南明短暫的存在，是明末通訊主要靠人馬的產物。當時李自成的農民軍攻克北京，崇禎自盡，此時江南絕大部分地區都還是效忠大明朝的，南方相對平靜，在南京的官員，也做好了從海路迎接太子朱慈烺來南京監國的準備。

　　南京在明朝初年，就是明太祖定的首都，虎踞龍蟠之地。後來到了永樂年間，明成祖朱棣發動靖難之役，起事攻打侄兒建文帝，奪了皇位登基，遷都北平。南京作為留都，一直保留了六部、督察院等一整套與京城相對應的官僚機構，但南京的各衙門多為虛銜，崇禎十七年，握有實權的，是大明留南京的首席大臣、兵部尚書史可法。

　　崇禎十七年三月二十日，吳三桂和吳應熊就派人去告知史可法、左良玉等將領，太子已安全到關寧軍中，但宋獻策後來又派人從京城傳出假消息，說崇禎的三個兒子都被大順軍俘獲。一時間，真假太子難辨，在沒有直系皇位繼承人的情況下，南京及其附近地方的大臣、太監、擁兵自重的將帥，就在擁立哪一位藩王監國展開了一場勾心鬥角的內鬥。

　　史可法還算忠義，一邊派教過太子讀書的老師方拱乾、楊士聰，還有司禮監的太監馬朝進和東宮伴讀丘志忠等人去吳三桂的關寧軍大營辨認太子，一邊也加入了擁立藩王監國的權力爭鬥，因為生逢亂世，萬事皆有可能，一步錯則滿盤皆輸，史可法也要給自己的家族留一條後路。

　　當時，以血統親近論，崇禎帝的祖父神宗朱翊鈞的子孫有福王朱由崧、惠王朱常潤、桂王朱常瀛;神宗兄弟的兒子則有潞王朱常淓。按照封建倫序觀念，應該首先考慮福王、桂王、惠王。而在福王、桂王、惠王中，福王朱由崧又處於優先地位，繼統更為適宜，而且桂王、惠王在張獻忠部進入湖南時逃往廣西，此時距南京還較遠，福王卻近在淮安。

　　在繼位倫序和地理上，福王朱由崧都佔了明顯有利地位。朱由崧的身世顯赫，他是在萬歷帝時差一點被立為帝的福王朱常洵之子，十歲時朱由崧被封為德昌郡王，後來又立為福世子，李自成攻破福藩洛陽，殺了老福王朱常洵。朱由崧和母親鄒氏好不容易逃出一死。盡管後來襲了福王的虛封，可那時天下大亂，朱由崧自然在洛陽站不住腳，隻好四處流串，生活無著。破落王孫，在權貴眼裡跟乞丐沒什麽兩樣。所以江南士紳中部分東林黨人，從狹隘的一己私利出發，以福王昏庸為名，堅決反對立福王，內中隱情要追溯到天啟朝時，朱由崧的祖母是備受神宗寵愛的鄭貴妃，從萬歷到天啟朝廷上圍繞儲君問題展開的“妖書”、“梃擊”、“移宮”等轟動一時的案件都同鄭貴妃有關，正是由於東林黨人的力爭，神宗和鄭貴妃希望立福王朱常洵為太子的圖謀才化為泡影。東林黨人已和福藩結下不解之仇，因此，他們擔心一旦福王朱由崧登上帝位，重翻舊案，趁機報復，所以以東林領袖錢謙益為首，以立賢為名，大張旗鼓地推出了一個莫名其妙的繼承人潞王朱常淓。

　　在籍禮部侍郎錢謙益當時被視為東林黨魁，他兩次從原籍常熟趕往南京，以“立賢”為名，到處遊說，提議迎立潞王朱常淓，支持錢謙益的有南京兵部侍郎呂大器、南京戶部尚書高弘圖、右都禦史張慎言等人。

　　這時，人言可畏，但更重要的是握有實權的人發話，於是南京兵部尚書史可法的態度就很關鍵。史可法是東林黨人左光鬥的得意門生，也對擁戴福藩繼統心存疑慮，

但又擔心舍親立疏將引起更大的政治風波。　　在南京被擁潞王、擁福王兩派人士弄得左右為難時，經過反覆考慮，史可法暗自前往浦口同鳳陽總督馬士英會面。

　　史可法偷偷跑去浦口約見掌握三鎮兵馬的鳳陽總督馬士英，跟馬士英密談，指出福王朱由崧“貪、淫、酗酒、不孝、虐下、不讀書、乾預有司”，不值得擁立。

　　馬士英的身份只是一個地方軍閥，但他掌握三鎮五萬人馬，有心要立個大功，於是兩人很快達成了一致意見，秘密商定出一個既不得罪錢謙益等東林黨人，又不影響自己掌權的方案，即放棄福王和潞王，兩個熱門人選都不立，另外擁立桂王朱常瀛。

