將德川家康和石田三成這兩個心腹之患請出大阪後，照理說，秀保總算是可以靜下心來處理政務了，但事實卻並非如此。

　　經歷此番大戰，秀保已然開始在日本慢慢確立起了統治地位。在軍事上，秀保依靠自身實力和安插在各地的盟友保持著絕對的優勢;在政治上，他以秀賴後見的名義把持著豐臣政權的中樞，也是不可撼動;在經濟上，他憑借龐大的石高和對勘合貿易的壟斷，已經將豐臣宗家和其他大名遠遠甩在身後。

　　可就是在這樣的形勢下，大阪內外還是時不時地傳出一些雜音，這主要還是在於秀保徹底廢除了大老奉行制度。事實上，秀保當初和前田利政、宇喜多秀家、淺野長政說的比較模糊，只是明確廢除了大老奉行聯席會議，但還是保留了上述三人大老、奉行的職務，一定意義上仍讓大老奉行制度苟存下去。但隨著形勢對秀保逐漸有利，且為了排除宇喜多秀家這個“不確定因素”對自己的威脅，他心中一橫，索性徹底廢除了這個延續了近三年的制度。取而代之地，是秀保和家臣精心炮製的“七司九曹十二所製”。

　　回溯鐮倉幕府和室町幕府乃至豐臣政權的發展歷程，對最高掌權者取而代之的，往往是其初期最為依仗和信賴的力量:源賴朝的妻族北條氏以“執權”之職總攬幕府大權;為足利尊氏建立幕府立下赫赫大功的“三管四職”卻以“應仁之亂”為室町幕府敲響了喪鍾;豐臣秀吉在世時低眉順眼、恭恭敬敬的大老奉行們，轉眼間就成了吃人的猛虎，將豐臣氏的天下撕個粉碎。

　　為了避免重蹈覆轍，秀保必須制定出一個全然不同以往的嶄新制度。

　　“可以有權，但不能專權。”席間藤堂高虎的一句話點醒了秀保:如今形勢大好，為何不效仿大洋彼岸的大明，一舉強化中央集權呢?經過多個晝夜的商討謀劃，參考歷史上中日兩國的發展歷程，結合日本當前實際，秀保最終一錘定音，“七司九曹製”應運而生。

　　七司，作為豐臣政權名義上最高的行政機構，源於五奉行職能的分解細化，由強力大名居住伏見擔任最高長官“司判”，主要包括以下七部分:

　　武衛司:豐臣政權的最高軍事機關，負責全國范圍內軍隊的征調;

　　布政司:豐臣政權的最高民政機關，負責全國范圍內的民政事務，最主要的是各地代官的任免，大名家中家老變動的批準，以及後續即將推進的科舉諸事宜;

　　都察司:豐臣政權的最高司法機關，主管全國刑罰政令及審核刑名;

　　度支司:掌管全國土地、賦稅、俸祿、糧餉、財政收支;

　　秉禮司:掌管寺社祭祀、陵寢之禮樂及製造典守事宜，負責與皇室對接;

　　營繕司:掌管全國工程事務，各地城池修繕普請皆需按規定向其報請批準;

　　勘合司:掌管海外貿易，由秀保直接委派大名兼任。

　　九曹，作為秀保直屬的政策執行傳達機構，類似漢代丞相府中的曹屬，直接聽命於秀保，負責將七司的決策和建議遞交給秀保進行最終決斷，擁有對七司政策的指導權和建議權，多由秀保譜代家臣擔任最高長官“曹掾”。雖說名義上只是秀保的私人機構，但實則成為壓製和削弱七司的重要力量。主要包括以下九部分:

　　兵曹:又稱東曹，軍勢征調的最終審核和報批，大名麾下軍勢規模摸排和督查，對接武衛司;

　　吏曹:又稱西曹，各地代官、大名家老變動的最終審核和報批，對接布政司;

　　市曹:負責全國各地市井治安的維持(有專屬軍勢)，大名城下町建設的最終審核和報批，對接布政司;

　　刑曹:刑法政令的最終審核和報批，對接都察司;

　　戶曹:戶籍、軍需的最終審核和報批，對接度支司;

