主政南京之後，吳應熊最關心的還是軍事，因為馬上要跟滿清大戰了，軍事上做好準備，才能確保江南半壁江山。

　　吳應熊提拔閻應元為南京兵部侍郎後，便帶著他去南京火器局視察。

　　閻應元的身材高大，雙眉卓豎，目細而長曲，面赤有須，頗有雲長再生之感。他也是使用大刀，和滿雲龍跟在吳應熊身後，並不說話。

　　南京兵器製造局位於南京城的北面，佔地百余畝，裡面有數十個作坊，這是明太祖朱元璋時期建造，建立的時間比北京的兵器製造局還早，規模也大。

　　吳應熊此次前去，並沒有事先通知南京的工部，而是突然到訪視察。此前，他已經將孫和鬥、孫和京從京城招來南京兵器製造局當主事，提前來摸底。

　　吳應熊等人坐一輛八匹大馬拉動的豪華馬車，走了半個時辰的時間，來到南京兵器製造局的大門口。

　　“這南京兵器製造局規模比京城的大很多，有五六千人。”孫和鬥和孫和京聽說吳應熊來了，趕緊帶人來迎接，匯報說。

　　孫和鬥和孫和京的年紀比孫和鼎小幾歲，但兩人都有二十年余年製造兵器的研究經驗，都是難得的人才，所以吳應熊對他們很看重。

　　“帶我們進去看看再說吧。”吳應熊點了點頭，轉而對跟在身後的閻應元和滿雲龍道:“你們也跟本丞相一同進去看看吧，以後閻侍郎直接管這兵器製造局，多多費心。”

　　“是，丞相。”閻應元答應得很痛快，跟隨在吳應熊身後一同走進南京的兵器製造局。

　　兵器製造局裡面非常寬敞，叮叮當當正在生產刀劍，長槍，弓箭，鎧甲，盾牌之類的冷兵器，幾個人一起，像是獨立的作坊。

　　吳應熊每視察到一個作坊，裡面的諸多工匠便會停下手頭的活參拜行禮。一連看了幾個作坊，吳應熊問道:“怎麽都是冷兵器，洋槍和西洋火炮在哪裡生產?”

　　“回丞相，火槍和大炮的生產作坊都在後面邊。”孫和京道。

　　“過去看看。”吳應熊吩咐道。

　　來到火器作坊，吳應熊一看，巨大的屋裡面，竟然只有寥寥幾個人在裡面擺弄一些火藥，生產大炮的人一個也沒看到，所有工作台全都處於停工狀態。

　　“這裡的工匠都到哪裡去了?”吳應熊很生氣，皺著眉頭問道。

　　“回丞相，近年工部的撥款極少，而火槍和大炮等火器造價昂貴，除了一些火藥之外，原尚書大人史可法下令停止了火器的生產，工匠們沒有事做，又發不上俸祿，那些匠人們都回家去了。”孫和鬥解釋，南京兵器製造局跟京城火炮廠一樣缺少撥款，火槍和大炮等火器做工太過精細，造價又昂貴，才一直沒有重新恢復生產。

　　“原先的火槍和大炮有沒有存貨?”吳應熊知道南京戶部原來的官員都忙著內鬥，哪有時間管這裡的問道。

　　“回丞相，我清點了一下，還有三百支火繩槍，十門大炮。”孫和鬥道。

　　“拿火槍來給我看看就行了。”吳應熊吩咐道。

　　很快，便有一名小管事去倉庫取了一支火槍過來，跟吳應熊在京城火炮廠見到的差別不大，整支槍身有四尺多長，大約十幾斤重的樣子，吳應熊接過槍，遞給閻應元，道:“你看看，這槍怎麽樣。”

　　閻應元接過火繩槍看了看後，搖了搖頭:“這把火繩槍打鳥還差不多。難以上戰場。”

　　吳應熊點點頭，對孫和鬥說:“孫主事，明日你就按照花名冊將南京所有製造火器的工匠全部召集回來吧，火器的生產必須要盡快恢復，管理制度和匠人們的薪水，都按照京城火炮廠的經驗來。”

　　“丞相，工部今年的撥款甚少，火器昂貴，若要恢復生產，需要大量餉銀。”孫和鬥說，“我以前去找過戶部，戶部也沒錢。”

　　“這個你不用擔心，火器生產的撥款我會從商業稅中撥出。”吳應熊道，“以後火器的生產歸閻應元的兵部直接管制，不由工部牽製，閻大人多費心。“

　　“下官領命。”閻應元道。

　　過來四五天，工匠們被召集回來，南京火器局重新開始恢復生產，閻應元進宮匯報:“火器已經全面停工了近兩年，工匠隻召回了大約七成，有三千多人。”

　　“好好乾吧。”吳應熊點了點頭，能詔回這麽多的工匠已經很不錯，道:“待火器局恢復生產之後，原先的火繩槍就不要生產了，全力生產最新式的米涅步槍，還有新式野戰火炮，不必擔心費用問題。”

　　閻應元道:“卑職領命。”

　　處理完南京火器局的事，過了一段時間，吳應熊便去視察南京水師。

　　吳應熊啟用鄭成功為南京水師提督的戰略非常成功，此時的南京水師，在鄭氏家族的幫助下，已經初現規模——吳應熊接管江南軍政之後，采取以撫為主，以剿為輔的政策，積極招降各地的勢力效忠大明;此時，鄭芝龍坐擁整個福建，水師又無敵，自然是吳應熊急欲招撫的首要對象，而從鄭成功下手，是再合適不過了。

