得知努爾哈赤被捕，建州乃至遼東諸部皆大為震驚。建州中好戰派主張聯合蒙古諸部攻打鐵嶺等明朝邊城，虜掠漢民，製造混亂，逼迫朝廷放人。但更多還是看得清形勢，認為當前群龍無首，冒然出兵無異於以卵擊石，當務之急是先選出新的首領，避免部眾分裂。

對此，大部分重臣認為元妃兩子皆被扣押，當擁立繼妃之子莽古爾泰暫執國政，少部分大臣主張擁立六子黃台吉，兩派爭吵不休，內部分裂之勢已見端倪。就在此時，努爾哈赤胞弟舒爾哈齊也來插上一腳，他以明朝去年已封其為建州右衛指揮使為由，要求接管建州女真。

他的要求直接遭到兩派的明確反對，重臣何和禮、扈爾漢、揚古利等搶先擁立莽古爾泰，支持黃台吉的大臣一度計劃發動政變，但被黃台吉製止，後者最終決定率部出走，建州內部一時間士氣低落、人心惶惶。

事情並未就此結束。舒爾哈齊得次子阿敏接應，聯合海西女真烏拉部、葉赫部(海西四部其余兩部被滅)，野人女真虎爾哈部、瓦爾喀部、窩集部，對莽古爾泰發起進攻，何和禮等重臣戰死，莽古爾泰逃往舊都虎攔哈達。

不久後，舒爾哈齊再次發起進攻，扈爾漢戰死，莽古爾泰率殘部向明廷請求內附，但此時李成梁已被袁可立替換，後者出於進一步造成女真內訌的目的，拒絕接納。

莽古爾泰走投無路，於萬歷三十七年(1609年)被舒爾哈齊俘獲後押送回赫圖阿拉斬首，揚古利等投奔黃台吉，後者倒也不計前嫌予以接納。

按照約定，舒爾哈齊向海西女真、野人女真歸還大片領地。同年七月，明廷為努爾哈赤擬定僭越稱製(此前努爾哈赤曾自稱“女直國建州衛管束夷人之主”、再稱“建州等處地方國王”、再到喀爾喀諸部上尊號“昆都倫汗”，尊稱“神武皇帝”)、屠殺漢民、擅自開礦等八大罪，將其與次子代善、一眾隨行人員一並斬首於順天。

但萬歷皇帝卻對褚英法外開恩，不僅赦免其罪，還封其為建州左衛指揮使(努爾哈赤舊職)、都督僉事，令其回建州收拾部眾為朝廷所用。這樣做，一方面是因為褚英頗為忠誠，對努爾哈赤早前多有勸諫，父子也因此關系不睦;另一方面，當然是繼續挑撥建州內訌。

十一月，褚英抵達毛憐衛，收集部眾萬余，意圖聯合黃台吉攻打舒爾哈赤，但揚古利等努爾哈赤舊臣本就與褚英有隙，唆使黃台吉拒絕，並嘗試與明廷聯系坐收漁利。

萬歷三十八年(1610年)三月，舒爾哈齊重兵圍剿毛憐衛，褚英奮力抵抗但最終被殺，建州反抗勢力僅剩黃台吉。

四月，明廷封黃台吉為建州衛都指揮使，以舒爾哈齊擅殺褚英為由，號令黃台吉部，海西、野人女真，內喀爾喀五部，日本、朝鮮出兵圍剿，史稱“萬歷犁庭”。

舒爾哈齊雖有幾次小勝，但因內亂猛將損失殆盡，最終寡不敵眾，先敗於薩爾滸，再敗於赫圖阿拉，逃亡途中被聯軍追上並斬殺。聯軍將其麾下諸城付之一炬，其地劃歸撫順管轄。

黃台吉因助剿有功，被封為建州左衛指揮使、右都督，但被要求將部眾遷往鐵嶺邊牆北側一處平原居住並收繳武器，便於明廷監控。不少重臣、部眾因不甘臣服而四散，其手下部眾僅剩千余人，已無法對明朝造成威脅。

此後十數年，明廷在遼東逐步推行府縣製代替衛所製，先後設置遼陽、沈陽、廣寧、鐵嶺、撫順、通化、建州、黃龍、敦化、福山等府縣。

奪取遼河河套後，於遼東設立遼寧承宣布政使司，布政使司衙門駐沈陽府;

於海西、野人女真，內喀爾喀五部設開元承宣布政使司(源自元遼陽行省開元路)，布政使司衙門駐黃龍府;

於北山女真、苦兀、乞列迷等族聚集地重設奴兒乾都司，泰昌年間改設黑水承宣布政使司(源自唐朝黑水都督府)，布政使司衙門駐永寧府。

州縣製的基礎是大量的人口，為此，明廷任命左光鬥負責屯田事務，鼓勵軍民屯墾，將南方良種水稻引入北方，招募南方農民到北方傳授水稻種植技術，大大促進了關外農業發展。山西、陝西、山東等地的農民先後遷往東北，提高了人口比例，帶動了當地部族改變生產方式，由傳統的漁獵轉向農耕，維護了社會穩定。

當然，對於東北複雜的形勢，明廷並未強製推進府縣製“一刀切”，而是對女真、蒙古中強勢諸部實行土官製代替衛所製，在滿足其獨立性的同時，逐漸減少其軍事性和戰鬥力。

如勢力較強的葉赫、窩集、烏濟葉特部首領， 分別被授予坊州、東寧、泰寧土知府，劃歸開元承宣布政使司管轄;黃台吉被授予建州宣慰使，歸遼寧承宣布政使司管轄(後因意圖謀反被殺，建州被並入撫順府)。

其他部族也根據勢力大小授予土同知、土通判、土知縣等職務，這些土官的勢力范圍與各直屬府縣犬牙交錯，並設榷場於其間，互相牽製又相互依存，從制度上穩定了東北的局勢。

對於察哈爾、土默特、科爾沁等獨立性較強的勢力，明廷則先是殺雞儆猴，對早先與努爾哈赤結盟的科爾沁部發動攻擊，其殘余親明朝勢力首領被授予崇義公、遼西宣慰使。對於土默特部，仍冊封其首領(即俺答汗後裔)為順義王，準設馬市。

萬歷四十三年(1615年)，號稱蒙古嫡系的察哈爾部，在其首領呼圖克圖汗(孛兒隻斤·林丹巴圖爾)率領下劫掠土默特部，明廷令其退兵不得，遂組織聯軍左右夾擊察哈爾部。

經過連年激戰，最終於萬歷四十七年(1619年)攻破其王城察罕浩特，呼圖克圖汗本想出逃漠北，卻為科爾沁部所阻，無奈投降，自去汗號，獻出傳國玉璽(後經證為偽)。

明廷冊封其為歸義王，位居順義王之下，廢察罕浩特，令其遷居廣寧，部眾被編為二衛八所，納入大寧都司(後改為大寧承宣布政使司)管轄，名義上仍屬歸義王麾下，實則由明廷任命親明部族首領擔任指揮使。次年七月，為土默特部仇家刺殺於廣寧歸義王府外，年僅二十八歲，無嗣，順義王爵位廢除。