，他對秀保更多的是崇拜，親眼目睹、親身感受著秀保披荊斬棘、險象環生，斬釘截鐵、大刀闊斧，這種崇拜早已轉化為了絕對的信任，以致於他常說的一句話便是“聽父親的”，秀保制定的政策，他全盤接受。

不過，秀保每每希望他發表自己的看法時，也總是能切中要領，這也讓秀保稍稍放心，看來，他只是太依賴自己了，並非沒有能力。

確實，在菊姬悉心關心照顧下成長起來的孝明天皇，感受著父主外、母主內帶來的輕松和愉悅，

在他看來，只要沿著秀保的路走下去，便不會出大錯，秀保現在做的，不是對權力的戀棧，而是真心實意地為自己和後代鋪路。試問歷史上真正這麽想的皇帝和儲君有多少呢? 只是天不遂人願，不到一年時間，秀保身邊最重要、天下蒼生甚為仰賴的兩人先後離去，這不僅對秀保，對皇室、朝廷、黎明百姓更是巨大打擊。

現在天下需要的是什麽?是穩定，是盡快從這種悲愴帶來的擾亂中鎮定下來，從皇室下一步動作中看到希望。

因此，秀保強忍著喪子喪妻的悲痛，支持嫡長孫佑仁(二十七歲，後花山天皇外孫)踐祚，史稱“孝嚴天皇”，明年改元“明和”。

孝嚴天皇時期，延續著皇統年間的政策，地方大名勢力進一步削弱，至明和二十五年(1678年)松州通判、石川郡守、松國公蒲生秀明奉還版籍，除親藩外，日本全國已無知行五萬石以上勢力，此時距離慶長三年(1598年)秀保頒布《知行奉還書》已經過去整整八十年。

期間，為鞏固少年天子的權威，確保百年之後的長治久安，秀保還支持孝嚴天皇削減親藩的封地。

論封地大小，幾個親藩和準親藩中，阪本宮江親王以三十六萬石位居榜首，但論重要程度，卻是以坐鎮江戶、監控關東和東北的江戶宮藏親王為首。

但藏王一系身體羸弱且人丁單薄，如高仁親王於明和元年(1654年)薨逝，時年五十三歲，為秀保諸子中最先逝去;僅僅六年，也就是明和七年(1660年)，其子光仁親王也久病不治，留下了年僅七歲的穆仁繼位。

由於事發突然，江戶宮內部隱藏的矛盾開始浮出水面， 太王太后、王太后背後的家族勢力互相傾軋，家臣也開始互相站隊攻訐，發展到後期更是刀兵相向，更有家臣軟禁穆仁於宮中，借機發號施令。

此時，別說是震懾東國勢力，能不讓他們看笑話已是萬幸，朝廷已然威嚴掃地。

這一變故被稱為“江戶騷亂”。在秀保的授意下，孝嚴天皇果斷處置，先是派遣大臣進行調和並乘機接管了江戶軍勢，局勢稍定後，詳細調查審理，嚴懲挑唆是非、欺主罔上之徒。

事後，一方面，以穆仁年幼無法秉政為由，宣布江戶宮封地納入天皇直轄(即“天領”)，安排流官治理，高仁親王一脈全部召回京都居住;另一方面，借機打壓背後勢力，致使紀伊、尾張、大和豐臣氏和福島、結城等勢力大受波及，其中以紀伊豐臣氏受罰最重，從三十五萬直接削減至十六萬石，總計收回土地石高近七十萬石。

明和九年(1662)，秀保病重之際，賢仁親王之子、“三護國”之一的晃仁親王借口對江戶處置不滿，決定先發製人，主動出兵攻打京畿，是為“壬寅之亂”。

經孝嚴天皇禦駕親征及清仁、興仁親王大力支持，僅十余天平定，晃仁親王自盡，封地全部沒收，全族流放八丈島。

和泉豐臣氏當主豐臣秀晴受波及免去官職且封地削減至一萬石，紀伊豐臣氏當主豐臣秀達封地再遭削減至四萬石，清仁、興仁親王自請納土歸京，孝嚴天皇不允，仍維持原有封地，但當主需常年留京，親藩勢力大幅削弱。