魯王孔有德率領他的近衛軍投入戰鬥後起到了立竿見影的作用，他直屬的近衛軍是以跟他起家的東江騎兵為班底組成的，他們之後還獲得了大量的歐洲裝備，升級為了擁有馬拉火炮的龍騎兵部隊，並且孔有德也按照歐洲軍製也設置了胸甲騎兵和輕騎兵，在明魯戰爭中他們對明軍幾乎是百戰百勝，當然這也是因為他們沒有跟關寧騎兵交手過，而現在近衛軍騎兵的實力比之前更強。

　　那些短時間內迅速膨脹人數的農民軍碰到魯軍近衛軍結果自然可想而知，在當地活動的革左五營等農民軍被近衛軍騎兵打得連戰連敗，結果很快農民軍各部面對魯軍騎兵是望風而逃，畢竟他們大多來山東就是為了搶掠糧草的，他們可不想為此把自己的性命搭上，然而由於農民軍活動范圍太大了，這導致孔有德不得不分散近衛軍，雖然文官們對此強烈反對，但是孔有德對自己的實力很自信。

　　結果這個時候張獻忠讓自己的乾兒子李定國進入山東，他意圖為自己日後進軍山東去建立基礎，李定國麾下的軍隊轉戰多年經驗豐富，實力比革左五營這些強很多，而且李定國有勇有謀能征善戰，他見到孔有德如此的輕敵大意，他就打算找個機會趁機擊殺孔有德，這樣到時候山東就會陷入混亂，只要張獻忠趁機進軍就能趁機吞並山東。

　　於是李定國直接帶兵襲擊了孔有德所在的東昌府不遠的丘縣和館陶，當地的天主教會和民兵團練見狀趕緊向孔有德求援，孔有德果然立刻帶領上千近衛騎兵前來增援，李定國先派兵去攔截孔有德，結果面對近衛騎兵的衝擊這些農民軍迅速崩潰，孔有德乘勝追擊很快殺到衛河沿岸，結果此時李定國立刻集結了本部精銳主力和周圍的農民軍開始圍攻孔有德。

　　孔有德見遭遇農民軍各部圍攻，他就直接率領騎兵發動反衝鋒，很快就打得農民軍是節節敗退，但是關鍵時刻李定國親自率領本部精銳在正面應戰，他最終總算是擋住了孔有德的近衛騎兵的衝擊，而其他農民軍各部見狀也都覺得自己行了，他們認為有李定國率部頂在前面，他們過去乘勝追擊也能撿到不少人頭，於是他們立刻紛紛殺了過來進行反攻，就這樣雙方在衛河沿岸展開了激戰。

　　最終農民軍憑借著數倍的人數優勢逐漸佔據了上風，李定國打得孔有德的近衛騎兵是傷亡慘重，孔有德見狀趕緊在近衛騎兵的保護下開始突圍，李定國見狀趕緊命令農民軍前去封堵，最終魯軍騎兵經過浴血奮戰後成功的保護孔有德突圍出去了，但是孔有德帶來的上千近衛騎兵也幾乎是損失殆盡，最終他只能帶著上百殘兵逃到館陶城進行防守，李定國順勢率領農民軍包圍了館陶城，他命令農民軍各部立刻開始全力攻城，他命令農民軍務必要迅速擊殺孔有德。

　　李定國率領各路農民軍瘋狂的去圍攻館陶城，城內的天主教民兵和近衛軍殘余展開了拚死抵抗，但是面對人數過多的農民軍和李定國的精銳部隊，館陶城很快就被他們打得是搖搖欲墜，“蒼天啊，難道我孔有德就要命喪於此了嗎！”，魯王孔有德望著城牆下如同潮水般的農民軍感到了萬籟俱灰，他不甘心自己就要死在農民軍受傷，此時的他已經做好城破後自焚的準備。

　　然而關鍵時刻魯伊上校率領三千葡萄牙軍隊趕到館陶城，他之前就打算率領葡萄牙軍隊跟孔有德直轄的近衛軍會和，他在得知孔有德遇襲立刻率部前去增援，一路上之前被打散的近衛軍騎兵也紛紛前來加入他的軍隊，很快魯伊上校就集結了五六千精銳部隊，魯伊上校於是率領軍隊連夜發動奇襲，並且在研究了農民軍的情況後，他專門盯著追隨李定國的普通農民軍暴打，結果很快這些濫竽充數的烏合之眾就被打崩，然後他們還直接衝散了李定國率領的精銳部隊。

　　李定國看到這種情況頓時悲憤交加，這些隊友作戰只會搶人頭不說，關鍵時刻成天擱這掉鏈子，要知道明明夜襲的魯軍和葡萄牙軍隊人數並不多， 但是這些只會抱大腿的農民軍別部直接自亂陣腳，而孔有德則趁機集結城內部隊主動出擊，結果農民軍很快就直接陷入了混亂，李定國見狀也就意識到這個計劃已經功虧一簣，於是他只能無奈的下令撤軍保存實力。

　　這一戰之後李定國對這些農民軍隊友的發揮感到非常的失望，而這些農民軍各部則認為李定國只是想讓他們消耗實力為自己牟利，這導致他們之後也沒有組織大規模聯合行動的想法了，而在此之後農民軍各部只能像沒頭蒼蠅那樣到處亂竄，他們繼續跟各地的魯國民兵展開小規模戰鬥，農民軍各部也曾嘗試在徐州府和兗州府發動進攻，但是都被耿仲明和王子登的魯軍主力擋住。

　　而孔有德被解救出來後魯伊上校反覆告訴他此次死裡逃生的上帝的旨意，上帝要他肩負起在東方大陸傳播福音並且打擊異教徒的使命，之前孔有德其實並不太相信天主教，他此前皈依天主教主要也是看重葡萄牙對他的援助，但是自從皈依天主教後他所向披靡開疆封國，這次他又成功的死裡逃生，在這種情況下他開始相信上帝的旨意。

　　於是孔有德開始大力的推廣天主教信仰，而歐洲傳教士和山東天主教教會也把他塑造成了聖人，他們號召魯國全體民眾皈依天主教並且在孔有德的帶領下戰鬥，換之前這種情況基本上肯定會被當地文人鄉紳們嗤之以鼻，但是農民軍的入侵讓他們必須要全力支持孔有德，加上農民軍四處攻擊教堂，孔有德以此為理由宣布對農民軍展開聖戰，以此號召天主教教徒組建山東十字軍西征河南的異教徒。