高一功在東川府的慘敗導致之前已經倒向順軍的局勢再次發生了反覆，順軍在南線的優勢基本上已經是蕩然無存，很快粵國公黃琦集結明軍再次殺入四川南部，所到之處順軍幾乎全都是望風而逃，高一功和劉芳亮也試圖集結順軍展開抵抗，但是他們集結的順軍面對明軍屢戰屢敗，南線的明軍由於氣候濕熱戰事不利本來就士氣不高，而由於高一功的失利更是讓他們的士氣跌落谷底。

　　提督高一功見狀不得不派出使者向順王李自成請求援兵，李自成對高一功的表現也是滿頭黑線，但是李自成現在也不好直接發作，因為就是李自成為了收攏南線的兵權，才讓此前沒有獨自領軍作戰經驗的高一功去南線擔任總指揮，如果真的要追究此事那麽李自成也是難逃其咎，於是李自成只能去命令高一功收攏兵力並回縮防線，當然換句話說就是主動放棄川南州府。

　　黃琦則趁機率領明軍不斷的北上進攻，很快明軍就佔領了大量川南城池，唐王朱聿鍵在得到這個消息後那是非常開心，他因此認為單靠自己直轄的人馬也足以擊垮順軍，哪怕楚國公黃得功和荊國公金聲桓不再繼續跟順軍交戰，於是朱聿鍵開始下令集結廣東廣西明軍北上進入川南，同時他還在打算親自率領近衛軍去禦駕親征，同時朱聿鍵讓雲南沐府抽調雲南明軍配合他進攻四川。

　　然而朱聿鍵的這個決定卻造成了很嚴重的後果，雖然雲南明軍都是缺乏訓練和裝備的舊式軍隊，但是雲南沐府長期需要依靠這些軍隊維持他們在雲南統治，結果這些軍隊被抽調後雲南沐府徹底無法壓製雲南本地的土司了，畢竟雲南沐府已經沒有了他們祖先的勇武，而雲南土司見天下大亂也都有了逐鹿雲南割據稱霸的想法了，更何況李自成也有意支持他們去造反。

　　結果很快雲南土司中實力最強的沙定洲就公然舉兵發動叛亂，沙定洲早年在昆明任職的時候就對雲南沐府的財富非常的眼紅，加上李自成派人秘密跟他的妻子萬氏取得聯系，於是沙定洲就在萬氏的慫恿下趁沐府軍隊被調到四川的時候起兵造反，很快他的軍隊迅就速橫掃了大半個雲南，甚至昆明都直接被沙定洲的土司叛軍攻佔，宋氏只能帶著沐天波等沐府家眷跑去投奔朱聿鍵。

　　朱聿鍵在得知軍情後差點沒有當場被氣暈，“這個雲南沐府真的是群廢物啊！當年跟我談條件的時候還擱那耀武揚威，結果他們實際上就這水平嗎?這幫人打不過闖賊也就罷了，他們怎麽就連境內的土司都壓製不了了?我大明要是有一天真的亡國了，恐怕就亡在這群無能之輩上！”，朱聿鍵氣得直接當著宋氏的面破口大罵，沐府眾人被他嚇得瑟瑟發抖。

　　此時坐鎮東川府的朱聿鍵起的暴跳如雷，他很清楚如果昆明被沙定洲佔領，那麽自己在川南集結的大軍就會有斷糧的風險，到時候他不要說進軍四川消滅李自成，那麽恐怕軍隊會直接就地嘩變了，常年跟擁兵自重的明軍將領打交道的朱聿鍵並不傻，他好歹也算是曾經帶兵在前線真刀真槍的玩命，他知道沒有糧草任何軍隊都沒戲。

　　宋氏和沐天波等沐府家屬被火冒三丈的朱聿鍵嚇得瑟瑟發抖，他們現在完全沒有了當年抗拒明軍進入雲南的強硬態度，現在他們不過就是一群喪家之犬，沒有朱聿鍵的保護他們恐怕完全活不下去，而且經過這個事件後，哪怕之後朱聿鍵率兵消滅沙定洲奪回雲南，沐府這些失去了手中地盤的破落戶也不要想重新執政了，他們之後最多也只能當個擺在台面的花瓶。

　　朱聿鍵麾下的將領則紛紛勸說朱聿鍵跟順軍議和，且不說閩軍和粵軍這種由國公直轄的地方軍，就是朱聿鍵直轄的將領也有不小的權力，比如曾英和楊展麾下的明軍都是跟他們征戰多年的老部下，所以明軍諸將全都有底氣直接勸朱聿鍵議和，畢竟他們非常清楚目前的危險局勢，如果順王李自成和沙定洲前後夾擊他們，明軍的後果將會不堪設想。

　　在這種情況下朱聿鍵最終不得不同意派人跟李自成議和，李自成對明軍議和自然是非常的歡迎，現在順軍在南線基本上已經沒有什麽士氣了，而駐守貴州的李竟志的軍隊抽不出來，李自成坐鎮成都也已經沒多少生力軍能去增援高一功，他現在手頭上的主力軍也就直轄的近衛軍，但是如果李自成把近衛軍派到南線，那麽四川腹地都有可能出現動亂。

　　打到這個程度李自成已經意識到沒有必要繼續打下去，按照目前的戰場情況來看，如果繼續去跟唐王政權打自己不但很難取得全面勝利，而且李自成還會陷入到更深的泥潭中，這場戰爭不但讓大量四川州府陷入了戰之中火，而且李自成帶到四川的二十萬中原順軍也已經折損過半，這些主力軍可是李自成在四川立足的根基，但是他們在戰爭中因為水土不服裝備落後導致損失慘重。

　　就這樣很快李自成就答應跟唐王朱聿鍵展開談判，由於雙方都已經無心繼續作戰，所以很快雙方就達成了停戰協議，李自成承認唐王朱聿鍵佔領雲南和廣西，朱聿鍵則承認李自成佔領四川和貴州，而隨著李自成和朱聿鍵達成了和平條約，楚國公黃得功和荊國公金聲桓也相繼跟李自成達成了和約，由於戰場局勢四川的邊境線被雙方進行了重新劃分，而李自成也在經濟上給予金聲桓和黃得功補償。

　　至此順王李自成和唐王朱聿鍵的明順西南戰爭徹底結束，雖然此前大明已經在名義上平定四方，但是實際上就是各路國公瓜分了西北和華北的領土，但是這也就意味著這些國公並沒有實際控制其他大明治下的領土，而經過這場西南戰爭，大明西南各省基本上也被名義上效忠大明的勢力徹底控制，唐王陣營也獲得了很大的利益。