金陵書院坐落於南京城內長安街，原本是新泉書院舊址，與城內眾多的書院不同，這是由官府興建的書院，有明一朝朝廷十分重視官學，書院得到振興，但自成化年間以來，科舉腐敗，官學教育也日漸衰落，於是士大夫紛紛自行籌資興複或創建書院，倡導講學之風，以救時弊。

　　嘉靖年間以來，南京講學之風盛行，書院逐漸恢復興盛，自戶部尚書耿定向任南京督學禦史時興建崇正書院，選拔南京下轄的十四府優秀諸生前來學習，耿定向更是親自講學，在大明歷史上留下盛名的李贄、湯顯祖、張岱、袁枚等人皆在此求學。

　　繼崇正書院之後，崇文書院、華陽書院、新泉書院、文昌書院、新江書院、白馬書院、江乾書院等相繼建立，這些由士大夫興建的書院有別於官學，往往憑借創辦人的聲望來吸引學子，一旦創辦人去世或因罪被貶，書院也往往隨之衰落。

　　位於長安街的新泉書院就是如此，這座書院由嘉靖年間禮部侍郎湛若水建立，湛若水為明代理學大家，他創立的理學“廣派”與理學的另一大儒王陽明創建的“浙學”並稱為“王湛之學”，分執明代中葉理學的牛耳，名聲最盛時學生達四千余人。然湛若水去世之後，主持書院的弟子並無湛若水的聲望，書院也逐漸衰落，直至萬歷初年被廢棄。

　　此後南京禮部在新泉書院舊址上創辦了官學金陵書院，但就名氣而言始終比不上那些由士大夫們創辦的書院。

　　到了崇禎年間，隨著複社的興起，南京更是成為了天下學子仰慕的地方，無數學子從四面八方趕來就學，這也更加促進了南京各大書院的發展，各書院更是求一名額而不得。比起就讀其他書院，進入金陵書院就簡單的多，只要資質夠，交納學費之後就可以入讀了。

　　莊則敬的幼子莊文彥三年前就來到南京進入金陵書院就讀，莊文彥自小聰明好學，父親莊則敬在三個兒子中最看好他，因此當莊文彥在五年前提出要到南京讀書時十分讚成，但後來得知莊文彥是因仰慕複社才想要去南京，莊則敬為此大發雷霆，當年莊則敬任知府時與上司不合，憤而辭官，而他的上司恰好是東林黨成員。

　　莊則敬對東林黨深惡痛絕，不僅僅是因為與上司不合，更是出於對東林理念的反感，導致他連與東林一脈相傳的複社也一同恨上。

　　莊文彥為此與父親幾次爭吵無果，最終父子達成妥協，莊文彥可以到南京讀書，但不得加入與複社聯系緊密的書院，無奈之下只能選擇這座官辦的金陵書院。

　　崇禎七年莊文彥抵達南京，進入金陵書院讀書，南京文化的昌盛與士子的風流深深吸引了年幼的莊文彥。出於對複社的仰慕，莊文彥很快忘記了跟父親的承諾，開始結交起複社學子。憑借著家中的財力與自身的聰明好學，莊文彥很快就在複社中嶄露頭角，並結識了金陵四公子中的冒襄、方以智、陳貞慧，其中與方以智最是投緣。

　　來到金陵的頭兩年，莊文彥與江南的年輕士子並無不同，沉醉於江南的繁華與紙醉金迷，日日與同伴流連於秦淮河畔，飲酒作詩，複社組織的詩會更是每次都參加，憑著出眾的詩詞更是屢屢獲得眾人的追捧。

　　但是從一年前開始，莊文彥開始厭倦了這種生活，事情的起因還要從去年韃子越過長城侵擾京畿說起，韃子自六月入侵直到九月份在搶奪大量財物與人口之後退出關外。韃子入侵的消息傳到江南，很快就激起了年輕士子們的同仇敵愾，

