在海戰中擊敗荷蘭人，鄭成功開始率軍向台灣內陸挺進。

　雖然駐守赤嵌城堡的荷蘭人只有三四十門火炮，但它們安裝在赤嵌城的最高處，可以俯視海平面，而且還不同於一般的戰船大炮，這些火炮屬於荷蘭當時最先進的“要塞炮”，重達三千五百多斤，射程可以達到三千米！

　荷蘭軍隊憑借三十門要塞炮三千米的射程和據高的位置優勢，堅守不出！

　鄭成功隨即加緊對赤嵌城的包圍和進攻。但該城周圍45丈，高3丈6尺，城牆上有4座炮樓。

　四月三日，明軍的士兵在赤嵌城外抓到了荷蘭守將描難實叮的弟弟和弟媳。

　鄭成功對他們講明利害，令其回城，勸說荷蘭守將描難實叮投降。接著，又派部將楊朝棟和翻譯吳邁、李仲前往勸降，表示絕對不會加害他們，並允許荷蘭人帶走自己的財產。

　但荷蘭人並不死心，憑借強大的火炮負隅頑抗。鄭成功指揮大軍攻城，一連三日，還沒有攻下，還傷亡不小。

　這時，有個當地人跑出城，給鄭成功出了一個主意說:“赤嵌城的水都是從城外高地流下來的，只要切斷水源，敵人就不戰自亂。”

　“好辦法，重重有賞！”鄭成功照這個辦法做了。

　四月四日，赤嵌城的水源被明軍切斷。描難實叮見援兵無望，城內的人沒有水喝了，孤城難守，不得不掛白旗投降。

　這樣，鄭成功的水師在登陸後第四天，就收復了赤嵌城。

　描難實叮投降後，奉鄭成功之命前往台灣城勸荷蘭駐守台灣城的總督揆一無條件投降，遭到揆一拒絕。

　鄭成功與諸將分析形勢，認為不給侵略者以迎頭痛擊，敵人是不肯投降的，於是命令軍隊從鯤南端登陸，“移扎鯤山即一鯤，候令進攻台灣城”。

　台灣城是荷蘭殖民者在台灣的統治中心，城堡堅固，防禦設施完整。城周長200多丈，高3丈多，分3層，下層深入地下1丈多，“城垣用糖水調灰壘磚，堅於石”。城四隅向外突出，置炮數十尊。

　揆一覺得荷軍炮火密集，射程遠，封鎖了台灣城周圍的每條通道，城內荷軍尚有870人，憑借城堡繼續頑抗等待援助軍沒問題。

　但是赤嵌城被明軍佔領之後，台灣城已是一座孤城，城內缺糧、缺水，荷軍處境十分困難;加之當時南信風季節剛剛開始，防守更加困難。

　鄭成功迫降赤嵌城後，為了牽製台灣城荷軍，即派兵前往七鯤設伏。

　荷軍行至七鯤時，還沒來得及列陣對壘，即被明軍埋伏的藤牌軍衝垮，死傷過半，其余士卒狼狽退回台灣城。

　鄭成功立即命令士兵立柵欄、設炮台，加強對七鯤的防守，同時令楊英、何廷斌以粟6000石、糖3000石補給軍隊。

　自四月初以來，雙方一直進行著零星戰鬥。

　鄭成功一方面積極準備攻城，一方面於四月十二日和二十二日，兩次寫信給揆一，令其投降。

　荷蘭人並不打算輕易放棄台灣。

　吳應熊聽說後，又給鄭成功的軍隊調集30門新式大炮。

　鄭成功的軍隊如虎添翼，於二十四日凌晨摧毀了台灣城大部分胸牆。

　“為了我們偉大的荷蘭女王，還擊！”在揆一的指揮下，荷軍於城上集中槍炮還擊，並出城搶奪明軍大炮，被明軍弓箭手擊退。

　“還真是一塊難啃的骨頭！哼，看你們能堅持多久！”鄭成功鑒於台灣城城池堅固，強攻一時難以得手，為了減少傷亡，進一步做好準備，決定采既“圍困俟其自降”的方針。

　吳應熊同意鄭成功的圍城戰略，並讓他安心全權指揮對荷蘭人的戰鬥！

　鄭成功請他的父親鄭芝龍派軍事船隊封鎖了台灣海峽。然後，他一方面派遣提督馬信率兵扎營台灣街圍困荷軍，一方面把各鎮兵力分駐各地屯墾。

　同時，鄭成功還到高山族人民聚居的四大社進行巡視，受到當地人民的熱烈歡迎。

　接著，吳應熊還派滿雲龍率6000新禁軍乘戰船20艘抵達台灣，援助鄭成功，還帶去了大量糧食和彈藥。

　明軍的兵力得到加強，供給得到補充後，從五月五日開始，在所有通向城堡的街道上都築起防柵，並挖了一條很寬的壕溝，圍困荷軍。

　“這是你們最後的機會！”鄭成功又寫信勸揆一投降。

　揆一仍幻想巴達維亞的荷蘭人會派兵增援，拒絕投降。

　五月二十八日，荷蘭殖民當局得到荷軍在赤嵌城戰敗和台灣城被圍的消息後，匆忙拚湊了700名士兵、10艘軍艦，由雅科布·考烏率領，經過38天航行，於七月十八日到達台灣海面。他們見明軍的戰船陣容雄壯，躊躇不前，加之風浪很大，在海上停留了將近一個月之後，才有5艘戰船在台灣城附近海面碇泊，其中“厄克”號觸礁沉沒，船上士兵被明軍俘虜。

