吳應熊率領三萬新禁軍到了南京，騎馬自三山門環城向東，拜謁孝陵和懿文太子陵，隨後經朝陽門入東華門，謁奉先殿，出西華門，以南京內守備府為行宮，在武英殿處理政務，入了南京的紫禁城。

　　南京的紫禁城原來壯麗巍峨，在明朝一點也不比北京的紫禁城差，當年朱元璋做皇帝，命劉基卜地作新宮，最終選定以紫金山的富貴山為靠山，填平了部分燕雀湖建造皇宮，發軍民工匠多達二十萬人，前後歷時二十余年，南京皇宮佔地面積超過百萬平方米，是中世紀世界上最大的宮殿建築群，被稱為“世界第一宮殿”，北京故宮只是仿照南京故宮而建。後來建文帝時期宮中大火，燒毀了不少建築，福王朱由崧到了南京監國，修複了部分皇宮建築。

　　此時的南京城，也是熱鬧非凡，江南貢院士子如雲，六朝四百八十寺都還在，大小酒樓有六七百座，茶社千余處;秦淮河十裡珠簾繁華似水，綠柳如煙輕拂金粉樓台，畫船簫鼓晝夜不絕。城裡城外，琳宮梵宇，碧瓦朱甍，士工農商人口過百萬，可以說是江南第一大名城。

　　吳應熊到了南京，北京的聖旨很快就到了:丞相吳應熊平定山東之亂有大功，攝政南京，整個南方的軍政都歸吳應熊全權節製，吳應熊成為名義上的“江南王”！

　　此時，重傷的吳三桂已經蘇醒，帶了一半關寧軍回北京養傷。這道聖旨，就是吳三桂和諸王讓明帝朱慈烺下的，因為北京此時有何承志帶的三萬新禁軍，北方有關寧軍等鎮守，沒有太大問題，主要是南方需要一個強有力的人物來安邦定國，此時負責南方事務的兵部尚書、督師史可法控制不住局勢，江南人心渙散，吳應熊隻好親自渡江來南京主政。

　　此時南方人心浮動，各方利益都錯綜複雜。史可法作為文官出身的兵部尚書，對朝廷忠心是忠心，但他調動不了武將，比如他原本派劉澤清到淮安、揚州駐守，但是劉澤清看山東大順軍主力撤退，就率大軍回了山東作亂。

　　史可法又派高傑防守揚州，說好了是駐軍城外，高傑卻堅決要帶兵進入城內，揚州官員和老百姓害怕高傑的軍士作亂，就緊閉城門，不讓他們進城。高傑竟然下令攻城，攻城攻不下就天天搶劫揚州城外鄉村中的婦女，當地百姓更加厭惡他。揚州知府馬鳴錄、推官湯來賀率軍民頑強地防守了一個多月，最後史可法無奈，把瓜洲給了高傑，他才停止攻城。

　　史可法擔心高傑蠻橫無理，難以製服，讓黃得功駐軍儀真，暗中牽製高傑的勢力，結果高傑和黃得功卻打起來了——當時登萊總兵黃蜚即將前去上任，黃得功率領三百名騎兵從揚州出發到高郵迎接他，高傑的副將胡茂楨飛馬向高傑做了匯報。高傑一向忌恨黃得功，又懷疑他要算計自己，於是在途中埋伏了精兵阻擊他們，還派人暗中去攻打儀真，黃得功的士兵損傷得比較嚴重，與他一同前往高郵的三百騎兵都戰死了。

　　文臣方面，南方官員也都不買史可法的帳，舊黨爭不斷，東林黨人與馬士英、阮大铖之間的矛盾不斷深化，薑曰廣、高弘圖、劉宗周等勤政愛民的好官都要辭官。

　　加上福王朱由崧不安分，暗中勾結朝臣，史可法礙於大明皇室的威嚴，不敢干涉，他對各方都感到力不從心，難以控制，吳應熊來到南京，史可法如釋重負，當面請求統帥軍隊，外出鎮守淮安、揚州兩地，說:“丞相少年英雄，收復京師，功高蓋世，天下皆服。可法自愧才能不足，有負朝廷重托，深感慚愧，請調外出為朝廷鎮守一方。”