　　史可法遂於到達浦口的第二天，就寫信回南京，提出了擁立桂王，同時由潞王仿照古兵馬元帥之製暫時統率兵馬的方案。

　　而盤踞在南京的東林黨勢力，其實只要不是福王朱由崧繼位，無論選誰都是不會有意見的，所以他們一接到史可法的方案，禮部就馬上準備了各種儀仗，打算出發去廣西接桂王朱常瀛到南京繼位。

　　在淮安的朱由崧卻慌了神，作為侯選人中的最大熱門，卻沒有忠義的文臣來對他表忠心，搞投機的也寥寥無幾。這一切使朱由崧大為惱火，痛罵那些文臣個個都是只顧私利的混蛋，他感到情況不妙，寫信求助守備鳳陽的太監盧九德，讓他直接向雄踞江北的三鎮總兵高傑、黃得功、劉良佐求助，只要他能上位，就重賞功勳。

　　盧九德在萬歷末年曾在宮中為老福王朱常洵服役，他對福王忠心耿耿，於是出面聯絡三鎮總兵高傑、黃得功、劉良佐，許諾一旦福王登基，將以“定策擁立”重賞三人。高傑、黃得功本來就是野心勃勃的流串軍閥，見有“定策擁立”的大買賣可做，這是無本而有萬利的好機會，於是一拍即合，甩開他們的頂頭上司——正與史可法密商的鳳陽總督馬士英，做起了定策元勳，劉良佐的兵力明顯不如高傑和黃得功，於是他也同意立福王，趁機分功。

　　馬士英同意史可法的建議立桂王，他認為這是自己參與定策的重要機會，在同史可法達成協議後，他興奮邀請南京各衙門官員赴浦口當面宣布這一決定，借以顯示自己是參與定策迎立桂王的第二號人物，誰知南京六部等大臣認為馬士英雖有兵權，但鳳陽總督不過是地方官，無權召集朝廷大臣開會，於是誰也沒去。

　　自感掃興的馬士英回到鳳陽，突然得到報告守備鳳陽太監盧九德勾結總兵高傑、黃得功、劉良佐決定擁立福王朱由崧。情況又有變化，馬士英大吃一驚，然而他畢竟屢經宦海浮沉，老於世故，看準了朱由崧要當皇帝已難阻止，他有最親近的皇室血統，有將帥統兵為後盾，有太監在旁翊讚，不足之處，正缺少一員大臣。馬士英立即改變了主意，同高傑、黃得功、劉良佐、盧九德等人在鳳陽皇陵前立誓，擁戴福王，成了定策第一文臣——把史可法都擠掉了。

　　史可法一開始還蒙在鼓裡，以為馬士英是不是被誰的謠言迷惑了，又親自寫信給馬士英，信中痛罵福王朱由崧昏聵糊塗，沒想到卻成為落在馬士英手中的把柄。

　　為了取得在即將建立的朝廷首席大學士職位，鳳陽總督馬士英抓住史可法為擁立桂王而列舉福王“七不可立”的來信作為把柄，又針對南京等地東林黨人擁潞之聲甚囂塵上，帶領兵馬護送朱由崧直抵浦口，並且在立福已成定局的情況下發文聲稱:“聞南中有臣尚持異議，臣謹勒兵五萬，駐扎江乾，以備非常，志危險也。”

　　史可法知道自己上了大當，攻擊福王的書信落在馬士英手裡，白紙黑字，有口難言，他除了滿腹悔恨地默默跟隨福王朱由崧由浦口乘船前往南京就任監國以外，別無其他選擇了。隨即馬士英便帶領五萬大軍殺氣騰騰的護送朱由崧來到南京浦口。

　　大勢已定，滿心悔恨的史可法，還有東林黨人也隻好接受這個現實了，福王朱由崧在史可法陪同下，乘舟抵達南京城外燕子磯，南京官紳均往朝見。

　　不久，朱由崧登岸，先拜謁孝陵然後從朝陽門進南京城。文武百官朝見後商議立福王為主究竟應當立即登基為帝還是暫用監國名義，這裡的區別是登基後就沒有改變的余地，監國則尚有退步。有的大臣考慮到崇禎三子下落不明，而他們之中任何一人都是較各藩王更符合繼承帝位的人選，因此主張再等待一段時間。

　　最後，朱由崧在南京就任監國，用黃金鑄造監國寶，頒諭天下說:“孤避亂江淮，驚聞凶訃，既痛社稷之墟，益激父母之仇。矢不俱生，志圖必報。然度德量力，徘徊未堪。乃茲臣庶，敬爾來迎，謂倡義不可無主，神器不可久虛，因序謬推，連章勸進，固辭未獲，勉循輿情，暫受監國之號，朝見臣民於南都，孤夙夜競競，惟思迅掃妖氛，廓清大難。德涼任重，如墜谷淵，同仇是助，猶賴爾臣民。其與天下更始，可大赦天下。”

