小智一行人又經過漫長跋涉後，終於來到了大傻谷。

　　看著許多人拿著鏟子，鎬頭一類的東西一起向前走去，小霞非常好奇地問:“大傻谷到底發生什麽事了?這些人去幹什麽啊?”

　　小智解釋道:“應該是去挖化石吧，在這個地方發現了已經絕種的寶可夢的化石。”

　　這時，後面傳來小茂的聲音:“小智，果然是你！你也來挖化石的嗎?不行，我現在很忙，趕緊去挖化石。”說完就跑了，生怕會挖不到化石。小智在心中吐槽著小茂:這小茂，行事還是這麽風風火火的。

　　小智吐槽完小茂，對小霞和小剛建議道:“我們也去看看吧。”然後一行人繼續前進。

　　到達大傻谷後，發現這裡是人山人海，大家都在忙著挖化石。小茂挖到了，就去拿給專門研究化石的人員去鑒定，沒想到結果居然是寶可夢糞便化石。見狀，小智捂著臉有些哭笑不得。小茂則沒臉繼續呆在這裡了，直接走了。

　　就在小茂走了後，小智聽到了火箭隊喵喵的聲音:“喵！不知道武藏和小次郎他們順利不?”小智一行人立刻轉過頭去看到了喵喵站在旁邊的山谷邊上。喵喵還在自言自語:“以武藏和小次郎過去的記錄，不知道可不可以依靠啊?喵！”完全沒有發現小智一行人。

　　這時，武藏和小次郎突然從一塊岩石後面出現，並且念著火箭隊的經典登場台詞。不過，喵喵這次聽不下去了，直接打斷了武藏和小次郎，並且問他們炸彈安裝好了沒有。

　　武藏脾氣火爆，哪受得了這氣，立刻發威，直接一巴掌拍飛喵喵，說道:“幹啥，炸彈當然早就裝好了。”隨後，小次郎也無所謂地說道:“就是，只要將這一帶的岩層炸掉，隱藏的寶可夢化石一定可以得到的。”

　　小霞聽了火箭隊的對話，既驚訝又氣憤地說道:“炸彈?他們想用炸藥炸毀大傻谷。”小剛則想到那些在下面挖化石的人們，擔憂地說道:“真要這麽乾的話，下面的人就危險了。”小智這時也說道:“我們必須去阻止他們。”說完，和皮卡丘一起立刻向火箭隊跑去，小霞和小剛也隻好跟在後面。

　　小智一行人趕到的時候，發現喵喵已經點燃了導火線，而且已經燒得很遠了。小智看到導火線後，二話不說向前追去。小霞和小剛緊隨其後。

　　武藏看到小智一行人要去滅導火線，立刻拉著小次郎和喵喵追了上來。最終還是沒追上導火線，而炸彈也爆炸了。不過，火箭隊三人組還是有分寸的，這個炸彈的威力不是很大，僅僅只是使地面裂開了一個大縫。小智一行人和火箭隊三人組都落了下去。

　　小剛拿出超音蝠:“超音蝠，拜托你了。”小智也派出比比鳥和超音蝠:“比比鳥，你去幫小霞，超音蝠，就拜托你了。”比比鳥抓住了小霞。三人在寶可夢們的幫助下安全著陸了。

　　著陸後，小智和小剛收回了自己的寶可夢。小霞看著黑漆漆的四周，有些害怕地問道:“這裡哪裡啊?”喵喵猜測道:“這裡應該是大傻谷的地下洞窟。剛才的爆炸在上面開了一個大洞，我們都是從上面掉下來的喵。”武藏一聽這話，瞬間倒打一耙，很氣憤地對小智一行人說道:“你說什麽?臭小鬼，都是你們害的。”小次郎也附和道:“對，就是因為你們來妨礙我們，事情才會變成這個樣子的。”

　　小智在一旁默默地凝聚著波導彈，準備給火箭隊三人組一個教訓。而小霞則直接罵了回去:“你們說什麽?歸根結底，

還是因為你們不應該設置炸彈。”小智放棄教訓火箭隊了，因為他發現四周全是化石寶可夢，派出了火恐龍:“火恐龍，就決定是你了。”火恐龍一出現，就因為尾巴的火焰而使四周明亮起來，並且出現了許多紅色的光點，看著這麽紅光點，小霞害怕地叫了起來:“啊！那些是什麽啊?”　　小智則是興奮地解釋道:“是菊石獸，多刺菊石獸，化石盔，鐮刀盔啊！據說這些都是幾萬年前就已經絕種的寶可夢。”武藏和小次郎聽到小智的話，非常高興地說道:“太棒了，我們將要成為幸存的古代寶可夢的發現者了。”他們已經開始幻想以後的美好生活了。

