平息了南京朝堂上的黨爭，吳應熊很快查出了攻擊阮大铖的幕後人物，正是東林黨的領袖錢謙益。

　　此時，錢謙益正為自己擺平了江南的商業稅問題而沾沾自喜，想要邀功。

　　吳應熊卻並不買帳，因為大明的商業稅稅率很低，三十稅一。而且吳應熊在各地專門設置了征收商業稅的稅務稽查所，明文規定，只要商人足額交稅，各地官員不得再有任何刁難;偷稅漏稅者入獄，沒收家產。

　　商人們專心做生意，付出並沒有比以前增加很多，推廣起來並不困難。以前只是東林黨人阻撓才沒收起來。

　　為了徹底平定江南的黨爭，吳應熊將阮大铖免職，抄家，得白銀上百萬兩，黃金十萬兩，全部充當軍餉——因為吳應熊很快查清楚了，阮大铖當兵部侍郎後編了《蝗蝻錄》(誣東林黨為蝗，複社為蝻)，據《留都防亂公揭》署名捕殺，黃宗羲等上百人被捕入獄。

　　為了以示公允，吳應熊將南京因受黨爭而入獄的數百人全部釋放，這其中就包括三十四歲大才子的黃宗羲——崇禎四年，張溥在南京召集“金陵大會”，當時恰好也在南京的黃宗羲經友人周鑣介紹參加複社，成為社中活躍人物之一，黃宗羲與萬泰、陸符及其弟黃宗炎、黃宗會等還在余姚組織過“梨洲複社”，《留都防亂公揭》他有參與署名，所以被抓。

　　一時間，江南士子對吳應熊刮目相看，民心大快！

　　吳應熊趁熱打鐵，將錢謙益也免職，然後在江南推行新儒家運動——江南繁榮的經濟和生產力，已經和傳統的儒家思想發生了激烈衝突，必須來一場思想革命，不過，大明現在千瘡百孔，內憂外患，路要一步步走，不能從封建社會跑步進入資本主義，必須先打牢思想基礎。

　　吳應熊不想步子邁得太大，所以決定從革新儒家文化開始，他派人在江南貢院貼了相府的“招賢榜”，凡是對儒家思想有新見解的人，都可以到南京的國子監報名，經過吳應熊的選拔，可以進入吳應熊的相府當幕僚，這“招賢榜”還在《新江南日報》上刊登，並特別注明了應征“不問出身，無需功名，不念過往，唯才是舉”！

　　能進入吳應熊的相府當幕僚，在封建社會相當於一步登天，一時間，江南的士子們熱血沸騰了，尤其是那些沒有考取過功名的，再也不管什麽錢謙益和東林黨，爭相報名。

　　最後，短短十天，報名的讀書人多達一萬人。

　　吳應熊親自出題，題目就叫《儒家的變遷和未來》，每一位考生的考試時間不限制，要求考生知無不言，言無不盡。

　　吳應熊親自帶著滿雲龍等禁軍監考，選拔幕僚，在這次考試中，三十四歲的黃宗羲、三十一歲的顧炎武、二十五歲的王夫之、三十三歲的方以智等七十二人脫穎而出，他們的思想，顯示出晚明社會的思潮其實已經很進步。

　　黃宗羲在他的答卷中，提到了稅費改革，他稱歷史上的稅費改革不止一次，但每次稅費改革後，由於當時社會政治環境的局限性，農民負擔在下降一段時間後又漲到一個比改革前更高的水平，“積累莫返之害”。

　　在文章中，黃宗羲反對大明日益苛重的賦稅征收。他說“吾見天下之田賦日增，而後之為民者日困於前”，指出江南的田賦特重，有些田畝將一年的產量“盡輸於官，然且不足。”他分析了使人民苦於“暴稅”的三害“有積累莫返之害”，指稅制每經過一次改革，都導致賦稅的進一步加重;“所稅非所出之害”，指田賦征銀，銀非農業生產之所出，納稅者因折銀而加重負擔;“田土無等第之害”，指不分土地的肥瘠程度按一個標準征稅，造成負擔不均。

　　在文中，黃宗羲還提出了具體的賦稅主張:第一，“重定天下之賦”，定稅的標準應“以下下為則”;第二，征收田賦“必任土所宣，出百谷者賦百谷，出桑麻者賦布帛，以至雜物皆賦其所出”，生產什麽繳納什麽，不強求一致;第三，重新丈量土地，按土質優劣計算畝積，分別以240、360、480、600和720步作為五畝，即把土地分為五等，據等征稅，消除因土地質量不同而帶來的賦稅負擔不均的問題。

　　黃宗羲認為，要使民富，還必須“崇本抑末”。所謂“崇本”，即“使小民吉凶，一循於禮;所謂“抑末”，即凡為佛、為巫、為優倡以及奇技淫巧等不切於民用而貨者，應“一概痛絕之”。他說:“世儒不察，以工商為末，妄議抑之。夫工固聖王之欲來，商又使其願出於途者，蓋皆本也”。“工商皆本”的思想是對傳統的“重本抑末”的大膽否定。

　　挑燈夜讀黃宗羲的文章，吳應熊的心情頓時大好，開心笑了——看來大明還真是人才濟濟，當即將黃宗羲圈定為招賢榜的榜首！

　　同在一起閱卷的阿九公主看吳應熊笑了，問道:“吳公子，什麽事情這麽開心?”