　　鄭芝龍是海寇出身，吳應熊知道他對明朝根本談不上忠不忠心，鄭家有強大的海軍，大小戰船隻三千余艘，麾下包括福建的明軍，有十多萬人馬，整個東南海疆都在其掌控之中，東西往來商船皆要向鄭家交保護費，大船過往一次要交三千兩;光是收保護費，鄭家每年就收入幾百萬兩，可謂是富可敵國。鄭芝龍要的只是保住鄭氏家族的利益，至於效忠大明，只不過是一個名義而已。

　　吳應熊提拔鄭成功為南京水師提督，也是想試探一下鄭芝龍對待朝廷的態度。

　　鄭芝龍收到鄭成功的家書後，知道了在南京發生的一切，他感覺這吳應熊不簡單，他竟然在李自成的眼皮底下，將太子朱慈烺帶走;而且憑他一己之力，將劉澤清說滅就滅了，而且他還很快穩定了南京的局勢，他召集弟弟鄭芝鳳等人開會商議。

　　鄭芝鳳說:“大哥，這不是好事，我看吳應熊是想把侄兒留在南京牽製我們。”

　　鄭芝龍說:“現在吳三桂父子挾天子以令諸侯，我們不便與他翻臉。如果福松真的執掌大明水師，對我們鄭家來說，倒是好事，也是他建功立業的大好機會，我們不管怎麽樣，得幫他。”

　　“大哥，怎麽幫侄兒?”鄭芝鳳問道。

　　鄭芝龍說:“福松在家書上請你南上幫忙，你去吧，要是情況不對，你就將他帶回福建。”

　　鄭芝鳳說:“大哥放心，我一定將侄兒安全帶回了。”

　　於是，鄭芝鳳帶著三十六艘四百料福船，二百多艘唬船、鷹船、沙船組成的艦隊鋪滿了江面，浩浩蕩蕩開往南京，長江面上盡是白色船帆，層層如雲，翻湧如濤。鄭芝鳳帶去的三十多艘全新的福船，千斤佛朗機炮就有上百門，看起來就挺嚇人的。

　　鄭芝鳳帶著船隊到了南京，幫助鄭成功將大明原有的三百多艘戰船整合成了一支頗具戰鬥力的大明水師。

　　南京水師的大營設立在了九洑洲上。這裡長約有十五六裡，寬在一二裡至六七裡之間，位於長江主航道以北，與北岸相隔一條十余丈寬的水帶，江邊盡是是蘆葦和茅草，大約駐扎了一萬大明水師，控制江浦至金陵的水上通道。

　　幾百艘戰船在江面擺開，頗有氣勢，旌旗隨著江風怒號。

　　水上實戰演習開始，戰船開動，大炮升起，轟隆！轟隆！

　　炮聲如雷，江面上硝煙如霧，風帆隱現，喊殺聲，槍聲炮聲，如錢塘潮湧，一浪高過一浪……

　　吳應熊和鄭成功、鄭芝鳳等人坐船觀戰，在甲板上，鄭芝鳳對吳應熊說:“丞相請看，咱們大明水師的戰船，分為大福船和福船，大福般柁三重，底尖上闊，首尾高昂，能容數百戰士，但它吃水太深，起止遲重，機動性能不好，不宜海戰，宜加以改進。”

　　“哦，鄭先生說得對，你往下細說。”吳應熊對鄭芝鳳的專業表示讚賞，道。

　　鄭芝鳳說:“福船底尖上闊，船首昂起張開，尾部高聳，吃水約一丈五，艦首可備紅夷大炮1門、旁可設千斤佛郎機6門、碗口銃3門，迅雷炮二十門，噴筒一百個，其傍皆護板，護以茅竹，豎立如垣，其帆桅二道。中有四層，最下層裝壓艙石，第三層放置淡水櫃，第二層為士兵住所。最上一層為露台，需從第三層的梯爬上，兩旁用板翼作欄，人靠在上面作戰，矢石火炮皆俯瞰而發，這樣就為海戰利器。”

　　“丞相，福船高大如城，非人力可驅，全仗順風順潮，而回翔有所不便，又其吃水深，惟利空闊大洋，在裡海則易膠淺，須跟哨船接濟。所以，我大明水師還應多造小型戰船相配合，如草撇船、海滄船、蒼山船。”鄭成功接著說道，“而且隻造戰船並不足以海上致勝，還應多造小型兵船，如網梭船、鷹船、連環船、子母船、火龍船等輔助戰船。”

　　“就按照你們的意思辦吧，本丞相隻提一個小小的建議，就是在船頭和船身，其實可以是包鐵，鐵甲戰船，想一想應該很牢固，抗撞擊或者炮擊能力應該會提升不少。”吳應熊說。

　　這個時代的戰船，都是木質風帆的，對於鐵甲戰船沒有概念，鄭成功有點懷疑，說:“鐵船難道不會沉麽?”

　　“找工匠試一試吧，萬一不沉呢?”吳應熊笑著對鄭成功說:“錢不是問題，而且南京火器局將會為大明的戰船配備最新式火炮，希望你們能為大明組訓練出一支無敵水師，恢復我大明水師的昔日雄風！”

　　“好的，丞相，戰船上的大炮是應該更換了，現在戰艦上的火炮遠不如荷蘭人的大炮。”鄭成功點點頭說。

　　“你們好好乾，朝廷絕對不會虧待。”吳應熊走過去拍了拍鄭成功的肩膀，笑道:“只要你們訓練好了大明水師，就會建立奇功，到時候皇上會親自召見嘉獎你們。”