四月，雲南之變的消息傳到了日本。

　　德川綱吉認為時機千載難逢，下達了刺殺令。

　　四月下旬，因參覲交代滯留在江戶的島津綱貴被殺。幕府起兵攻向薩摩。

　　五月上旬，明朝遣使至日本勘問，德川綱吉回復道:“島津綱貴殘酷虐民，不聽本王規勸，因此殺之，除藩。”

　　明使錢仲彥道:“既然日本王處置了島津綱貴，那當初鯨吞的琉球奄美群島也該交還我朝才是。須知，琉球王已經內附，琉球國土自然也是我大明國土。”

　　德川綱吉道:“琉球將國土割讓日本之時，朝廷並無反對。”

　　“並無反對?日本王是欺本使讀書少麽?萬歷三十八年，島津家久釋放尚寧王王舅毛鳳儀回琉球，料理向我朝進貢事宜，並斡旋重開明日貿易，毛鳳儀一行人於萬歷三十八年正月下旬從琉球出發前往福建。為支援此次貿易交涉，日本幕府於同年閏二月十日唆使島津氏以倭寇身份出兵福建，向我朝施壓，但島津氏懼怕浙江戚家軍，沒有出兵。”

　　“神宗皇帝通過琉球的谘文，得知琉球被島津氏攻破的事實，無視日本幕府與島津氏的要挾，直接敕諭尚寧王，待其歸國國政安定後，將琉球與日本前後事情詳細報告，再行裁處，這篇敕諭保存在琉球《歷代寶案》中。”

　　“因我朝施壓，德川家康才命令島津氏釋放尚寧王歸國。我朝為製裁日本，將琉球的朝貢改為十年一次，使得島津氏欲通過琉球與我朝朝貢貿易的陰謀破滅。”

　　錢仲彥從主位上起身，逼近跪拜在地的徳川綱吉道:“其一，割海隅偏島一處，以通我國舟商，使彼此各得無咎;其二，歲通餉船交接琉球，仿日中交易為例;其三，孰若來往通使，互致幣書，嘉意勤禮，交相為美。此三者從我一事，則和好兩國，萬民受惠，社稷保安長久。不然大將軍既耀德不服，使令入寇，戰船漫渡，沿海剿除，陷城邑，殺生靈，明之君臣能無憂乎?是則通商之與入寇利害判若白黑，正足下之所宜急告也。”

　　“你日本好大的膽子呀！不答應重開貿易就要向我大明炫耀兵威?看來，萬歷二十年開始的明日戰爭並未令你們清醒。此信，當年尚寧王不敢交於我朝，最近才得知。皇上大怒，欲將日本王貶為日本伯，幸得太子殿下求情才網開一面，只要日本王歸還奄美諸島。怎麽?日本王為保三島，是要與我朝重開戰端?”

　　德川綱吉叩首道:“那封信是島津家久所寫，吾祖並不知情。吾祖並非豐臣秀吉那般妄人，豈敢冒犯天朝。”

　　“那奄美諸島......”

　　“待本王擊敗薩摩藩余孽，即刻命令藩眾從奄美諸島撤離，交還天朝。”

　　錢仲彥扶起德川綱吉道:“既然日本王如此明事理，我朝就再等一等好了。”

　　德川綱吉道:“雲南之變，天朝可需日本派兵前去相助?”

　　錢仲彥笑道:“多謝日本王一番美意。我朝雄兵百萬，不需外藩助力。”

　　錢仲彥前腳剛走，德川綱吉便將室內的名貴瓷器摔了個遍，咬牙切齒道:“此等羞辱，若不能以血洗盡，誓不為人！”

　　錢仲彥錯判了形勢，向明朝朝廷報告:日本尚無反意。因此明朝將陸軍第一鎮，第三鎮移駐中南半島，以應付中南道大軍開赴雲南之後的兵力空虛。

　　七月，德川幕府軍攻破鹿兒島鶴丸城，島津綱貴的兒子被流放伊豆國八丈島，島津氏改易。

　　八月，德川綱吉扣押田川七左衛門為首的唐商，洗劫長崎唐人屋敷。隨後發全國水師進犯琉球，欲以此為跳板與明軍在海上對峙。

　　水師五鎮駐守在琉球的一支艦隊被日軍以絕對優勢殲滅，日軍攻克那霸港，挺近首裡城，被琉球軍攔截，雙方激戰，日軍死傷慘重，退守那霸港，但琉球軍也傷亡過半，退入首裡城中。

　　德川綱吉震怒於日軍未能攻取琉球，命令水師主將黑田長寬切腹，由黑田長清指揮作戰。

　　朱克臧聞知日軍突然進犯，水師五鎮折損嚴重，也十分震怒，錢仲彥因罪被免職。

　　八月中，水師四鎮，水師五鎮余部趕至琉球，在那霸港附近大敗日軍水師，日軍殘部倉皇逃竄，退回國內。

　　十月，台風季一過，明軍大部便直往水戶而來。

　　水戶位於關東平原的東北部，是那珂川和千波湖之間的高地，西面北面皆是山脈。因此，明軍除了投入陸軍，還投入了全部騎兵，而遼東則由新招募的朝鮮自衛軍駐守。

　　深信陰陽風水學的德川幕府分外緊張， 召集大軍，要將明軍阻擊在水戶城外。

　　十月十七日，兩軍在水戶城郊擺開陣勢，決一死戰。

　　明軍主力是朝鮮人為主的陸軍第五鎮和騎兵鎮，香料群島土著為主的東印度軍，台灣原住民為主的山地軍，以及水師六鎮，共計四萬七千人左右。日軍各大名聯軍是十二萬，其中布置於戰場附近的是六萬。

　　明軍主帥為孫紹堂，他將東印度軍布置在左翼，山地軍布置在右翼，騎兵位於兩個步兵鎮後方，陸軍第五鎮位於兩軍之後，最後的備軍是水師六鎮。

　　由於明軍炮兵佔據優勢，所以孫紹堂的作戰思路非常野蠻直接，即用龐大的炮兵火力打垮日軍中路，隨後以正面突破獲得勝利。為此，孫紹堂集中編組了大炮群來提供火力壓製，試圖在日軍陣線上轟出無法恢復的缺口。

　　楊彥迪的東印度軍至少要將日軍趕出西光寺，最好是佔據此地。故去的水師老蔣蕭武之子蕭善戰則正面進攻山脊的日軍，不計損失贏得勝利。

　　日軍主帥德川光國則命令相對弱小的日本炮兵著力於轟擊明軍密集步兵，而放棄壓製明軍炮兵陣地。德川光國從地形上預計，明軍會先攻擊其右翼，因此將日軍的微型大炮群布置在西光寺後方。這樣的步兵部署在一定程度上能降低明軍炮兵所帶來的損失，可說是十分明智的。

　　孫紹堂看了看懷表，時間是上午九點二十七分，按照原定計劃，戰役將在九點三十分整正式打響。而日軍沒有先行進攻，顯然是不熟悉明軍部署和戰法，在等待後發製人。