在同治五年(1866年)秋天，時任安徽巡撫的英果敏處理了一樁涉及外籍傳教士的隱秘事件，該事件在當時並未廣為人知，只是留下了教士莫名失蹤的疑雲。那時，英果敏剛升任安徽巡撫，並在潁州駐扎督師。忽然有兩位英國傳教士帶領十多名通譯和隨從乘坐兩艘淮河船隻到達，聲稱受上海徐家匯總部派遣前來安徽傳教，並請求拜見巡撫以獲得許可。英果敏熱情接待了他們，並承諾將會全力支持他們在本地傳教活動，包括購買土地建教堂，如有百姓阻撓，將嚴懲不貸。兩位傳教士對此感激不盡，連連稱讚英果敏為賢明的中丞。

　　然而，送走客人後，英果敏立刻召見了沿河兩營的營官，下達了一個出人意料的命令:在當天深夜三更時分，待船上人員熟睡之際，率領士兵悄然行動，將兩位傳教士及其隨行人員全部斬殺，包括船上的船工、婦女和兒童，務必確保無人逃脫，屍體要焚燒，遺骸要妥善掩埋，務必在天亮之前完成所有清理工作。兩營官遵照指示執行，一夜之間，兩船上的男女老幼共計四十多人悉數遇害。

　　事後，上海教會尋找這兩名傳教士的下落，安徽官府回復未曾見到。不久後，雲南發生了類似事件，引起了國際關注。英果敏私下對人表示，如果處置得不夠乾淨利落，像雲南那樣，可能會導致國家賠償巨額款項。他似乎對自己的果斷處理頗感得意。有人傳言，這一謀劃可能出自他人之手，比如裕庚。兩名傳教士固然含冤，而船上無辜的全體家庭成員更是枉死。動蕩時代，人命如草芥，這種情況的發生無疑是由於對外交往認識不足和處理手段粗暴所致。