開源十年(1632年)十一月，病榻上躺了一年有余的後花山天皇再次病危，太政大臣今出川經季與關白豐臣秀賴前往禦所請速立東宮。

因獨子夭折，兄弟皆病逝或出家，眾公卿皆勸說立秀保為皇太弟，天皇卻沉默以對。

秀保知其心中所憚，便借探病之機“寬慰”道:“貞子如今已是王妃，也是陛下唯一子嗣，請相信滿仁會照顧妥帖的。”

隨後便暗示今出川經季奏請先將滿仁過繼後花山天皇，再立為東宮，這樣，將來的天皇仍會是“正親町—誠仁親王—後花山”一脈。

也許是顧及貞子的安危，或是忌憚秀保的威勢，又或是為皇室的長遠考慮，思忖多日後，後花山天皇最終應允，並同意於十二月初九舉行大典，正式冊封滿仁為東宮，並遷入京都禦所居住。

直到這時，那些蒙在鼓裡的大名才恍然大悟，明白秀保為何要為嫡子取名“滿仁”，原來是為了走當年足利義滿沒有走完的路。

後花山天皇終究沒撐過那個嚴冬。

開源十一年(1633年)正月初六，秀保專門從明國請來煙火師，在京都舉辦了盛大的花火大會，可惜後花山已經沒有力氣出席了，在京極常子的攙扶下，臥病中的他半支起身子，看著窗外璀璨綻放的煙花，虛弱地說道:“你說朕這麽做，是對是錯呢?”

京極常子此刻已是淚眼婆娑，但仍強忍著悲傷勸慰道:“陛下做的自然是對的，貞子如今也是太子妃，若宮(滿仁與貞子之子)也茁壯的很，今後您的血脈將傳承下去，這…也是這個情況下最好的辦法了吧…請您不要操心這些，好生休養，等過陣子，他們夫妻倆還會帶若宮來看我們呢。”

“這些日子讓你操心了，老是變著方法地安慰我。也罷，”後花山歎了口氣道:“前有外戚專權，後有武士無視天皇權威四百余年，多虧了伏見宮，朕應該算是過得挺如意的一位天皇了吧，說實話，朕能踐祚，還多虧了他，只希望他能不忘當初的承諾，別讓朕後悔。”

後花山雙眼無神，癡癡地望著窗外的煙火，自言自語道:“也許，從朕成為太閣猶子那時起，命運便把朕和豐臣氏連在一起了，若宮的誕生，既是一個終結，也是一個開始吧，朕會在天上保佑他的。即便朕不在了，你也要堅強活下去，為了貞子，也為了朕。”

後花山天皇想伸手為京極常子擦拭眼淚，卻已無力氣。在緊緊攥住京極常子的手，艱難地晃動了兩下後，便癱倒在了她的懷中。就此，這位經歷了戰國後期、安土桃山時代，見證了郡山幕府開創和伏見宮皇籍複歸等大事的傳奇天皇駕崩了，在位十六年，享年五十四歲。隨後被追號後花山院，葬於月輪陵。

不同於之前的天皇，新天皇還聽從秀保的意見，為其上漢風諡號“光華”，這是自光孝天皇(887)之後，正常駕崩的天皇中加漢風諡號的第一位，也是時隔四百年後再次出現漢風諡號的天皇。

同月，滿仁於京都禦所踐祚，因駕崩後上諡號“孝明”，故後世多稱其為“孝明天皇”。即位當日便尊秀保為上皇，因秀保此時已於北山，即原足利義滿北山殿改造的鹿苑寺(別稱金閣寺)附近修建新禦所東明殿，故上院號“東明院”，所頒命令皆稱院旨。

同時，立若宮佑仁親王為東宮，定明年改年號“皇統”。

為鞏固皇權，朝廷在東明院的主導下進行了一系列的改革，史稱“皇統革新”。

首先便是從制度上重新確定天皇和朝廷的權威，令以心崇傳與藤堂高虎在幕府《武家諸法度》及《禁中並公家諸法度》等制度基礎上，制定頒布《改新之詔》和《政體書》，主要規定:

1.天下權力，總歸天皇;

2.幕府權力和職能全部轉移至朝廷，各藩對幕府的責任和效忠也隨之轉移;

3.普天之下莫非王土，率土之濱莫非王臣，廢除“士、農、工、商”制度，將皇室親緣關系者列為“皇族”，公卿和大名列為“華族”，原幕府和大名家臣、武士列為“士族”，其他從事農、工、商的和底層賤民列為“平民”，位有尊卑，但各等級間允許相互交往;

4.規定太政大臣、關白、征夷大將軍位列華族之上、皇族之下，但為虛銜且不常設，其中攝關家和清華家可擔任太政大臣和關白，東宮兼任征夷大將軍，下設三護國將軍，分別由賢仁、清仁、興仁親王一脈擔任，負責維護各方治安，所需兵權經天皇同意後，由征夷大將軍授予;

5.爵位、官職改革:

爵位方面:

按高低分為王、公、侯、伯、君，其中王分為親王(內)、郡王(內)，只能分封皇族(含臣籍降下者)，如賢仁，因封地在近江，被封為江親王，居城也就成為宮號，即“阪本宮”(後來宮號逐漸廢除，隻保留爵位名);

公分為興國公、安國公、輔國公;

侯分為興郡侯、安郡侯、輔郡侯;

伯分為興縣伯、安縣伯、輔縣伯;

君不再細分。

皇族中，除了東宮和世子外，

天皇嫡子女封親王、內親王，庶子女封郡王、內郡王;

親王嫡子女封郡王、內郡王，庶子女封安國公、公主;

郡王嫡子女封安國公、公主，庶子女封安郡侯、郡主;

安國公嫡子女封安郡侯、郡主，庶子女封安縣伯、縣主;

安國侯嫡子女封安縣伯、縣主，庶子女封大君、鄉君;

其後的子孫皆臣籍降下， 由朝廷一次性撥款自謀生路，或由侯爵自行恩養。

華族中，攝關家和清華家可封公，大臣家可封侯、名臣家可封伯，

大名中三十萬石(指幕府成立時)以上可封公，十五萬石以上可封侯，五萬石以上可封伯，以下可封君。

其中，譜代可封興國公、興郡侯、興縣伯，外樣可封輔國公、輔郡侯、輔縣伯。但有知行的大名所封爵位為虛封，即朝廷不撥付俸祿，一應開銷自行解決。

士族中，確有功者，由其主公奏請批準後可獲封侯、伯、君爵。

平民中，確有功者，由地方長官奏請批準後可獲封伯、君爵。

官職方面:

收回之前賜給各地大名的虛職，規定今後朝廷職務全部實授，將官職和爵位區分開來。

在現有太政官製、律令製和“七司九曹十二所”基礎上進行改革，設內閣取代太政官，下設中務省、文部省、民部省、治部省、兵部省、刑部省、大藏省、宮內省等八省，各省設其下又有二十四司，此外還改設彈正台等機構，因此被稱為“閣省製”。

官職設置上力求精簡，例如原來太政官的四等官製，縮減成了內閣製，左右大臣掌握最高行政權力，相當於明朝的內閣首輔和次輔，其余如內大臣、大納言則作為閣臣納入內閣，其余三等、四等官則大幅削減，相關職能分攤到八省中。

這套體制上的改革可以說主要是針對朝廷的，目的是提高朝廷的權威和效率，同時安撫地方大名，為後續深入推進做準備。