也許是上天庇佑，恰如後花山天皇所料，經過後續治療，病情竟稍有好轉。於是他於開源十年(1632年)正月，命秀保為攝政，適時尋覓宗室過繼為嗣。

這是自藤原良房貞觀八年(866年)正式稱攝政後，時隔近八百年再一次由皇室宗親擔任攝政，名義上與擔任關白的豐臣秀賴一並主持朝局，排擠以攝關家為首的公卿，公卿僅存的權力和地位也受到擠壓。

自攝關家以下，包括清華家、大臣家、羽林家、名家、半家，由以上各家組成的門第被稱為公家，各家的當主也按照門第給予相應的官職。

其實自會津之戰後，秀保就開始延續秀吉時代的做法，給予譜代和強力外樣大名“清華成”(即“武家清華家”)的家格，等同公家的“清華家”家格，完善武家與公家的對等體系。

且慶長十八年(1613年)菊亭晴季以清華家家格擔任關白開始，秀保就在有意打亂公家內部的等級秩序，進而削弱公家的勢力和地位。

幕府成立後，更是通過拉攏、威壓、聯姻等手段強化與公卿的聯系，將公家與幕府捆綁。

特別是“大阪之陣”結束後，秀保更是將武家大名強行提拔入公卿的行列，雖然還停留在較低級的“名家”“半家”，但趨勢已經不可避免。

三月中，藤氏長者、右大臣近衛信尋(後陽成天皇四子、後花山天皇之侄，近衛信尹養子)，大納言一條兼遐(後陽成天皇六子、後花山天皇之侄，一條內基養子)，九條家當主九條忠榮等不堪伏見宮及幕府威壓，意圖擁立後陽成天皇七子、後花山天皇子之侄高松宮好仁親王為皇太子，並爭取了部分公家支持。

但好仁親王本就隻想做個太平王爺，暗中也與滿仁、秀賴等交好，加之畏懼伏見宮威勢，因此，表面上對於公卿們的擁立表示讚賞，暗地裡卻密報伏見宮，秀保遂與諸子及重臣商議行動。

四月初六，好仁親王以商談要務為由將一乾公卿召至高松殿，隨即賢仁、清仁親王率領親衛趕到，以密謀弑君、擅決廢立等罪名進行逮捕。

這些公卿哪曾見過這種陣勢，慌忙四散，近衛信尋甚至倉惶躲進內殿，也被賢仁親王帶領兵士進去捉拿;有少許嘗試反抗者，則被清仁親王就地格殺，一時間高松殿內刀光劍影、哀嚎遍野。

好仁親王見此情景，既慶幸又害怕，不用他人言語，他次日便宣布於仁和寺出家，也就是後來的明覺法親王。

秀保則奏請後花山天皇，特賜法院號，稱常德院。同時，責令後陽成天皇另一子政仁親王於南禪寺出家，是為憲良法親王。自此，後陽成一脈再無踐祚可能。

五日後的六條河原上，近衛信尋、九條忠榮等十八名公家貴胄被斬首，一條兼遐等九十余人被流放各地。這場變故因發生在四月(別稱“卯月”)，被稱為“卯月之變”。

至此，公家根基被徹底摧毀，秀保也以攝政的名義對公家進行改革，史稱“公家整治”。

在此之前，經過近千年的發展，藤原氏通過聯姻、過繼等手段，借助“二神約諾神話”，即天孫降臨之時，藤原氏祖神天兒屋根命受天照大神之命隨邇邇藝尊下國時，天照大神與天兒屋根命定下諾言，以後者為太神宮輔佐第一神之事，近乎壟斷了公家。

在六大公家家格中，尤以壟斷太政大臣和關白的攝關家和清華家為尊。

攝關家包括近衛、九條、鷹司、二條、一條五家，

皆是藤原北家禦堂流，其中鷹司是近衛分支，二條、一條是九條分支，因此以近衛、九條為尊。 清華家包括三條、西園寺、德大寺、久我、花山院、大炊禦門、今出川七家，其中三條、西園寺、德大寺是藤原北家閑院流，花山院、大炊禦門是藤原北家師實流(禦堂流分支)，久我是村上源氏，祖上源師房是藤原師通養子，與藤原北家禦堂流關系緊密;今出川是西園寺分支，因此排在末位。