　　稅曹:稅收征繳入庫、政策制定的最終審核和報批，對接度支司;

　　奏曹:主掌與皇室、寺社對接，與“武家傳奏”關系緊密，對接秉禮司;

　　工曹:各地工程建設、城池普請的最終審核和報批，對接營繕司;

　　監曹:對各地代官、大名行為的監督和記錄，對行為不端、意圖不軌者及時上報並采取措施，不對接所司，具體人員構成不明。

　　綜上可知，七司制度是對之前大老奉行制度的繼承，地位名義上也與之前大致相當，而九曹皆為秀保直屬，雖獨立於豐臣政權之外，卻擁有最終的決定權。個中深意不言而喻，就是要將豐臣宗家掌握的權力進一步向大和豐臣氏轉移，避免再次發生強力大名佔據中央，挾天子以令諸侯的情況發生。

　　基於這一目的，秀保確定了首批司判和曹掾的人選:

　　武衛司:加藤清正;布政司:前田利政;都察司:宇喜多秀家;度支司:淺野長政;秉禮司:片桐且元;營繕司:池田輝政;勘合司:後藤基次。

　　兵曹:島清興;吏曹:藤堂高虎;市曹:那須資吉;刑曹:福島高吉;戶曹:小笠原忠請;稅曹:桑山一晴;奏曹:長束正家;工曹:武田勝親;監曹:淺井秀政。

　　除此之外，為更好地將中樞的政策落實到各地，同時避免七司專權瞞報，秀保還在七司之下陸續設置了賦別、安堵、官途、寺社、普請、鍛錢、貢舉、檢使、目付、護衛、造營、宿驛等十二所，選取心腹家臣及親近大名家中宿老重臣擔任奉行，負責政策的切實執行，並將執行情況及時向七司和九曹反饋。

　　如此一來，取代大老奉行製的“七司九曹十二所”制度在秀保的強壓下，於會津之戰的第二年，即慶長六年正月正式施行。司判、曹掾皆妥善安排好領內事務進駐伏見城辦公，十二奉行也在隨後的三個月中陸續趕來伏見，接受秀保的任命和安排。

　　有人說，“七司九曹十二所”是對豐臣秀吉制度的推翻重來，是秀保強化自身權力的一項強有力的舉措;也有人說秀保還是顧及了豐臣宗家的顏面，七司判中除了後藤基次，皆為受過太閣恩典的大名，且十二所仍以“奉行”為首，也算是變相保留了“奉行”之職，對宗家和尾張派也算是有所交代。

　　可事實上， 此處的十二奉行與當初總攬中樞大權、動輒可以調動千軍萬馬的五奉行相比，實在不值一提，奉行的職責也從主動地決策指揮變成了被動地執行。

　　不僅如此，名義上七司取代了大老奉行的地位，成為新的決策機構，但在九曹和十二所的壓製和牽製下，他們的權力遭到很大地限制和削弱。特別是隨著秀保在各地勢力的不斷深入和鞏固，九曹的權力大大增強，秀保一手扶植的十二所也對七司陽奉陰違，從接受七司的命令逐步轉變為接受秀保的直接領導。

　　因此，後期七司權力逐漸萎縮，職能也由決策機構變成了谘詢機構，近乎成了可有可無的存在，不少司判自覺駐留伏見無可作為，便向秀保申請返回領地，致使七司時常出現空缺，這更是加速了七司的衰落，助推秀保勢力的壯大。中途，雖有片桐且元等人堅持維護七司的權威，但無奈大勢已去，最終難有起色。

　　當然，這些都是後話了，至少在“七司九曹十二所”剛成立時，不論是豐臣宗家還是各地大名大都還是認可的，畢竟有前車之鑒，誰也不希望再出現一個能左右國家政策、架空宗家的機構出現，將權力進行如此分散，多是被看作是主家衰弱的情況下不得已而為之。鮮有人意識到，這個制度的背後，是秀保權力的進一步膨脹，昔日五大老、五奉行掌握的決策權，正潛移默化地轉移到秀保一人手中，與此同時，他身後的暗流似乎也更加洶湧了。