　　“咳咳。”吳應熊咳嗽了一聲，他早聽說史可法的大名，知道史可法因祖上的功勞得以世襲錦衣衛百戶，傳說史可法的母親夢見文天祥來到他的屋裡而受孕懷胎，早年以孝聞名於鄉，師從赫赫有名的左光鬥，第一次見他，史可法長得果然一身正氣不怕南方沒暖氣:身長七尺，濃眉大眼，胡須濃黑，神明英發，笑道:“史公過謙了，你只是玩不過劉良佐和高傑那些流氓罷了。還有東林黨那些人，也不是善類，要製服他們這些人，督師還缺一樣東西。”

　　史可法道:“久聞丞相乃是少年英雄，還請不吝賜教。”

　　“督師還缺一個‘狠’字。”吳應熊說:“既然督師想外出駐軍，眼下倒是有一個地方正適合你去，我父王剛離開山東，你就去督守山東吧，那是重地，靠近京師，責任重大，需要勞你大才。江南你就放心交給我了，我來重新收拾舊山河。”

　　福王朱由崧沒想到劉澤清兵敗那麽快，聽說吳應熊率三萬禁衛軍到了南京，他一狠心，決心殺了劉澤清的心腹李化鯨。那天，福王將李化鯨約到密室，假意問道:“現在劉帥被誅殺，我等怎麽辦?你不會去告發我吧?”李化鯨也搖頭歎氣，道:“沒想到朝廷的禁軍如此厲害，我們只有徐徐圖之，王爺放心，小人今後惟王爺馬首是瞻。”

　　而此時，大順朝內部也在勾心鬥角。多爾袞的八旗軍一路勢如破竹，闖王李自成沿山西向陝西而逃，多爾袞和多鐸分頭追趕，大順軍大敗。自回到陝西以後，丞相牛金星已與軍師宋獻策意見大了，因羞成怒，與宋獻策結下不解之仇，便有意除去宋獻策，好拔去眼中的釘刺。

　　那日，牛金星入見李自成，見李自成長嗟短歎，便進言道:“皇上，勝敗乃兵家常事，為何如此懊惱?這麽多年，我們都是從失敗中爬起來，屢敗屢戰，才有今天。”

　　李自成道:“朕自起義以來，勢如破竹，只是遇到旗人，於是至迭遭挫敗。現在聽說連河南、山東等地也大勢已去。”牛金星道:“這些都不足憂慮。臣近聞軍師與張獻忠頗有來往，仿佛是要換主，不可不防。”

　　李自成聽了，大吃一驚，說:“不會吧?！軍師不是那樣的人啊。”

　　牛金星道:“皇上，知人知面不知心，臣都後悔把宋獻策推薦給皇上了，有人目睹日前軍師聽聞我軍之敗，私下鼓掌大笑，其心可誅。”

　　這時，正好軍師宋獻策進來， 對李自成道:“大王，我們回西安躲避滿清大軍，實非長策。臣最近派馬珂入川，為我軍探路。請大王先幸荊襄，然後取四川為根本，養蓄銳氣，再圖進取，不知大王以為然否?”

　　李自成想起牛金星的話，臉色突變，聽了並不回答。

　　宋獻策見李闖並不回言，且有怒色，心中實不自在，即先行辭出。

　　牛金星即向李自成添堵道:“宋獻策此來，探皇上口風罷了。”

　　從唐通到白廣恩，接連被許多投降大順的將領背叛和算計，登上皇位的李自成誰都不信任了，加上這時染病，氣喘籲籲地說:“朕……也以為然，容丞相徐圖之。”

　　牛金星得了李自成的口諭，回營後，即與心腹左右計議，欲謀殺宋獻策。

　　聞人訓道:“方今大王有病，必難有為。不如除去宋獻策，丞相即自登王位便是。”

　　牛金星聽得，好不歡喜，同坐的很多幕僚也都讚成。牛金星大喜道:“我既有福命做到宰相，未必便無福命做到天子。”

　　孫昂道:“宋獻策那廝，自命讀聖賢書，他輔助闖王，常自怨輔非其主，何況丞相與他向有意見，他焉肯降心相從?依我愚見，不如想條計策先除了宋獻策，更為快便。”牛金星道:“孫將軍說得對。現在趁闖王有命，先除了宋獻策，可以行大事了。”

　　史定道:“此實兩全之策。殺了宋獻策，固無阻事之人。即殺宋獻策不得，也只出王所命，與我們無乾。”

　　丞相牛金星聽罷，大喜，便設宴席請軍師宋獻策來赴宴，想趁機除掉他。