內外對壘線修好後，安茹下令在馬尼拉城西側開挖左右兩翼接近壕，攻擊目標直指聖地亞哥門。與此同時，明軍分出一部在城北佯裝開挖接近壕，用以吸引西班牙守軍注意。

　　城西兩路實際攻擊部隊各配備了十名正式和見習工程師，一個千總部，攻擊部隊攜帶大量柴捆和堡籃(裝滿土的柳條筐，用於構築抵禦要塞火力的胸牆)，根據工程師命令不斷開挖壕溝並加固。

　　首先由一名攜帶堡籃的工兵以木製護盾為掩護，向前挖掘約半個土方，同時將泥土拋入筐中。完成後該工兵繼續匍匐向前挖掘，其他工兵和馬尼拉華人則對剛剛挖出的戰壕予以加深拓寬，並用堡籃和柴捆對其加固，直到在戰壕內行走的士兵可以完全被遮蔽住為止。

　　如此工作一到兩個小時後，工兵換班以便保持挖掘速度。

　　當戰壕達到一定長度後，步兵進入，以便護衛工兵並阻擋守軍出擊破壞。至完工時，戰壕寬度可達四米，足以允許火炮通行。

　　經過一夜工作，至十一月四日拂曉，明軍已向要塞推進約八百米，並由兩道接近壕前出，將距離要塞約六百米的第一道平行壕開挖完工。

　　此次挖掘中，明軍無一傷亡。

　　明軍采取之字形壕掘進，時常改變方向，使得西班牙守軍火炮只能打在胸牆上，以此避開縱射火力，減少損失。

　　至四日黃昏，明軍已通過之字形壕接近到距要塞約三百米的第二道平行壕。

　　盡管西班牙守軍以炮擊和出城襲擊加以應對，但並未對明軍造成太大阻礙。聖地亞哥堡正面的十五門火炮每天僅能殺傷十名明軍。

　　這就是沃邦攻城法的厲害，他讓絞肉機般的棱堡火線網威力大減。

　　為了培養更多優秀工程師，朱克臧砸下不少銀子。薪水足夠高，帶出的工部太學生若出師，還能得到學生十分之一薪水的獎勵，對於東寧的英法工程師來說，他們未來會活的像個領主。

　　第二道平行壕完工後，炮兵進入。十一月七日黎明，明軍開始炮擊。

　　加農炮炮手使用跳彈射擊戰術，選擇低伸彈道，使得炮彈在射中目標區域後四處反彈，從而對臨近人員和機械構成威脅。

　　攻城時，炮彈直接跳越工事胸牆，從側方射入棱堡或三角堡正面，殺傷敵人，擊毀火炮。同時，跳彈射擊法可對隱蔽路的個別地段進行縱射。

　　跳彈射擊的火力幾乎使得西班牙守軍無處藏身，根本不敢暴露行跡。

　　而榴彈炮使用直射法，將開花彈打入城牆內部爆炸，使得其土方松動垮塌。

　　第二道平行壕中一共布置了八個炮隊，轟隆隆的炮聲響徹天際，幾乎沒有停歇。

　　勞累了數日，被輪換下來休息的馬尼拉華人爬到高丘，有的甚至爬到樹冠，欣賞著明軍的強大火力。嗚咽聲漸漸響起，老去的大明，有近百年沒有這般威風過了，隨著王朝衰弱，海外遺民被各國蠻夷如同豬狗一般欺辱屠殺，而今，他們知道從此有依靠了。

　　婆羅洲，渤泥，呂宋，咖留華人掏出家底籌集的三百多萬兩白銀得到了遠超預期的回報。

　　有人大聲念道:“損身酬烈祖，搔首泣穹蒼。凜凜人如在，誰雲漢已亡！”

　　這是《三國演義》中寫劉禪的兒子北地王劉諶的，蜀漢投降鄧艾後，劉諶便在昭烈廟自殺殉國了。

　　聽慣了三國說書的明人很熟悉這首詩。

　　“雄哉北地王！”

　　“雄哉延平王！”

　　“凜凜明如在，

誰雲漢已亡！”　　越來越多的人用哽咽的聲音呼應道:“凜凜明如在，誰雲漢已亡！”

　　“大明近衛軍萬勝！”

