天津總兵王洪和保定總兵劉國柱帶著家丁狼狽逃回了昌邑，之前的戰鬥他們損失大量山東明軍，雖然他們認為這些山東本地的明軍久不經戰，大部分還都是填不飽肚子的衛所兵，其戰鬥力跟他們旗下那些打過清軍的家丁比可以忽略不計，但是如此巨大的損失造成軍心動搖，他們只能閉門死守並逼迫民眾守城，他們知道如果昌邑陷落，且不說叛軍可以長驅直入山東腹地，他們倆到時候也絕對沒有好果汁吃。結果就在此時孔有德突然率領叛軍撤軍了，王洪和劉國柱發現叛軍真的撤退後都松了口氣，原來此時叛軍後院失火，此前駐防遼東的明軍參將彭友謨率領川軍水師南下突然襲擊了萊州城，毛承祿準備不足結果直接戰死於萊州，彭友謨趁機率領麾下的四川士兵佔領了萊州，這個情況頓時震動了叛軍，要知道毛承祿畢竟是東江軍創始人毛文龍的兒子，他的戰死會讓東江叛軍的士氣有波動，孔有德擔心萊州丟失導致自己的補給線被切斷，於是他主動率領叛軍撤出昌邑。

　　與此同時已經集結軍隊的耿仲明正在率領叛軍去圍攻萊州，但是萊州城池堅固彭友謨指揮得當，這導致耿仲明也無法取得進展，在跟孔有德的主力會師後叛軍再次發動進攻，但是彭友謨動員了當地居民幫助守城，結果孔有德還是沒有攻下萊州，穆裡尼奧出動紅衣大炮轟炸都沒有取得大進展。在這種情況下穆裡尼奧決定從海上進行突破，此前有大量歐洲冒險者到山東幫助孔有德，其中甚至有探險家帶著船隻加入，目前為止孔有德旗下總共有七艘蓋倫戰船(其中還有兩艘是協助作戰的海盜船)，穆裡尼奧建議孔有德用這些大戰艦偷襲萊州港口，無計可施的孔有德批準了他的行動，於是穆裡尼奧帶著七艘蓋倫戰船和麾下作為登陸部隊的三千士兵在夜晚展開了行動。

　　叛軍艦隊趁著夜色突襲了萊州港口，此時彭友謨已經把大量水兵調到城市參與防守，這導致港口防備很空虛，除此之外明軍沒有料到水上的突襲，結果叛軍的突襲大獲成功，蓋倫戰船輕松的突入港口然後把大明水師的戰船付之一炬，而穆裡尼奧率領三千由山東士兵和歐洲傭兵組成的隊伍立刻上岸發動進攻。此時彭友謨的川兵部隊也發現敵情，然而在夜晚的城市裡他們無法迅速集結，結果很快叛軍就殺入城中展開巷戰，穆裡尼奧見狀親自帶著歐洲傭兵和收編的東江叛軍拿下多個城門，然後立刻把城外的耿仲明放了進來，就這樣很快萊州的各個城門紛紛失守，孔有德，耿仲明和陳有時各部叛軍展開全線進攻，很快彭友謨的明軍就被打得潰不成軍，彭友謨見狀隻好命令軍隊撤出萊州。

　　萊州一戰彭友謨所部慘敗，他隻帶著不到三百名川兵逃出了萊州，他帶著殘兵敗將逃到了壽光，在壽光他開始集結其他各路殘兵以及民兵，而孔有德在攻佔萊州後任命當時跟隨耿仲明打開登州城門的東江軍老將陳光福為總兵，接替毛承祿的位置，並且讓他統帥萊州本地軍隊和本部登萊叛軍，以及部分毛承祿的殘部繼續鎮守萊州，並且孔有德還讓陳光富去對抗屯駐壽光的彭友謨。而就在孔有德率領叛軍主力反攻萊州的時候，朝廷趁機在昌邑集結重兵，崇禎皇帝任命兵部侍郎劉宇烈為山東督理，並且調集薊鎮總兵鄧玘，密雲參將牟文所部接受他的指揮，這些軍隊大多曾經在皇太極入關的時候跟清軍交手過，這是目前京師周圍能拿得出手的主力軍，劉宇烈很快率領這些軍隊抵達昌邑和駐守當地的天津總兵王洪和保定總兵劉國柱會師，義勇副總兵劉澤清也集結山東明軍前來會和，就這樣劉宇烈在昌邑集結了兩萬五千明軍主力。