　鄭成功從俘虜口中得知荷蘭援軍兵力情況後，加緊進行圍城和打援部署。

　七月二十一日，駐台灣荷軍當局決定:用增援的艦船和士兵，把明軍逐出台灣城市區，並擊毀停泊在赤嵌城附近航道上的明軍船隻，以擺脫被圍困境。

　於是，荷軍分水、陸兩路向明軍發起進攻。海上，荷艦企圖迂回明軍側後，焚燒船隻，反被明軍包圍。

　“開炮！”鄭水軍隱蔽岸邊，當敵艦闖入埋伏圈後，立即萬炮齊發。

　經過一小時激戰，擊毀荷艦兩艘，俘獲小艇三艘，使荷蘭援軍損失了一個艇長，一個尉官，一個護旗軍曹和128名士兵，另有一些人負傷。

　荷軍其余艦船逃往巴達維亞，鄭芝龍也沒有派戰艦追擊。

　陸上，荷軍的進攻，同樣遭到失敗，死傷人數眾多，此後，荷軍再也不敢輕易與明軍交戰。

　台灣城的荷軍被圍數月，軍糧得不到補給，因而士氣低落，不願再戰。

　十月，揆一為了挽救行將滅亡的命運，派雅科布·考烏率領漂泊在海上的3艘戰艦、2隻小艇前去攻襲廈門，企圖讓大明水師撤退。

　考烏不是傻子，他知道鄭家海軍的實力，他這幾隻小船，去福建只會送死，他心存畏懼，中途轉舵駛往暹羅(今泰國)，以後又逃回巴達維亞。

　於是，荷軍的企圖完全落空了，士氣更加低落，不少士兵力求活命，陸續向明軍投降。

　鄭成功從俘虜中了解到荷軍的上述情況後，決定把對荷軍的封鎖戰術轉為進攻，在對方從巴達維亞獲得救兵之前，向熱蘭遮城堡的荷軍發起猛烈攻擊。

　為此，明軍增建了三座炮台，挖了許多壕溝，以遏製荷軍的炮台。

　1646年農歷一月二十五日清晨，鄭成功下令炮轟烏特利支圓堡。

　在兩個小時內，明軍發射炮彈2500發，在該堡南部打開了一個缺口，當天，明軍一擁而上，即佔領了該堡。

　明軍居高臨下，立即利用此堡改建炮台，向台灣城猛烈轟擊。

　荷軍團守孤城，岌岌可危，揆一在城上督戰，看到城防已被突破，手足無措。在這種情況下，鄭成功派通事李仲入城勸降。

　李仲對揆一說:“此地非爾所有，乃前太師練兵之所。今藩主前來，是複其故土。此處離爾國遙遠，安能久乎?藩主動柔遠之念，不忍加害，開爾一面:凡倉庫不許擅用;其余爾等珍寶珠銀私積，悉聽載歸。如若執迷不悟，明日環山海，悉有油薪磺柴積壘齊攻。船毀城破，悔之莫及。”

　荷蘭殖民評議會召開緊急會議，討論形勢及對策。台灣城被圍已近9個月，荷軍死傷1600余人，能參加戰鬥的士兵僅剩600百余人，且已彈盡糧絕，疾疫流行，形勢已完全絕望。評議會認為:“如果繼續戰鬥下去，可怕的命運將降臨到每一個人頭上，而這樣堅持，對公司也沒有什麽好處。”

　揆一走投無路，隻得同意由評議會出面同鄭成功談判。經過會談，揆一“願罷兵約降，請乞歸國”。

　不久， 荷蘭駐台灣長官揆一簽字投降。荷軍交出了所有城堡、武器、物資，包括傷病員在內的約900名荷蘭軍民，最後由揆一率領，乘船帶領荷蘭人撤離台灣。

　台灣光複的消息傳到京城。對此，明朝的文武百官和老百姓們倒沒太多關注，畢竟在他們的認知當中，此時的台灣跟一個荒島沒有多少區別，但吳應熊不一樣，他知道台灣值得大明開發，以台灣為海軍基地，征服南洋和日本就要容易得多。

　荷蘭人投降，台灣提前回到中國的懷抱，吳應熊高瞻遠矚，立即讓明帝下旨，從福建和江浙一帶移民一百萬人去開墾台灣，並在台灣實行了類似西北的土地改革，還在台灣駐軍五千人，台灣從此成為中國不可分割的領土。

　並且，吳應熊兌現了自己的承諾，讓明帝封鄭芝龍為安南王，還大力褒獎鄭成功的戰績，賜他姓朱，外稱“國姓爺”。

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