接下來的幾天朱由校應付來自群臣的各種彈劾奏疏，其中，兵科給事中楊漣上奏，遼東經略熊廷弼，連疆警報連接不斷，攻擊他的言論也越來越多，既然不能集中精神對付建奴，就應該繳還尚方劍，回來待罪(邊警日聞，人言屢至，暨不能全副精神誓清醜虜，即當繳還尚方，席蒿待罪不宜效)。他還提出，朝廷應當集思廣益，找一個得當的人經略遼東，以後任命官員，要在任命之前仔細討論，而不要在任命以後再議論紛紛。並請治李維翰，楊鎬，李如楨喪師辱國之罪，以為後人戒。而後又有越來越多的官員彈劾熊庭弼，由於受到東林黨官員的不斷彈劾，不堪輿論壓力，隻得上奏皇帝為自己辯解，並請求罷官回鄉。

　　對於熊庭弼，朱由校還是有一些基本認識的。明光宗泰昌元年(1620)八月，時明神宗方死，明光宗即位。努爾哈赤再率兵攻打沈陽，熊廷弼親自督陣，擊退後金，於是遼東局勢初步穩定下來。

　　熊廷弼在任期間督造軍器，修繕城堡，調兵遣將扼守各衝要地點，互為應援，守備大固。他還親巡沈陽、撫順，相度形勢，召置流移，安定民心。熊廷弼的策略是以守為主，反對浪戰，並聯合朝鮮牽製後金，卓有成效，使後金軍一年多內不敢輕進。從熊庭弼的為政舉措來看，能夠在短時間內穩定遼東節節敗退的局勢，他還是有些能力的，鑒於後來東林黨人推薦的袁應泰在沈陽指揮不力，讓努爾哈赤給攻下來了，其本人也自殺身亡。

　　朱由校本想保下熊庭弼，可無奈反對熊庭弼的人越來越多，自己如果一直堅持不罷掉熊廷弼的經略之職，壓力最後還是在熊廷弼身上，對他的也攻擊會越來越多。無可奈何，隻好同意熊庭弼的辭官請求。而後，群臣推薦，以現遼東巡撫袁應泰為兵部右侍郎兼都察院右僉都禦史，經略遼東，歷史又回到了老路上。

　　袁應泰接旨後上奏自己能力有限，恐怕會誤了國事，不敢任遼東經略，大臣們力薦袁應泰，目前，熊庭弼下野後，遼東無人主軍政，又找不到更加合適的人做主帥，朱由校隻好下旨不許他推辭。在袁應泰前往沈陽之前，朱由校特地叮囑他警惕入城的蒙古人，防止奸細與建奴裡應外合，導致沈陽失守。

　　殊不知受到嚴重儒家思想洗禮的袁大人還是不忍心閉門擋住城外的蒙古人，結局如同原來歷史發展一樣，沒有改變。當然，這是後話了。

　　朱由校在明珠市讀大學的時候，曾經用電腦查找了東林黨的相關資料，由此掌握了許多明末黨爭的信息。明末的黨爭的“黨”並非近代政黨，而是結黨營私的“朋黨”，明末官僚機構中因地緣關系結成的政治派系﹐浙黨﹑齊黨﹑楚黨的合稱。東林黨，像趙南星，劉一燝，韓爌楊漣，左光鬥，周嘉謨，以及不在職的葉向高，李三才等人都是東林黨的著名人物，孫承宗也是;然後就是楚黨，象官應震、吳亮嗣、黃彥士就是，熊廷弼也是楚黨;齊黨，給事中亓詩教、周永春就是;浙黨，象首輔方從哲和給事中姚宗文。

　　目前，在朝堂上，東林黨勢力最大，因為他們在先帝當太子一事上出力最多，而且，之後在“移宮案”中幫助自己順利登基。

　　面對當前朝堂上結黨營私拉幫結派，激烈鬥爭的狀況，要是換了明太祖朱元璋，這些家夥絕不敢如此囂張，這些文官早就被抓的，殺的殺了。

　　為什麽朱由校不能學太祖皇帝用強硬手段呢?今時不同往日，

朱由校沒有足夠的權威，更沒有強大的武力和深厚的經濟實力。搞不好會被大臣們架空，說不定哪天就不知不覺落水或是其他原因就掛掉了，像明武宗。　　大明的官員怎麽就不能像建奴一樣團結呢，雖說人家內部也有很多矛盾，但在大事上面基本上沒火拚起來，沒到你死我活的地步。

　　比如，建奴酋長黃台吉死後，在各方妥協下，由順治小皇帝登基，後來又在多爾袞的帶領下入關逐步奪取天下。

　　看來，朕攤上了一幫豬隊友啊，太坑了。雖然我大明有像孫承宗之類的大明忠臣，在清軍攻城時奮力抵抗，被俘後不願投降最後自殺殉國。但是，這類忠心耿耿的人太少了，大明很大程度是這些“豬隊友”導致的。

　　所以，朱由校應該做的就是提拔一些可為自己所用的官員，像孫傳庭，徐光啟之類的能人。

　　　　孫傳庭接到皇帝宣召到北京的旨意後，立即啟程並於九月二十八日入宮覲見。

　　　　宮裡的太監帶著孫傳庭由孫傳庭不到三十歲歲一副老練成熟的樣子，似乎透漏著一股軍人的氣息，不愧是能夠鎮壓高迎祥，李自成等造反的狠人。

　　　　行過禮後，朱由校賜座與他。然後對孫傳庭說道:“朕聽聞孫卿永城任知縣以來，辦事雷厲風行，行事得體，想必是不可多得的人才。今日朕召見你，便是想知道孫卿對我大明官兵有何見解，其積弊在何。”

　　???“陛下，臣官職卑微，不敢妄言軍事。”

　　???“孫卿盡管暢所欲言，如魏征當年向太宗勸諫一般向朕提供意見，朕虛心求教，無須顧忌太多。”

　　???“謝皇上，微臣就鬥膽妄言了。大明官軍積弊有四:

　　一為軍餉不足，如今朝廷打仗主要依靠營兵，營兵打仗是為了拿餉銀，沒有餉銀容易影響士氣，甚至可能造成嘩變;

　　二為訓練太少，微臣觀察官兵缺乏足夠訓練，前幾年薩爾滸之戰中除戚家軍和白杆兵訓練有素，能夠抵擋數倍於己的建奴軍隊，反觀其他官軍，往往需要;

　　三為火器不足且質量差，我大明官軍對韃虜所佔有的優勢就是火銃與火炮，若能夠使官軍裝備大量合格的火器，必能夠扭轉劣勢。

　　再就是軍中老弱多而青壯少，打仗拚的是體力，老弱病殘沒有充足的體力，作戰時體力跟不上，無法與體強力壯的敵軍抗衡。

　　此四弊其實歸結一起，終究還是在於朝廷的撥款。

　　　　然而，朝廷撥發軍餉給士兵，經手的次數愈多，到士兵手上的餉銀就愈少，而用於裝備火器的銀子也就越少，層層克扣之下朝廷的撥款自然就不夠了。