　　就任監國之後，朱由崧依照廷臣的推薦，任命原南京兵部尚書史可法為東閣大學士兼禮部尚書，入閣辦事;馬士英加東閣大學士、兵部尚書、右副都禦史銜，仍任鳳陽總督。而就在這時，吳三桂攜帶太子朱慈烺返回京城登基稱明帝的消息傳來，教過太子讀書的老師方拱乾、楊士聰，還有司禮監太監馬朝進和東宮伴讀丘志忠等人也從京城回到南京，說吳三桂擁立的太子為真，史可法和東林黨人這才松了一口氣，暗自慶幸自己辦事留有余地，力請福王朱由崧去掉監國之號，臣服明帝！

　　在朝堂上，福王朱由崧收到史可法請“去監國之號，臣服明帝”的奏章，臉黑得像黑炭，三十七歲的朱由崧，小字福八，卻一點福也沒有，這一輩子歷盡坎坷，李自成陷洛陽，他的父親朱常洵縋城出，藏匿於迎恩寺，後被搜出遇害。朱由崧自己縋城逃脫，前往懷慶避難，崇禎十七年懷慶聞警，朱由崧又逃亡衛輝，投奔潞王朱常淓，三月衛輝聞警，朱由崧又隨潞王逃往淮安，一直躲在船裡，三月十八日才上岸，好不容易鬥智鬥勇，當了監國，吳三桂又攜帶太子朱慈烺返京城登基稱明帝，他不甘心這麽認命，不甘心讓位，他望了一眼東閣大學士、兵部尚書馬士英，道:“聽說當時李自成的賊軍圍城跟鐵桶一樣，連一隻蒼蠅都飛不出去，這京城的太子不會有假吧?”

　　馬士英還沒吭聲，史可法道:“臣讓教過太子讀書的老師方拱乾、楊士聰，還有司禮監太監馬朝進和東宮伴讀丘志忠等人到京城辨認，已確認吳三桂擁立的太子為真。”

　　福王朱由崧很忐忑，道:“聽說那平西伯吳三桂勾結滿清，我侄兒不會入了董賊那樣的豺狼之手嗎?”

　　史可法知道福王朱由崧說的董賊就是三國時的董卓，他不認同把吳三桂比作董卓，反駁道:“先帝以聖明之主，遘變非常，即梟逆闖之頭，不足紓宗社臣民之恨，是目前最急者無逾於辦寇矣。平西伯因其順勢，先國仇之大，而特宥前辜，借兵力之強，而盡殲其醜類，亦今日不得不然之著數，乃當世之豪傑也！”

　　這時，以錢謙益為首的東林黨人也力請福王“去監國之號，臣服明帝”， 錢謙益於是向福王朱由崧報告了一個重大的軍情:“寧南伯左良玉已經率軍二十萬順江東下，支持太子朱慈烺。”

　　因為左良玉的做官曾得力於侯恂的推薦，侯恂本是東林黨人，左良玉是站在東林黨人的一邊。

　　另外，李自成在居庸關戰敗，左良玉利用這個時機收復了湖北西部的荊州、德安、承天，這時左良玉擁有八十萬兵力，號稱百萬，前五營是他的親兵，後五營是投降過來的士兵。湖廣巡撫何騰蛟以及總督袁繼鹹住在江西，他們都跟左良玉很友好，這一帶都宣布效忠明帝朱慈烺。

　　更重要的是，太子朱慈烺即位後，吳應熊未雨綢繆，讓明帝加封左良玉為平南王。

　　史可法又說，明帝已經派使者到南京，加封黃得功、高傑、劉澤清、劉良佐為四鎮軍官為伯，他們的子孫世襲官職。

　　馬士英一聽，內心的防線徹底奔潰了，自己那五萬兵，就算齊心協力，也打不過左良玉，更何況明帝還分化了他的手下，再怎麽掙扎也沒用了，於是原本一言不發的他，也開始勸福王朱由崧認命，否則自己也保不了他的小命。

　　朱由崧眾叛親離，欲哭無淚，沒有辦法，隻好宣布取消監國的稱號，做回自己的福王，南明朝廷自行解散。

　　最終，史可法帶領在南京的六部大臣北上輔政，南明歸心，大明朝的政權重新初定。

　　新皇朱慈烺決定成立新禁軍，從左良玉、馬士英、吳三桂、唐通、白廣恩、薑襄等各軍營中抽精兵三千，一共六萬人，交給吳應熊、何承志、滿雲龍三兄弟訓練，拱衛京師。