唐王朱聿鍵在跟順王李自成達成停戰協定後立刻馬不停蹄的反攻沙定洲，他對擾亂自己行動導致自己征討李自成失敗的沙定洲極其憤怒，於是朱聿鍵就開始集結麾下的主力重拳出擊，粵國公黃琦，閩國公世子鄭成功，荷蘭范巴斯滕上校，廣西巡撫張煌言，武定總兵曾英，尋甸總兵楊展等各路明軍主力幾乎全體出動，這基本上就是朱聿鍵手頭上直轄的全部兵力。

　　甚至沐天波也在宋氏的要求下集結雲南明軍跟隨朱聿鍵出征，宋氏意識到雲南沐府不能讓朱聿鍵對他們感到徹底失望，這樣雲南沐府在唐王政權裡將會毫無地位，所以她讓沐天波帶上能集結的全部人馬跟隨朱聿鍵出征，朱聿鍵雖然相當瞧不上沐天波這些邊角料，但是畢竟這些雲南士兵熟悉地形，於是他就答應讓沐天波跟隨自己出征了。

　　朱聿鍵於是就開始展開逐步收編雲南明軍的計劃了，他打著練兵的旗號在雲南明軍裡面安插自己的軍官去逐漸掌控軍隊，對此沐天波甚至不敢去表達自己的不滿，因為朱聿鍵給雲南明軍提供了很多新式裝備和糧餉彈藥，結果就是雲南明軍紛紛倒向了朱聿鍵，沐天波直接就被他們架空為了個傀儡，他只能希望朱聿鍵看在自己的號召力的分子上能夠優待他們。

　　順王李自成在跟唐王陣營停戰也主動切斷了跟沙定洲的聯絡，畢竟李自成在這場戰爭中損失太多士兵和錢糧，他是真的不想繼續唐王陣營作戰了，在這種情況下沙定洲只能獨自前去迎戰朱聿鍵了，不過沙定洲對此也絲毫沒有畏懼，他跟李自成本來就是貌合神離的關系，如果李自成南下那沙定洲還會擔心他要趁機搶他的地盤，沙定洲自認為現在實力強盛就不怕朱聿鍵。

　　結果雙方真的開戰後沙定洲才發現情況不妙，此前他覺得朱聿鍵旗下的明軍跟雲南明軍差不多，於是等到他跟唐王明軍交手後才發現雙方的差距，朱聿鍵的主力軍的火力遠超沙定洲等土司的想象，而且哪怕在近戰中久經沙場的明軍士兵也能暴打長期小打小鬧的土司軍，而且朱聿鍵旗下的四川明軍和廣西明軍都非常熟悉氣候，所以完全沒有水土不服的情況。

　　於是很快朱聿鍵親自率領近衛軍奪回了昆明城，沙定洲不得不帶領麾下主力從昆明城倉皇撤退，結果張煌言，曾英，楊展，沐天波兵分四路開始圍攻沙定洲，黃琦，鄭大木，范巴斯滕上校這些割據勢力對圍剿沙定洲的興趣不大，但是張煌言等受朱聿鍵直轄的明軍將領可都非常眼饞在眼前的軍功，而沙定洲麾下的雲南明軍急於立功以邀新主，所以他們也非常積極的去作戰。

　　很快裝備落後的沙定洲叛軍就被各路明軍暴打，明軍兵分幾路出擊就迅速的席卷了整個雲南省，最終沙定洲和妻子萬氏等人被熟悉地形的雲南明軍俘虜，朱聿鍵立刻下令把沙定洲全家都要給殺光，至此沙定洲曾經龐大的勢力至此滅亡，經過這次作戰朱聿鍵徹底的控制整個雲南，當地土司見朱聿鍵下手如此狠辣就不敢繼續跟唐王作對。

　　在成功平亂後朱聿鍵對雲南沐府的表現失望至極，而且他也不會容忍雲南沐府在雲南跟他分權，於是朱聿鍵以貴州被順軍佔領為借口，直接上書讓沐天波由黔國公改認桂國公，這在表面上沐氏家族的地位甚至還有所提升，但是這就意味著沐天波得前往廣西，在那裡沐氏家族被唐王政權直接控制，而雲南則被朱聿鍵所直接管轄，對此沐氏家族也是不敢不從，畢竟他們現在已經失去了全部的籌碼。

　　順王李自成在這場戰爭中成功的保住了四川，至此他的順王政權徹底在四川立足，最起碼李自成的順王政權在四川算是高枕無憂了，畢竟那些心懷不滿的明朝忠臣不是起兵遭到鎮壓，就是攜家帶口逃到了唐王鎮壓那邊，留下來的都是以秦良玉為首的決定輔佐順軍的人了，這意味著李自成終於不用繼續過之前顛沛流離的苦日子了。

　　然而這個戰爭的代價對於順軍來說是極其巨大的，由於戰爭中死傷，被俘，疫病和退伍等原因，這場戰爭後李自成從中原帶來的主力軍僅剩不足十萬，而四川當地的正規軍大多都去投奔了朱聿鍵，這導致李自成無法迅速集結起規模龐大的主力軍，他只能開始去訓練四川當地的新兵，此外李自成還要去考慮自己手頭上的資金。

　　而且這場戰爭中田見秀，劉芳亮，劉宗敏，李一過等順軍大將由於缺乏山地戰和新式火器知識， 這導致他們在面對南方明軍的時候屢屢戰敗，這讓順軍老將在軍中的威望下滑，除此之外李自成為了獲得新式武器不得不出大錢向薊王祖大壽，岐王洪承疇和魯王孔有德購買，由於這些新式裝備的數量巨大導致資金流失嚴重，這極大的影響了順軍的財政，可以說此戰過後李自成基本上無力擴張。

　　而相比之下控制北方的祖大壽，洪承疇和孔有德則成為了最大的贏家，他們把大量之前用剩下的軍火賣給順軍賺錢，他們通過販賣軍火迅速積累了大量的資金，而且他們還以此去提高了經濟情況，除此之外經過這場戰爭唐王朱聿鍵的北上計劃被徹底堵死，順王李自成在損失慘重後無力進行擴張，這就讓他們在南方的威脅基本上都消失了。

　　而李竟志在這場戰爭中是脫穎而出，他率領順軍偏師在貴州連戰連捷扭轉了戰局，戰後祖大壽在陸澄的建議下以沐天波卸任黔國公的名義任命李竟志為黔國公，李竟志見狀立刻拉上他旗下的賀珍，郝搖旗和袁承志率領軍隊趁機控制貴州，很明顯李竟志是計劃打著朝廷的名義割據貴州，當然他與此同時也繼續還打著順軍的旗號。

　　而李竟志雖然目前在表面上依然聽命於李自成，但是李自成麾下的各給大將最多也就是個伯爵，他們自然嫉妒後來居上成為國公的李竟志，而且李竟志的這個國公還是朝廷冊封的，這自然會讓順軍內部對他的立場產生懷疑，李竟志見狀知道自己在順軍恐怕混不下去了，於是他就在貴州厲兵秣馬，他以國公的名義任命麾下將領各地擔任總兵執掌地方大權。