　　這時，小霞發現了問題，猜測道:“可是，它們的狀態好像不是很好，眼中都充滿了血絲。難道是因為我們吵醒了它們?”同時，害怕地躲在小智的身後。畢竟，古代寶可夢可是會吃人的。小智放出了胖丁:“胖丁，就決定是你了，使用唱歌！”胖丁一出場，聽到是要唱歌，十分開心，立刻就使用了唱歌的技能。

　　之後，火箭隊三人組和古代寶可夢們紛紛睡了過去，由於小智一行人紛紛拿出早已準備好的耳塞戴上，避免了睡過去。小智看了看這些古代寶可夢們，拿出精靈球，收服了化石盔，鐮刀盔，菊石獸，多刺菊石獸各一隻，問道:“小霞，小剛，你們要收服嗎?這些都是水系和岩石系的寶可夢。”隨後，小霞也收服了一隻化石盔和一隻菊石獸。小剛則搖了下頭，表示不想收服這些寶可夢，所以就沒有收服一隻寶可夢。

　　因為上面已經被封了，在看到小霞整理好後，小智說道:“上面沒路了，我們繼續往前走，看看有沒有路吧。”其實小智是有目的的。小霞和小剛也沒有其它辦法，隻好說道:“也隻好這樣了。”

　　小智一行人不知不覺走到了一塊巨石前，看到巨石上面有一隻寶可夢，小剛不知道是什麽寶可夢，便問道:“那是什麽寶可夢?”看到化石翼龍，小智就知道這次的目的已經達到了，激動地介紹道:“那是遠古天空的王者——化石翼龍！我的目標就是它！上吧，火恐龍，使出火焰漩渦！”由於化石翼龍在沉睡，火焰漩渦一下就命中了，也驚醒了化石翼龍，開始反擊火恐龍，但由於火恐龍沒有翅膀，不會飛，一直處於被動局面。

　　小智見狀，立刻指揮道:“火恐龍，不要認輸啊！使用噴射火焰。”看著朝自己飛過來的化石翼龍，火恐龍噴出火焰，不過，被化石翼龍避開了，火恐龍氣得身體發出白光，進化成噴火龍了。

　　小智看到噴火龍後，立馬興奮起來，這可是原劇情中小智的王牌寶可夢啊！小智對噴火龍說道:“太好了，噴火龍，使出龍之怒！”噴火龍追上化石翼龍後，一個近距離地用出了龍之怒，化石翼龍被攻擊後非常生氣，一個猛撞朝噴火龍攻了過來。在化石翼龍快要撞到噴火龍的時候，小智抓住機會下令道:“噴火龍，抓住它，使出地球上投。”然後就看到噴火龍雖然受到了來自化石翼龍的衝擊力，但也抓住了化石翼龍，並使出地球上投，令化石翼龍失去戰鬥能力。

　　小智扔出精靈球，將化石翼龍成功收服。將胖丁傳送到大木博士的研究所。小霞和小剛看到小智成功收服了化石翼龍後，紛紛過來恭喜小智，皮卡丘也高興地叫著。

　　事情解決，小智一行人繼續尋找著出路，經過探索後，小智一行人發現這裡根本沒有出路。小霞非常沮喪地說道:“好像沒有出路嘞！”小智立刻派出化石翼龍:“既然如此，小霞，小剛，你們讓開，化石翼龍，就決定是你了，對上面使用猛撞。”化石翼龍的特性是堅硬腦袋，不會受到技能返傷，猛撞成功撞開了擋沮的石頭，然後就帶著小智一行人回到了地面，而火箭隊三人組則被遺忘在地下。

　　回到地面的小智迅速收回了化石翼龍，稍微尋找了一下，就發現了一顆波克比的蛋，眼疾手快地將蛋收入背包。

　　就這樣，小智一行人繼續著他們的旅行。到了一個沒人的地方，小智把波克比的蛋給了小霞，小霞對此很疑惑，小智解釋道:“之前，我收服胖丁的時候不是答應過送你一隻寶可夢嗎?這個波克比的蛋，”隨後，一邊拿出圖鑒翻到波克比的資料給小霞看，一邊指了指蛋，說道:“你看，蛋上的紋路，是不是一樣啊?”小霞看著波克比的樣子，有些不確定的問道:“好可愛啊！真的要送給我嗎?”小智笑著說道:“嗯，送給你。”小霞也開心地抱著波克比的蛋向小剛請教孵寶可夢蛋的知識去了。