“三王並封”雖然平息，但王錫爵感覺壓力實在太大，自己一個人難以支撐，於是上疏希望皇帝能放他告老還鄉。

　　萬歷帝看到王錫爵要撂挑子不乾，馬上派文書官潘朝用到內閣，傳達他的諭旨:“卿為首臣，既知朕心，又何避怨?亦來迫其豫教！”

　　萬歷二十一年(1593年)十一月十九日，慈聖皇太后壽辰。萬歷帝在久不臨朝後，破例到皇極門接受百官祝賀，禮畢後，又在皇極殿暖閣單獨召見了王錫爵。

　　這次召見，王錫爵再次提及冊立之事，萬歷帝終於作出一絲讓步，同意皇長子朱常洛在冊立前先出閣講學。隨後，萬歷帝命內承運庫太監孫順估算出閣禮儀所需開支。

　　孫順摸透了萬歷帝的心思，深知皇帝並不太樂意為皇長子辦出閣禮，便阿附聖意，開出了一張令人瞠目結舌的帳單，各項支出總計不下數十萬兩銀子。

　　戶部、戶科看到這份帳單，認為開支過大，主張節省。

　　萬歷帝抓住這一把柄，立即傳諭內閣，借口皇長子出閣禮所需費用問題，“若如該部、科言其過費，出講少俟二三年，冊立一並舉行，庶可省費”。

　　戶部見此，隻得以出閣大典為重，遵旨籌辦。

　　萬歷二十二年(1594年)二月初四，皇長子出閣講學，但以尚未冊立為皇太子為由，侍衛、儀仗一切儀注，從簡從略。

　　皇長子朱常洛這才向太子的目標邁出了艱難一步。

　　這邊，冊立之事剛有了一個好的開始，那邊，內閣與部臣之間又開始了水火不容。

　　戶部官員趙南星與孫鑨負責考核京官，兩人秉公罷黜了一些不合格的官員，這其中既有前首輔趙志皋的弟弟，也有王錫爵的舊屬。為避免讜爭之嫌，連孫鑨的外甥吏部文選司員外郎呂胤昌、趙南星的姻親都給事中王三余也一同遭到斥黜。

　　不過令人萬沒想到的是，兩人的激進手段引發了躲王錫爵身後的一系人馬的報復。三月，言官以拾遺彈劾吏部稽勳司員外郎虞淳熙、兵部職方郎中楊於庭、主事袁黃。以上三人皆為京察力推的人選。孫鑨上疏力保虞淳熙和楊於庭，僅同意將袁黃罷免。

　　刑科給事中劉道隆在內閣授意下，彈劾吏部“曲為解說，僅議一袁黃而止，非體”。

　　萬歷帝下旨切責，孫鑨對此自辯:“淳熙，臣鄉人，安貧好學。於廷力任西事，尚書石星極言其才。今寧夏方平，臣不敢以功為罪。且既名議覆，不嫌異同。若知其無罪，以諫官一言而去之，自欺欺君，臣誼不忍為也。”

　　萬歷帝認為孫鑨等人結讜專權，拒不認錯，加上內閣擬職以辯護為名暗指趙南星“是已非人，抑揚太過，致招訾議”，最後導致孫鑨罰俸、趙南星連降三級。

　　李世達等人上疏挽救，萬歷帝卻更貶斥趙南星為平民，上疏論救的王汝訓、魏允貞、曾乾亨、於孔兼等一大批人受到牽連。孫鑨因此事心灰意冷，辭官歸鄉。

　　數名同僚遭受不白之冤，朝臣們自然把這些全算在了王錫爵的頭上，認為此事是他一手操縱，因此對他十分憤恨。王錫爵多次上書申辯無效，遂連上八疏辭去了首輔之職，回鄉養老。

　　王錫爵辭官，首輔之位空懸。萬歷帝命吏部根據品望推選六七位能夠勝任首輔之職的官員聽候點用。吏部尚書陳有年與吏部文選司郎中顧憲成合擬了七人名單上報，請皇帝親裁。

　　不料，陳顧兩人提名之人，皆是萬歷帝所厭惡的，

尤其顧憲成提名的前大學士王家屏，更是違背了萬歷帝的旨意，從而觸怒了萬歷帝。顧憲成由此被削去官籍，革職遣送回家。　　顧憲成出生於無錫涇裡一個書香門第，革職回到家鄉後，顧憲成決定從事講學活動，同時宣揚他的正治主張。恰好在無錫有一所宋朝學者楊時曾經講過學的東林書院，他就同弟弟顧允成倡議維修。維修書院的事，得到許多地方志友以至常州知府、無錫知縣的資助和支持，最終於萬歷三十二年(1604年)修複了這所書院。

　　東林講學之際，正值明末澀會矛盾日趨激化之時。東林人士諷議朝正、評論官吏，要求振興吏治，開放言路，革除朝野積弊，反對權貴貪贓枉法。這些針砭時政的主張得到當時廣大讀書士子的廣泛同情與支持，同時也遭到宦官及其依附勢力的激烈反對。兩者之間因正見分歧發展演變為明末激烈的讜爭局面。反對派將東林書院講學及與之有關系或支持同情講學的朝野人士籠統稱之為“東林讜”。

　　正因於此，淸初學者谷應泰才將萬歷二十一年的京察案作為東林讜爭的起始。

　　說回朝堂，首輔之位不能久缺，吏部的推薦又不能讓萬歷帝滿意，選來選去，最後只能讓趙志皋二任首輔。

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　　李贄這些年的講學著書並不太平，因其Y端言行引起了當地官府的極大恐慌，傳言黃州知府已命人四處張貼榜文，要擒拿他本人。

　　面對這些流言，李贄的弟子擔心老師發生不測，紛紛勸他外出躲避，李贄對此卻道:“妖言惑眾，我豈懼哉！”

　　萬歷十九年(1591年)，李贄前往武昌府一遊，暫住於城外二十裡的洪山寺。李贄原想先遊覽一下黃鶴樓的勝景，再去遠眺漢口晴川，遊歷江夏九峰山。但其剛剛登上黃鶴樓，還沒來得及眺望晴川閣的煙霞，就遭到了一夥無賴的圍攻，這夥人誣蔑李贄為“左道”，群起攻之，幸得路人及時解圍，方才脫險。事後調查，才知這夥無賴是受李贄已故好友耿定理的兄長刑部左侍郎耿定向的指使。

　　面對步步逼近的危險，李贄依然我行我素，直讓宋洲的外派人員捏一把汗。

　　經過商議，宋洲外派人員合力偽造了一封李贄好友梅國楨的書信，邀請其前往大同參入兵書修訂，再趁機將其轉移至東北總督府。(注:梅國楨因參入平定哱拜之亂有功，遷任大同巡撫)

　　李贄收到梅國楨的“書信”，在弟子與老友的多番勸說下，終於答應北上大同。