另外就是衛所糜爛，如今衛所早已無當年太祖、成祖時期的戰鬥力，軍戶更是淪為衛所軍官的奴隸，且每年逃亡軍戶數以萬計，根本不能打仗，朝廷只能招募大量營兵參與作戰。”

　　衛所制度在明朝初期發揮過積極的作用，而到後來這一制度逐漸崩壞。其原因有二。

　　第一，社會地位低。軍戶的管理非常嚴格，除籍也很難，要皇帝的赦免才行，比如張居正就是軍籍，但是大多數人這輩子都沒有機會，這樣世世代代的軍籍對於這些人來說是一場災難，普通的百姓根本不願意嫁女兒到軍籍的家庭，他們的妻子丈夫也只能來自於軍籍，這種生活上的困破和別人的歧視導致軍戶們根本沒有鬥志去保衛國家，不僅自己要當兵自己的後代也要當兵，永遠沒有出路。

　　根據萬歷年間的西方傳教士利瑪竇在《16世紀的中國》中寫道:在這個國家中，也許沒有哪個階層比這些士兵更為卑賤和懶散，平時，他們抬轎、喂馬，像奴仆一樣受人役使。

　　　　它們不僅生活困苦而且還比別人低一等怎麽會有奮勇殺敵的鬥志呢?

　　第二，經濟困難，生活水平低下。衛所依靠的是屯田制度，沒有屯田國家是養不起那麽多兵士的，比如洪武末年全國軍在一百二十萬，永樂後期大概是兩百八十萬，發餉銀是不可能的，國家根本沒有那麽多錢，所以只能依靠屯田制度，但是屯田有個問題就是這些衛所兵漸漸地成了軍官的佃農或者奴隸，長官強取豪奪普通軍戶的土地。

　　　　例如正統四年尚書王驥奏:“貴州衛所良田皆為官豪所佔，貧窮軍士無寸地可耕”，因為長期不打仗和營養不良也沒人訓練了，這樣的軍戶根本沒有戰鬥力，他們只是沒有受過訓練而且長期吃不飽的農民。

　　　　因為上述的這兩點原因，導致越往後期逃亡的數量越來越多。到了嘉靖萬歷年間大部分衛所實際人數其實只有在籍人數百分之三十左右，逃亡的軍戶達到百萬人，嘉靖八年僅有兵士79萬，與成祖時期的兩百多萬已經相去甚遠，衛所制度這時基本上就宣告破產了。

　　“不錯，有見地。孫卿對京營又有何看法?”朱由校點點頭然後繼續詢問。

　　“至於京營，據臣所知，裡面都是一些接受祖上庇蔭，吃空餉之輩，且多年未經戰爭，戰力堪憂。”說到這裡，孫傳庭面露一絲憂慮，歎了口氣。

　　???“孫卿所言甚是，朕欲整頓京營，重振當年洪武、永樂盛況，不知孫卿是否願意替朕將已經腐敗、孱弱的京營打造成一支強軍?”

　　???一聽皇帝要重用自己，面對這面前天大的機會，孫傳庭當即跪下行禮，說道:“願為陛下，為我大明盡全力，以報陛下知遇之恩。”

　　???“好，卿且起來，朕任命卿為欽差大臣，賜你尚方劍，負責整頓京營，肅清不良風氣，給朕打造一支遠勝於洪武、永樂年間的京營。”朱由校高興地用雙手扶起孫傳庭。

　　　　“臣一定替陛下打造一支強軍。”孫傳庭說著就激動的流出來。

　　　　孫傳庭退出宮後，過了一會兒，王承恩過來，說道:“皇上，朱由校召徐光啟覲見，少詹事兼河南道禦史徐光啟大人已到。”

　　“傳！”

　　　　一個高高瘦瘦的老年人在太監的引領下走進了乾清宮，朱由校坐在龍椅上打量此人，氣宇軒昂，下顎蓄著一綹長長的胡子，

不愧是明末著名的科學家，以前朱由校只在書本上了解過他，而現在能夠親眼看到真人。　　　　徐光啟是明朝末年儒學(實學學派，以及經學領域中的漢學學派)、西學、天學(天主教神學)、天文學、數學、水利學、農學、軍事學等領域學者，著書有《農政全書》。官至崇禎朝禮部尚書兼文淵閣大學士、內閣次輔。而且還是中西文化交流的先驅之一，曾大力支持學習西方火器，提升軍隊戰鬥力，希望以此來成就明末危局。

　　徐光啟進來後向朱由校行禮，禮畢後朱由校賜座。

　　“徐卿去年在通州督練新軍，境況如何?”

　　“回陛下，軍餉、器械供應困難，若是朝廷能夠提供足夠的錢糧，臣定當訓練一支如戚家軍一般的強軍。”

　　　　“至於練兵，朕已經派人著手整頓京營，並督練新兵了。此事先不提了。

　　　　徐卿，朕近日夢見仙人，他們告訴朕大明吏治腐敗，土地兼並愈演愈烈，百姓慘遭剝削，不得不造反，若是不變法，則大明二百余年國祚將盡，必要改朝換代。

　　　　然而，我大明太祖早已位列仙班，不忍大明百姓受此苦難，遂上請昊天上帝托夢以警示朕。朕常讀史書，熟知中國歷朝歷代改朝換代，多是戰亂不斷，最受苦的還是百姓，為保我億兆生民安康，而要變法必須專研科學與技術。因此，朕決定設立皇家科學院。”

　　古人對自然遠沒有現代人理解的多， 絕大多數人都是相信存在鬼神的，徐光啟也不例外，從他加入天主教會就知道。聽到朱由校說得這麽神乎，徐光啟於是就相信了。聽到“科學”一詞，就有些不理解了，便問道。

　　“陛下所言之‘科學’，究竟為何意?”

　　“科學者，分門治學，格物致知，研究自然之物得到學問。朕希望卿能擔起重任，成為皇家科學院的院長，召集專研格物之學的人才，變法圖強。”

　　“臣定當為陛下，皇家科學院鞠躬盡瘁，死而後已。”

　　說到這裡，徐光啟如之前孫傳庭一樣向朱由校跪謝，徐光啟在想自己活到這把年紀了還能得到皇帝的賞識和重用，並且從事自己剛興趣的領域，自然生出感激之情。

　　接著朱由校又向徐光啟詳細講解創辦皇家科學院的細節。

　　“朕會下旨在皇莊劃出一塊地用於建設皇家科學院，目前，皇家科學院還沒建起來，徐卿先尋找一些有識之士加入科學院，吸引泰西之人加入也可。

　　徐卿可招募這些有真才實學的外邦人為大明所用。如果他們能到皇家科學院工作，朕可以允許他們建教堂，當然也不能讓破壞華夏千年以來的優良傳統。”來大明傳教進行文化交流可以，但是，必須按照朕的規矩來，否則，立馬送你們這些番夷去見上帝。

　　“微臣明白了，臣與泰西人熟識，如金尼閣、湯若望等人，臣發現泰西之學有許多中學可借鑒之處。必定能為我大明所用。微臣回去後變寫信邀請金尼閣等人來京。”

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