　　作為備軍待命的明軍士兵聽到近在咫尺的齊聲唱和，心中一股豪情壯志，恨不得立刻攻入城中，將欺辱同胞的西班牙夷殺個乾淨。

　　七日當天，聖地亞哥堡正面的十五門火炮被擊毀四門，跳彈射擊後的反彈效果造成西班牙守軍損失達百余人。

　　工兵和馬尼拉華人由第二道平行壕繼續挖掘之字形接近壕。至九日夜，跳彈射擊火力已迫使西班牙守軍放棄斜堤。

　　當夜，明軍接近壕挖至斜堤。

　　十日早晨，主攻方向上的三座堡壘正面隱蔽路和斜堤已全部為明軍壕塹工事佔據。盡管西班牙守軍火炮猛烈回擊，但由於明軍工事堅固，僅僅三死六傷，損失微乎其微。

　　不過親臨戰場指揮的提督顏望忠卻被一發子彈擊中耳朵，血流不止，隻得退下，讓法國人安茹和參謀長廖凱接替自己。

　　明軍進至斜堤和隱蔽路後，安茹命令工程師挖掘坑道，引去護城濠內積水。

　　濠內積水迅速下降至約一米深。

　　由於帕西河流經此處，明軍調集了六門開花榴彈炮對水閘進行轟擊，十一日，水閘被轟開，大水漫入馬尼拉城，淹沒中心廣場數小時。

　　卡洛斯指揮完排水，癱在總督府的豪華座椅上，如同一頭垂頭喪氣的肥胖海獅。

　　他從懷裡掏出日記本，聽著隆隆的炮聲，刷刷寫著:“從好望角開始，我們再也不願讓任何事物脫離掌控。我們急於將手放在每一件事上，將索法拉到日本這五千裡格的地域一把抓起。糟糕的是，我們這麽做時，並沒有考慮自己的實力，或者低估了對手的實力。仔細想想，這種征服不會永遠持續下去，唐人正在找回往日的榮耀。可怕的是，我居然認為，他們最後會如願以償。”

　　“世界上有過許多偉大的帝國，它們衰落，它們消失。而唐人的帝國，衰落三次，興起三次，而今正試圖第四次重回巔峰。我早該警覺，他們是不同的。許多勇敢的西班牙人死去了，這都是由於我的愚蠢和自大......西班牙征服者的黃金歲月正在飛速流逝。但願我是錯的。”

　　明軍工兵部隊和馬尼拉華人向護城濠內投入大量柴捆， 以便突擊。

　　十一日夜，線膛槍兵用手榴彈攻入三角堡，西班牙守軍試圖反擊，但立刻遭到密集的手榴彈襲擊和隱蔽路上明軍的火力覆蓋。守軍試圖撤回後方凹角堡，卻發現明軍炮火已摧毀了三角堡與凹角堡間的橋梁。

　　明軍控制了西側三角堡，十二日，堡內最後一名抵抗者投降。

　　十三日，明軍將二十門加農炮和榴彈炮運抵三角堡兩側的隱蔽路，隨即對左右兩側三角堡發動直接瞄準炮擊。

　　十四日，兩側三角堡城牆缺口被擴展開，明軍向缺口處的護城壕中投入大量柴捆和沙袋，以便攻擊。

　　顏望忠和參謀部，以及安茹在勘察缺口處狀況後決定發動突擊拿下這兩個三角堡，掛著五顆手榴彈的線膛槍兵整裝待發。

　　十五日，兩堡被明軍攻破。城內打出白旗，發出求和信號。

　　“我們向台灣國王繳納了貢品，為何不守信義突然攻擊?”

　　“多年來，我們沒有攻擊你們的商船，讓你們賺的盆滿缽滿，這貢品繳的還不夠值當?華人性命不是區區貢品就能抵消的，你們屠殺華人時，可有提前通知?難道不是突然攻擊?”

　　西班牙使者語塞，叫道:“你們簡直瘋了，讓西班牙人放下武器做唐人的奴隸?我們是征服者，不懂如何為奴。”

　　陸興冷笑道:“不懂可以學，學著學著也就會了。”

　　西班牙人不能接受和談條件，談判官陰沉著臉，拂袖而去。

　　十七日，明軍攻破馬尼拉總督府。