孔有德開始派人前往遼南諸島聯絡他的東江同僚跟隨他造反，很快孔有德老上司的兒子毛承祿和昔日的同僚陳有時等東江將領紛紛群起響應，東江軍因為孤懸海外導致被朝廷漠視，他們對這種區別對待已經非常不滿，在這種情況下他們自然支持老兄弟孔有德，重傷的東江總兵黃龍在這種情況下趕緊派出了參將尚可喜率領艦隊鎮壓，很快造反的東江軍就被皮島總兵黃龍派出的猛將尚可喜擊敗，毛承祿和陳有時帶著軍隊逃到登州。雖然這些東江叛軍人數不多，但是這些士兵都是常年跟後金作戰的老兵，哪怕他們的戰績可能有水分，但是跟關內的衛所兵比高到不知哪裡去了，所以他們受到了孔有德的熱烈歡迎，有了這些戰鬥力強的東江軍隊加入，再加上穆裡尼招攬的歐洲傭兵，叛軍的戰鬥力提高了不少，於是孔有德和李九成自稱都元帥，穆裡尼奧，耿仲明，陳有時，毛承祿稱總兵，他們組建了個潦草的軍政府。

　　之後孔有德集結軍隊進軍萊州，很快他們就遭遇了朝廷派出的軍隊，通州總兵楊禦蕃，天津總兵王洪和保定總兵劉國柱率領五千明軍來攔截，這些部隊都是在皇太極入關的時候跟後金軍打過仗的，不論他們的戰績如何，這已經是明朝在華北能集結起來的主力軍隊了，不過明軍認為他們可以輕松擊敗這些由散兵遊勇組成的叛軍。於是很快雙方就開始交戰，楊禦蕃和王洪搶先率領明軍跟孔有德交戰，楊禦蕃計劃在正面打造工事跟孔有德交鋒，然後讓王洪在側翼發動突襲，然而他的計劃被久經沙場的孔有德識破了，於是孔有德讓東拚西湊的步兵部隊在正面牽製楊禦蕃，他本人率領上千久經沙場的遼人騎兵突襲王洪。

　　穆裡尼奧主動請纓率領步兵在正面對抗楊禦蕃，他知道自己這個葡萄牙人在軍中缺乏威望，所以他要用戰績讓那些東江軍出身的將領對自己心服口服，此戰穆裡尼奧把紅衣大炮全都放在登州，在這種情況下穆裡尼奧麾下的上千士兵是由歐洲傭兵和他新練的本地士兵構成，穆裡尼奧命令麾下的山東士兵搭建工事，然後讓長矛兵在前面進行列陣，火槍兵在後面用火繩槍射擊，而歐洲傭兵則作為預備隊準備支援。然而楊禦蕃根本沒有主動發動進攻，他是打算等王洪襲擊叛軍側翼後再趁機突襲，於是正面的明軍就和叛軍展開無聊的對射，在這種情況下不要說受到嚴格訓練的穆裡尼奧所部步兵，就是其他被視為炮灰的本地民兵都不會害怕，畢竟明軍這邊的火器質量不行沒有殺傷力，而穆裡尼奧則不想白白消耗火藥，他們都在等待側翼的行動。

　　結果很快天津總兵王洪被孔有德率領的遼人騎兵毫無懸念的擊潰，孔有德趁機率領騎兵猛攻通州總兵楊禦蕃的側翼，結果很快楊禦蕃部署在側翼的山東部隊就紛紛崩潰，這些臨時集結的衛所兵只能打順風仗，面對久經沙場的東江騎兵毫無抵抗力，正面的穆裡尼奧見狀立刻率領步兵進攻，他統帥的本地士兵舉著長矛發動衝鋒，而歐洲傭兵則拿著五花八門的武器進攻，跟在他們後邊的則是準備撿漏的民兵。然而此時楊禦蕃所部已經徹底喪失了鬥志，很快楊禦蕃就被打得大敗而逃，楊禦蕃清點人數後發現身邊僅剩三百多名家丁，楊禦蕃見狀趕緊把輜重車圍起來作為臨時陣地，孔有德見狀命令騎兵不要貿然衝鋒，穆裡尼奧見狀立刻建議用紅衣大炮，孔有德見狀也同意了穆裡尼奧的計劃，他命令留守登州的李九成盡快把紅衣火炮運到前線，除此之外他還讓軍隊就地扎營圍困楊禦蕃。

　　半夜的時候穆裡尼奧決定來波夜襲，雖然歐洲人並沒有夜襲的傳統，但是他在投奔孫元化後努力學習中國兵法他對三國演義裡的戰術非常感興趣。於是他集結了麾下的歐洲傭兵和本地士兵上千人，趁著夜色帶著輕型火炮偷偷靠近楊禦蕃，他打算派人用炸藥炸開車營然後發動進攻，結果他就迎面撞上了楊禦蕃的軍隊，原來楊禦蕃認為不能原地等死要跑到萊州，所以他想集結軍隊連夜突圍，結果他就撞上了想要劫營的穆裡尼奧。雙方在漆黑的森林裡突然遭遇了，發現對面人多勢眾的穆裡尼奧立刻命令山東兵列陣，然後用火繩槍和輕型火炮朝對面的方向展開齊射，結果很快就把楊禦蕃的明軍給打得七零八落，然後穆裡尼奧立刻命令歐洲傭兵和他抽調精銳組建的輕步兵出擊，楊禦蕃身邊的不愧是精銳的家丁，在被穆裡尼奧用火力迅速展開集結，他們跟歐洲傭兵和山東輕步兵展開了激戰，而穆裡尼奧則率領剛剛訓練的長矛兵和火槍兵在險要處駐扎封鎖明軍的出口避免他們逃跑。