　　在這種情況下明軍在兵力上佔據了絕對的優勢，於是劉宇烈決定主動出擊奪回萊州，他命令彭友謨所部東進牽製陳光福，劉澤清集結本地明軍在東部去包抄，然後直接讓鄧玘，王洪，劉國柱，牟文綬率領兩萬明軍直接平推到萊州，這裡面彭友謨的主力此前在萊州損失慘重，而劉澤清集結的基本上都是剛招募的民兵，很明顯真正能打的就是中路的兩萬明軍。孔有德見狀立刻命令穆裡尼奧率領所部五千軍隊去應戰明軍主力，穆裡尼奧所部的軍隊都是按照歐洲方陣的戰術進行訓練的，穆裡尼奧治軍嚴格但是賞罰分明，所以雖然是葡萄牙人，但是深受山東士兵尊敬，之前孔有德在穆裡尼奧的建議下實行門戶開放的政策，結果大量歐洲探險家和軍火商人到山東，畢竟歐洲人早就聽聞大明富庶，但是苦於難以進入大明，這下有機會他們自然不能放過，這就給孔有德的叛軍補充了大量的武器和傭兵，不過這些東江軍出身的遼人將領大多擅長騎兵作戰，因此善於指揮步兵的穆裡尼奧就被孔有德委以重任，讓他率軍在正面硬剛明軍主力。

　　於是穆裡尼奧就率領麾下五千軍隊應戰兩萬明軍，他率領軍隊直接列陣，長矛兵頂在前面，火繩槍兵在後面，再後面是炮兵，在側翼也部署了軍隊預防明軍突襲，並且還有龍騎兵和歐洲傭兵在最後作為預備隊，除此之外他們還在正面搭建了工事，而明軍見自己這邊人數佔優就主動發動進攻，明軍先用大量的火炮轟擊叛軍陣地，然後集結主力步兵猛攻叛軍的方陣。然而明軍的輕型火炮被叛軍的紅衣大炮壓製，而明軍主力也無法衝垮叛軍的方陣，而明軍自己反而被火繩槍打得傷亡慘重，接著明軍還意圖集結騎兵突襲叛軍側翼，結果被部署在側翼的叛軍步兵擋住，就這樣兩萬明軍和五千叛軍打了一天竟還是難解難分，鄧玘，王洪，劉國柱和牟文綬見狀隻好鳴金收兵，並且趕緊向上面報告說自己遭遇了叛軍全部的主力。

　　就在穆裡尼奧以本部五千軍隊大戰兩萬明軍主力的時候，孔有德率領上千叛軍騎兵迂回到了昌邑城外，孔有德統帥的騎兵是由登萊叛軍和東江叛軍中的遼人騎兵組成，由於常年跟清軍作戰他們的戰鬥力非常的強悍，除此之外還有上百號歐洲雇傭騎兵，他們同樣是久經沙場的老兵，孔有德帶著他們突襲了明軍補給線。在焚毀了大量明軍糧食後孔有德開始放出謠言說前線明軍主力已經崩潰，然後帶著上千騎兵直撲昌邑，坐鎮昌邑的山東督理劉宇烈見狀嚇得是面如土色，畢竟劉宇烈就是個對軍事毫不了解的文官，他被崇禎皇帝任命去指揮平叛主要還是因為他的山東籍貫，結果對謠言信以為真的劉宇烈直接選擇逃跑，而得到消息的孔有德見狀突然調轉方向突襲明軍主力，並且他還放出謠言說劉宇烈已經被他擊殺，明軍的退路已經被他孔有德掐斷。

　　結果在這種情況下實際上作戰經驗不多的明軍士氣瞬間崩潰，而穆裡尼奧趁機帶著麾下步兵展開大舉反撲， 陳有時也率領東江叛軍發動了進攻，在他們的配合下孔有德率領騎兵一戰就直接打崩了兩萬明軍，三路叛軍對明軍展開聲勢浩大的圍攻，最終這兩萬明軍主力幾乎全軍覆沒。薊鎮總兵鄧玘，密雲參將牟文綬，天津總兵王洪，保定總兵劉國柱帶著各自的家丁四散逃跑，在北線策應的參將彭友謨見狀也趕緊逃跑，畢竟他目前旗下主要都是剛剛招募的鄉勇，而東線的義勇副總兵劉澤清率領山東明軍還在挺進，於是他遭遇了孔有德和陳有時的叛軍，結果這些新兵自然是毫無懸念的被殺的慘敗，劉澤清本人都差點被叛軍擊殺，至此明軍在山東東部策動的攻勢被全面瓦解，朝廷東拚西湊的兩萬多明軍主力幾乎全被孔有德打光。

　　在這種情況下叛軍上下可以說是士氣大振，他們開始感覺自己有能力跟朝廷抗衡，孔有德決定要乘勝追擊去擴大地盤，他首先率領叛軍攻打昌邑，在穆裡尼奧的火炮部隊的支援下，叛軍很快就拿下了軍隊幾乎跑光了的昌邑，至此萊州府全境基本上都被叛軍攻陷，而接下來叛軍開始在山東中部活動，他們開始肆無忌憚的襲擾青州府和濟南府。除此之外孔有德還得到了好消息，羅馬教廷同意了孔有德的請求，他們對在遠東傳播天主教非常有興趣，並且冊封他為他提出的魯國國王，大量的歐洲傭兵和教士紛紛進入山東，在這種情況下自稱是孔子後裔的孔有德光明正大的打出了魯王的旗號，當然他也沒有徹底和朝廷撕破臉皮，他表示只要朝廷承認他的魯王稱號，並且同意他割據山東，那麽他就可以繼續對朝廷表示臣服。