多鐸率領的清軍在旅順被穆裡尼奧的葡萄牙軍隊擊潰，這個消息傳到盛京後頓時引發了巨大轟動，滿清上下都沒有想到葡萄牙人竟然能有這種能力，要知道多鐸雖然論才能比不過多爾袞和阿濟格等人，但是好歹也算是久經沙場熟悉軍略，跟隨他出征的碩托和嶽樂雖然年紀不大，但是也都有作戰的經驗，他們帶的兩萬人馬也都是清軍裡的預備部隊，而且根據情報對面的葡萄牙和大明的聯軍也不算很多人，所以這個結果自然讓皇太極極為震驚。

　　但是皇太極也知道現在他必須要穩住局面，如果因此而重罰身為他弟弟的多鐸，那麽對內可能會讓宗室成員人心浮動，對外可能會造成軍心失衡，而且他目前也沒有其他更好的人選，所以皇太極決定要繼續讓多鐸負責遼南戰場，他命令多鐸趕緊集結殘兵敗將準備再次戰鬥，同時他還讓屯駐義州的忠順王沈世魁率部前去增援，雖然現在沈世魁的水師被葡萄牙艦隊趕進鴨綠江，但是沈世魁旗下還有規模不小的漢人陸軍能夠參戰，這些士兵基本上都是久經沙場的東江軍舊部出身，皇太極認為這些生力軍的實力應該已經還算有保障。

　　於是多鐸就在遼東半島中部開始集結清軍，很快碩托和嶽樂等部分別前來集結，此前由於穆裡尼奧沒有深入追擊所以清軍得以保全實力，因此很快多鐸又集結了規模不小的清軍主力，清軍在得知沈世魁率部前來增援後頓時士氣大振，多鐸打算到時候就跟沈世魁從東西兩面去夾擊穆裡尼奧，爭取重拳出擊直接打垮這些泰西人去給自己報仇。

　　不過穆裡尼奧很快就得知了這個情報，他知道自己是在客場作戰，所以非常小心謹慎的搜集情報，而當地的不少漢人也都厭惡滿清統治，所以有不少漢人都跟穆裡尼奧通風報信，而穆裡尼奧對這些人也是有求必應，他在佔領遼東半島南部後就吸收了不少當地漢人補充軍隊，他還用大量商船運輸遼南漢人前往新葡萄牙增加自己的人口。

　　穆裡尼奧得知清軍在集結兵力準備反攻後立刻決定要主動出擊，他認為等到清軍完成集結軍隊後自己可就不好打了，所以必須要趁他們沒恢復過來的時候重拳出擊，於是穆裡尼奧立刻集結麾下人馬揮師北上攻打清軍，多鐸見狀也只能集結清軍迎戰，最開始的時候雙方打得難解難分，畢竟清軍士兵驍勇善戰而且還熟悉地形，葡萄牙軍隊連續作戰有些疲勞所以推進緩慢，還有遼東半島有很多丘陵，這讓葡萄牙軍隊很難發揮他們在火力上的優勢。

　　結果穆裡尼奧見狀直接出動了葡萄牙艦隊對清軍陣地狂轟濫炸，多鐸這邊紅衣大炮由於運輸不便導致基本上全部丟在了旅順，所以他們根本無法對抗葡萄牙的軍艦，就這樣多鐸很快就被葡萄牙軍隊打得節節敗退，而穆裡尼奧見狀絲毫沒有停手的意思，他直接派出德羅巴和伊布等部乘船在蓋州登陸從而截斷清軍退路，多鐸見狀意識到繼續打下去自己得被包圍，於是他直接率領清軍向北方去撤退，結果葡萄牙軍隊趁機全線出擊最終再次擊潰多鐸。

　　而此時沈世魁剛剛率領所部人馬進入遼東半島，他在得知多鐸再次被擊潰的情況後想要先撤退，結果穆裡尼奧擊潰多鐸後立刻前去打沈世魁，這次他繼續故技重施派出艦隊運兵切斷沈世魁的退路，沈世魁這個老油條論保存實力還是有一套的，他見情況不妙就果斷逃跑，而葡萄牙軍隊由於連續作戰人困馬乏所以最終讓他帶著主力人馬逃跑了。

　　經過此戰穆裡尼奧正式直接吞並了整個遼東半島，而清軍在遼南的局勢則陷入了最危急的時刻，當地的各部清軍主力基本上全部被葡萄牙軍隊打垮了，如果接下來穆裡尼奧繼續推進，這些清軍部隊既沒實力也沒士氣進行抵抗，穆裡尼奧甚至可以直接坐船沿著遼河打到盛京，而明軍方面則對這偉大的勝利進行大力宣傳，雖然跟清軍打得都是前不久還在跟明軍作戰的葡萄牙軍隊和魯軍，但無論如何現在明軍陣營在遼南可以說勢頭一片大好。

　　不過在這種情況下穆裡尼奧卻並沒有進攻，他很清楚遼南戰線的目標就是吸引清軍主力，從而給明軍在塞外和錦州的兩個戰場減壓， 那麽現在自己的任務已經完成了，所以他為什麽還要繼續在遼東跟清軍去死磕呢?穆裡尼奧也清楚自己拿下遼南很容易，但是要守住遼南要費很多兵力，這無疑就是做不了的虧本買賣，在這種情況下他決定在戰後把遼東半島還給清軍，從而去謀取更有價值的利益，所以穆裡尼奧自然不想繼續進攻威脅滿清腹地。

　　而皇太極此時已經是焦頭爛額了，他沒想到清軍會在遼南輸的這麽慘，這時候他必須要加大力度才能壓製這些葡萄牙人了，皇太極考慮到他麾下的漢軍基本上都在適宜耕種的遼南定居，所以這次他決定出動漢軍前去增援遼南，畢竟這些漢軍為了保衛家鄉肯定更有動力，於是這次他調來了孟喬芳，張存仁，孫得功，石亭柱，金玉和，金礪等部漢軍前去增援，至於主帥則繼續讓多鐸當，畢竟皇太極也知道仗打成這樣主要是葡萄牙人的水師太強，多鐸實在是沒有什麽辦法，而且畢竟多鐸還身為親王有足夠的威望去統帥各部清軍。

　　於是多鐸這次集結了各路滿清漢軍再次殺向了遼南，而得到情報的穆裡尼奧則親自在蓋州迎戰，穆裡尼奧這是主動把清軍吸引到蓋州進行決戰，這樣他就可以發揮蓋州山地複雜和臨近大海的優勢，如此一來清軍不但無法發揮他們的騎兵的優勢，而葡萄牙人則可以出動艦隊進行火力增援，結果清軍的攻勢很快就被葡萄牙人擋住了，之後清軍還嘗試在其他地區展開突破，但是葡萄牙軍隊利用遼南的丘陵打造了很多要塞，這讓火力不足的清軍無法推進，就這樣雙方在遼南形成僵局。