那段時日士子們聚集在一起討論的全都是如何退敵，每個人都侃侃而談，為朝廷出謀劃策。由於複社自崇禎二年以來陸續有成員考中進士進入朝中，於是開始有人給同為複社的好友寫信，托他們將士子們的建議呈給朝廷。　　也是在這個時候莊文彥與方以智的接觸多了起來，方以智是安慶府桐城縣人，父親乃是現任湖廣巡撫方孔炤。方以智曾祖父方學漸曾赴東林講學，是不折不扣的東林黨人，方以智成年之後就載書泛遊江淮、吳越間，並最終在南京落腳，加入複社，憑借著才學成為金陵四公子之一。

　　與其他的三人不同，方以智對西洋格物之學更感興趣，在南京結識了傳教士湯若望、畢方濟，在他們的教導下學習拉丁語，遍覽西洋著作。也是在去年當他聽說韃子入侵時曾攜帶紅衣大炮，給朝廷造成極大威脅，讓他開始重視起西洋武器的重要性，自此之後更是將重心放在了西洋格物學上。

　　他曾經在複社的集會上說過:“今天下脊脊多事，海內之人不可不識，四方之勢不可不識，山川謠俗，紛亂變故，亦不可不詳也。”

　　正是這一番論述吸引了為數不少的年輕士子開始重視起格物之學，莊文彥就是其中之一。與方以智接觸多了，莊文彥開始研究大量西洋格物著作，尤其對西洋各種機械尤為感興趣，認為機械不僅可以減少人力，有利於民生，槍炮利器更是在應對韃子入侵時發揮重要作用。

　　在遍覽了當時市面上所有的已經翻譯過的西洋著作之後，莊文彥開始學習拉丁語，嘗試從那些不被當時士人所重視的西洋著作中尋找對挽救時事有用的知識。

　　正當莊文彥孜孜不倦的研讀西洋著作時，複社卻發生了一件大事，正是這件事讓莊文彥開始反思，並逐漸脫離複社。

　　事情還要從去年九月開始說起，韃子搶掠夠了退走之後，朝廷開始清算在韃子入侵中失職的大臣，這也給了複社一個口誅筆伐的機會。

　　複社眾多成員最初將矛頭指向兵部尚書張鳳翼， 指責他在這次韃子入侵的行動中唯一的作用就是坐看韃子搶夠之後將其禮送出境。但由於張鳳翼托病在家，複社的攻擊如同打在了一團棉花上，很快他們就調轉槍頭開始攻擊內閣首輔溫體仁。

　　說起來最令複社痛恨的無疑就是這位穩坐內閣首輔寶座長達四年之久的溫體仁了，不僅僅是溫體仁與東林領袖錢謙益之間的矛盾，更因為溫體仁曾經指使陸文聲人等上疏參劾複社領袖張甫、張采“倡導複社以亂天下”，朝廷為此下旨察治。

　　崇禎九年十月複社在南京集會，參加的士子多達上千人，許多人從山東、湖廣、江西、浙江等地遠道而來，複社骨乾成員紛紛上台控訴溫體仁“奸黨誤國”，要求他下台以謝天下。

　　莊文彥參加了最初的集會，看著站在台上的複社領袖，這些他往日仰慕的人物，口沫橫飛的大加指責朝廷重臣，仿佛他們才是大明的主人。

　　然而這些人罵完之後紛紛轉入大街小巷的秦樓楚館，開始縱情聲色，那段時日最高興的無疑是各大妓館的老鴇了。

　　正是這時候莊文彥對複社徹底失望了，他開始拒絕參加複社的集會，謝絕朋友的邀請，將全部心思放在了研讀格物學上，開始每天與方以智一起探討西洋學，也是在這段時間內他認識了傳教士畢方濟，並跟他學了一段時間的拉丁語。

　　後來畢方濟受朱桓邀請前往荊州傳教，莊文彥開始關注起畢方濟在荊州的舉動，並從二哥莊文彬那裡聽說了紀王朱桓的一些事跡，朱桓在荊州的舉動開始引起了莊文彥的興趣。