　　就這樣歐洲傭兵跟楊禦蕃的明軍家丁在森林中展開混戰，然而明軍家丁雖然都是明軍的精銳，但是這些歐洲傭兵都是轉戰亞洲的亡命徒，他們大多都有在東南亞的森林探險，然後跟土著人交戰的經驗，所以很快他們就逐漸的壓製了缺乏戰鬥準備的明軍家丁，楊禦蕃見狀集結了上百家丁企圖突襲穆裡尼奧率領的山東新兵，但是很快就被穆裡尼奧麾下嚴陣以待的山東步兵用火繩槍擊退。而很快孔有德帶著各路叛軍前來支援，他親自率領騎兵突襲楊禦蕃的側翼，在這種情況下很快楊禦蕃所部徹底崩潰，楊禦蕃本人直接戰死沙場，而跟隨他的三百家丁基本全軍覆沒，至此這一戰孔有德是大獲全勝，而穆裡尼奧率領上千新兵攔截楊禦蕃的家丁的表現也加強了自己在軍中的威望。

　　孔有德一戰就擊殺通州總兵楊禦蕃，這個戰績頓時震動了整個山東，畢竟楊禦蕃的父親就是明軍名將楊肇基的兒子，楊肇基可是憑借戰功當上太師的狠人，楊禦蕃跟隨他的父親征戰多年也算能征慣戰，而且他還接收了他父親留下的家丁，結果現在卻被孔有德輕松擊殺，這自然震動了煽動各地。與此同時紅衣大炮也被運到了前線，隨之而來的還有陳有時率領的東江叛軍前來增援，在這種情況下穆裡尼奧立刻勸說孔有德趁機再接再厲攻打萊州，趁明軍剛剛失敗的時候去拓展地盤，孔有德立刻同意了穆裡尼奧的建議，他親自率領各路叛軍殺向萊州。此時萊州城內已經是人心惶惶了，天津總兵王洪戰敗後直接跑到了昌邑，保定總兵劉國柱之前遭遇孔有德也被擊敗，他也直接流竄到昌邑和王洪會和，結果這導致萊州城內連個指揮官都沒有，穆裡尼奧出動紅衣大炮轟炸城牆，孔有德和陳有時率領步兵發動衝擊，很快叛軍就攻佔了毫無抵抗力的萊州。

　　在這種情況下孔有德頓時聲勢大振，他所到之處大肆劫掠大戶和官吏獲得糧食補給，並且還把部分搶到的土地分給當地百姓，這極大的提高了他們的民望， 這讓他們征召當地居民加入軍隊的難度降低了，除此之外孔有德還允許傳教士在境內大肆建造教堂，他還讓傳教士給羅馬教皇傳話，就說孔有德打算帶著數百萬遠東軍民皈依天主教，他建議讓羅馬教皇冊封他為魯國國王，這樣孔有德就有統治山東的合法性了。在輕松拿下萊州後信心大增的孔有德打算繼續推進，他讓老上司的毛承祿去守萊州，同樣身為都元帥的李九成守登州，精明強乾的耿仲明集結軍隊做後備，然後他帶著陳有時和穆裡尼奧向西進軍，孔有德把矛頭對準了昌邑，此時天津總兵王洪和保定總兵劉國柱率領明軍屯駐昌邑，除此之外還有大批山東明軍雲集如此，然而這些本地明軍基本上毫無戰鬥力，真打起來只能看王洪和劉國柱的華北明軍主力。

　　很快孔有德率領叛軍主力浩浩蕩蕩的殺向了昌邑，王洪和劉國柱率領明軍勉強出城應戰，這次他們直接搭建了陣地然後出動大量火炮轟炸，這次他們在昌邑集結了大量輕型火炮，希望利用火力打退兵強馬壯的叛軍，然而穆裡尼奧見狀直接出動了紅衣大炮，叛軍大多認為紅衣大炮只能來攻城，但是穆裡尼奧卻提議用這個打野戰。結果面對紅衣大炮的火力，明軍那些臨時集結的輕型火炮很快就被壓製，明軍的陣地也被炸的七零八落，穆裡尼奧見狀趁機命令長矛兵和火繩槍兵集結成陣型壓上，與此同時孔有德也趁機出動騎兵突襲明軍側翼，結果明軍幾乎瞬間崩潰，王洪和劉國柱見狀立刻帶著家丁逃進了昌邑，他們把大批臨時集結的山東明軍扔在戰場上，最終這些殘兵敗將不得不投降。