　　吳應熊道:“為我大明人才濟濟而高興啊。錢謙益之流，罷官也就罷了，只是徒有虛名而已。”

　　黃宗羲的文章激情澎湃，吳應熊手不釋卷，繼續往下看，黃宗羲的思想還真是先進:在文章中，黃宗羲還專門列出一章談《學校》。他認為學校中要析講時事時政，要明是非之理，也要對政府行為有所監督。認為學官需要有較大的權力。學校也應廣開言路，成為輿論場所。這種學校議政，參與是非判斷的觀點在當時非常新穎。黃宗羲認為“學貴履踐，經世致用”。黃宗羲還指出，太學的祭酒，應擇當世大儒充當，其地位應與宰相相等，每年初一，天子與宰相、六卿、諫議等都得前往太學。祭酒南面講學，天子亦就弟子之列。政有缺失，祭酒直言無諱。郡縣的學官，也由名儒主之。每月的初一、十五，大會一邑之縉紳、士子;郡縣官亦須前往聽學官講學，而且執弟子之禮。

　　另外，黃宗羲還在文中提出要“限制君權”，他在文中說，人類設立君主的本來目的，“使天下受其利”、“使天下釋其害”，也就是說，產生君主，是要君主負擔起抑私利、興公利的責任。君主只是天下的公仆而已，“古者以天下為主，君為客，凡君之畢世而經營者，為天下也”。然而，後來的君主卻“以為天下利害之權益出於我，我以天下之利盡歸於己，以天下之害盡歸於人”，並且更“使天下之人不敢自私，不敢自利，以我之大私，為天下之大公”，而不是視天下為莫大之產業，傳之子孫，受享無窮，對君主“家天下”的行為從根本上否定了其合法性。

　　“這黃宗羲真是膽子大，看來經受過牢獄之苦，也並不是什麽壞事，將生死看得透了，竟敢提出限制君權。”吳應熊笑著對阿九公主說。

　　“還有這樣的狂生?”阿九公主接過黃宗羲的文章，一看，黃宗羲認為要限制君主的權力，首先得明辨君臣之間的關系。他認為“原夫作君之意，所以治天下也。天下不能一人而治，則設官以治之。是官者，分身之君也。”

　　黃宗羲說“臣之與君，名異而實同”，都是共同治理天下的人。因此，君主就不應該高高在上，處處獨尊的地位。否則就該遜位讓賢， 而不應“鰓鰓然唯恐後之有天下者不出於其子孫”。至於為臣者，應該明確自己是君之師友，而不是其仆妾，“我之出而仕也，為天下，非為君也;為萬民，非為一姓也。”如果認為臣是為君而設的，隻“以君一身一姓起見”，“視天下人民為人君囊中之私物”，自己的職責只在於給君主當好看家狗，而置“斯民之水火”於不顧，那麽，這樣的人即使“能輔君而興，從君而亡，其於臣道固未嘗不背也”，同樣是不值得肯定的。因為“天下之治亂，不在一姓之興亡，而在萬民之憂樂。”這就是黃宗羲的君臣觀。它對傳統的“君為臣綱”，“君要臣死，臣不得不死”的封建綱常，否定掉了。

　　“這樣的人，如果在先朝，恐怕早死了一百遍了。父皇不會容下他。”阿九公主說。

　　“是啊，光是設立宰相這一條，就夠他掉腦袋了，真想立即召見此人！”吳應熊說，黃宗羲提出的限制君權的另一主張就是設立宰相，他認為:“有明之無善政，自皇帝罷丞相始也。”

　　黃宗羲認為明朝廢除宰相後設立的內閣大學士，其職責只是備顧問以及根據皇帝的意旨批答章奏，內閣沒有僚屬，沒有力事機構，其事權很輕，根本不能與昔日的宰相相提並論，內閣既無實權，而天子又不能或不願處理政事，於是就依靠一群凶殘的宮奴(閹黨)來進行統治，這就出現了明代為害至深且巨的宦官專權。

　　“他說得確實有道理，皇兄任命你當了宰相，現在大明一派中興之象。不過，他是有先見之明還是阿諛奉承?”阿九公主笑著問吳應熊。