小智一行人繼續旅行著，途經了小次郎的家，見證了小次郎和他的未婚妻魯美嘉之間的恩怨情仇。

　　這天，小智收到了大木博士的電文，給大木博士打了個電話，電話裡，大木博士因小智收服了化石寶可夢對小智說了一堆廢話，並且告訴小智，大傻谷已經由於化石寶可夢的出現，被聯盟重視起來了，未經允許不能通行。而後又和喵喵聊了一會兒，據喵喵報告，小智收服的那些化石寶可夢們把大木博士嚇了一跳，最後還是喵喵製作了一個機器人，這才製服了化石寶可夢們。

　　幾天后的路上，波克比也在小霞的期待中誕生了，小霞開心地抱著波克比說道:“好可愛啊！波克比，你好啊！”波克比高興地叫著“jiaoduigvli！”小霞也收服了波克比，將寶石海星傳送到華藍道館去了。波克比出生後，皮卡丘就化身為了保姆皮，基本上為波克比操碎了心。

　　這天，小智一行人碰到了一個背著登山包的大叔，要求進行一場寶可夢對決，小智自然是來著不拒當場派出妙蛙種子，大叔的寶可夢是一隻獨角犀牛，經過一場戰鬥後，小智的妙蛙種子快要進化了，痛苦地呻吟著，小智見狀，二話不說，抱起妙蛙種子就朝寶可夢中心跑去，小霞和小剛也立刻追上去。

　　到達寶可夢中心後，時間已是傍晚。喬伊小姐經過一番檢查後對小智說:“你的妙蛙種子沒事，只是開始出現進化的征兆罷了。”

　　小智聽完，說道:“它沒事就好。”小智其實害怕自己的妙蛙種子不想進化，並沒有很興奮，小智很顧及自己的寶可夢們的想法，它們是自己的夥伴，小智尊重它們的決定，雖然小智有時候會給寶可夢們提些建議，如果寶可夢們不樂意，小智是不會去強求的。

　　然後喬伊小姐就和小智一行人聊起了天。介紹了有關妙蛙種子進化的傳說:原來到了某個時期，妙蛙種子們就會從各處湧來，聚集在一塊，舉辦進化的慶典。

　　小剛聽到後感慨地說道:“看來我們即將迎接重要的時刻呢。”小霞這時突然問道:“進化是在哪裡發生的?”看來很想知道進化的場地，畢竟這是一大奇跡啊。喬伊小姐笑著解釋道:“在被稱為不思議花園的地方哦。”小剛對這個地方感興趣。喬伊小姐繼續說:“可到現在為止還沒有人見過那個地方，所以被人們認為是幻影呢。”小智則非常肯定地說道:“我相信不思議花園一定在某個地方。”

　　夜晚，小智一行人吃過晚飯，小霞和小剛開始休息，小智擔心妙蛙種子可能要去不思議花園，所以沒睡，一直看著外面。就在這時，小智看到妙蛙種子朝著花粉流動的方向走去。小智將小霞和小剛喚醒，抱起皮卡丘跟上妙蛙種子。

　　小智一行人跟著妙蛙種子跑了一段時間，四周突然長出許多藤蔓，把小剛嚇了一跳:“這是什麽?”小霞看著前方立刻說道:“你們看，這些藤蔓要把前面的路堵塞起來了。”小智知道這裡就是不思議花園了，率先跳了過去。小霞和小剛也跟著跳過去。

　　小智一行人跳過藤蔓後，皮卡丘指著一個方向叫起來:“pika！”小智問道:“皮卡丘，怎麽了?”不過小智一行人跑過去就看到下面平坦的草地上有很多的妙蛙種子，然後這些妙蛙種子就開始唱歌。就在小智一行人吃驚的目光下，正中央那棵巨大乾枯的樹開始成長，並且開出了大片的紅花，就連地上也開出了許多小紅花。看到這樣的美景，

小霞陶醉地說道:“真漂亮啊！”　　不過，就在這時，地面突然開始震動起來。不一會兒， 從樹洞裡走出一隻妙蛙花。小智見到這隻妙蛙花後，猜測它的實力已經距離神獸只有一線之隔。

　　然後慶典開始了，在妙蛙花的叫喊和妙蛙種子的回應下，妙蛙種子們開始吸收飄著的花粉，都進化成了妙蛙草。

　　小智知道自己的妙蛙種子是不願意進化的，可是這裡都是妙蛙草，小智猜測著:難道妙蛙種子並沒有來這裡?那它去哪裡了?小智現在非常納悶。

　　就在這時，天空傳來火箭隊的聲音:“……(火箭隊經典登場台詞)”武藏一邊說一邊從熱氣球下伸出一根大管子，笑道:“哈哈哈，妙蛙草和妙蛙花我們火箭隊就接收了。”小次郎隨後按下一個按鈕，管子就開始吸氣，好多妙蛙草都被吸起來了。小智看到這一幕，擔心地喊道:“妙蛙草！”就在這時，一隻妙蛙草對小智開心地叫了一聲“dana！”並且飛快地衝過來。

　　小智看到後，開心地問道:“你進化成妙蛙草了?”小霞和小剛也走過來恭喜小智。皮卡丘也和妙蛙草說著恭喜的話。

　　看到妙蛙花拖住了火箭隊，小智對自己的妙蛙草說道:“好，妙蛙草，我們去幫妙蛙花，使出日光束！”在太陽升起的時候，妙蛙草開始吸收陽光能量，向火箭隊的氣球發射出去，打破了裝著妙蛙草們的罩子，並且引爆了氣球，妙蛙草們也都出來了，隨後，妙蛙草們和妙蛙花使出了藤鞭，把火箭隊打飛了:“好討厭的感覺啊！”

　　事後，小智一行人也回到寶可夢中心，在和喵喵聯系交換了寶可夢之後，又繼續踏上了旅途。