所謂二神約諾神話，實際上是十一世紀中期，因由攝關家輔弼皇室之現實而誕生的，藤原氏借助神話的再構建，對自身的通知合法性進行強調。秀保此番改革，重點就是削弱上述兩大家格公家的正統性，進而將這個寄生在皇室之上的權門徹底剝離出去。

首先便是例數歷代藤原氏對皇權的蔑視和架空，指責其違背祖神之承諾;緊接著便以參與此次謀反為由，將朱器台盤(藤氏長者的信物)、藤氏長者印、渡莊券文(攝關家所領之地券)等器物和攝關家的正邸東三條殿從近衛家接管過來。

不僅如此，還直接將近衛、九條、二條、一條貶為民籍，但對未參與謀反的鷹司氏網開一面，仍準予保留攝關家格，並且貶為民籍的公家成員中來自鷹司氏的也可以複歸，但位次上只能排在末位;

隨後，令近衛經季複歸今出川氏，仍為太政大臣，提拔今出川氏為攝關家格，並由今出川經季接任藤氏長者，位在鷹司氏之前。

同年，出於控制地方的考慮，秀保與菊姬之三子孝仁親王、與菊亭持子之子晴仁親王臣籍降下。

前者改回原名豐臣秀孝，封地降至北大和(新莊)十五萬石，晉位中納言，承襲大和豐臣氏;

後者改回原名豐臣秀晴，封地降至和泉(岸和田)十二萬石，晉位權大納言，並賜予攝關家格，成為秀保一族在公家的代言人。

此外，紀伊豐臣氏、尾張豐臣氏(豐臣秀房接受豐臣本姓，但婉拒更改苗字，仍使用其祖父三好苗字)也被納入攝關家。排名來看，依次是紀伊豐臣氏、大和豐臣氏、尾張豐臣氏、今出川(菊亭)氏、鷹司氏。

至於清華家，出自禦堂流的花山院、大炊禦門都受到牽連，劃入重新設置的名臣家(舊大臣家、羽林家、名家、半家打亂後重現設置大臣家和名臣家);

久我氏代表的村上源氏， 在戰國時期曾一度把握源氏長者的稱號，對秀保奪取之事多有不滿，因秀保代表的河內(清和)源氏自視正統，便索性將其貶為民籍;

三條、西園寺、德大寺三家，經今出川一族求情，除了三條以外，西園寺也得以保留家格但位居末位，德大寺則貶為大臣家。

增補的清華家包括如下五家:

毛利氏，秀保之孫，原為大江朝臣，豐臣朝臣賜下;

蒲生氏，秀保親家，原為藤原朝臣，豐臣朝臣賜下;

前田氏，地方強藩，菅原朝臣;

結城氏，秀保親家，原為藤原朝臣，豐臣朝臣賜下;

京極氏，秀賴親家，中宮京極常子之娘家，原為宇多源氏，豐臣朝臣賜下。

其實，皇籍奉還後，秀保便開始將秀吉時期濫賜的豐臣姓和羽柴氏全部收回，僅賜予少數確有血緣或姻親關系的大名。

因此，將毛利、京極三家納入清華家並下賜豐臣氏，算是對其地位的重新確認。而給予前田、蒲生、結城三家與力大名清華家格，多是考慮其對幕府頒布的教令比較順從，特別是對“永寧雙令”的執行較為徹底。

經此“公家整治”，伏見宮確立了對公家的主導權，公武合體也進一步加深，可以說，秀保已然站上了權力的頂峰，就連當年“此世即吾世，如月滿無缺”的藤原道長也難望其項背，且這一切都是源於自己無可比擬的勢力，而非憑借所謂外戚，更是讓人無法置喙。