在高皇后和紅娘子的幫助下，李自成的余部投降明朝，吳應熊還在陝西和山西等地進行了土地改革，大西北安定下來，他就屯出手來對付殺人魔王張獻忠。

　張獻忠，別號“八大王”，與李自成齊名。張獻忠也是陝西人，且與李自成同歲，早年當過捕快，後來犯事被除名，於是投軍。沒想到的是，本想在軍中有所作為的張獻忠，也因故被開除。就這樣，被斬斷了“吃皇糧”路子的張獻忠走上了“造反”的道路。

　由於受過軍事訓練，張獻忠領導的農民軍發展很快，張獻忠主要依靠義子孫可望，李定國、劉文秀、艾能奇等人掌控軍隊。

　早在1634年，張獻忠進攻夔州，就被明朝著名的女將軍秦良玉擊敗。

　1640年，張獻忠軍被明將左良玉逼入四川，與官軍鏖戰大半年，各有勝負。後來，迫於形勢的張獻忠率軍進入湖北，並在武昌稱王，號稱“大西王”。不過，四川古稱“天府之國”，張獻忠並未放棄，於1644年再次挺進四川，張獻忠在四川當過兵，熟悉四川，一支覬覦四川。

　四川，一直以來有天府之國的美譽。在同李自成的大軍爭奪漢中的戰爭中失利後，

　崇禎十七年(1644)六月，張獻忠就率部攻浮圖關。此時，吳應熊早就料到張獻忠會攻趁機圖謀四川，因閣部督師楊嗣昌剛愎自用，輕敵失策，居然在軍旅途中同文士飲酒賦詩，進退無據，吳應熊立即將楊嗣昌撤職查辦，並請定西王唐通率軍十萬，和四川總兵秦良玉的五萬人馬一起扼守夔州等各處軍事要隘失守，並讓明帝賜予他們尚方寶劍，節製川蜀各級官員。

　秦良玉，字貞素，四川忠州人，丈夫馬千乘是漢伏波將軍馬援後人，世襲石砫宣撫使，馬千乘被害後，因其子馬祥麟年幼，秦良玉於是代領夫職。秦良玉率領兄弟秦邦屏、秦民屏先後參加抗擊遼東清軍、奢崇明之亂、張獻忠之亂等戰役，戰功顯赫，被封為二品誥命夫人。

　唐通立即率十萬大軍前往夔州，見到秦良玉，欽佩不已。秦良玉雖是女將，但身高六尺有余，一身戎裝，當時年近七十仍老當益壯，猶如北宋楊門的佘太君在世，令人一看之下，不由得心生敬仰。這樣一個大明傳奇女將，全家都從軍，保家衛國。

　唐通和秦良玉兩人密切配合，張獻忠曾派一支十萬大軍入川，意圖偷襲衢州，攻擊重慶，被秦良玉獲知後，讓他手下的白杆兵伏兵擊潰。白杆兵是秦良玉手下一支最精銳的力量，雖然只有八千人，但每一員士兵都是十裡挑一的精銳，戰鬥力不弱於一支五萬大軍，就算當年號稱天下第一騎兵的滿八旗對上白杆兵也有所不如。

　秦良玉為人忠義，張獻忠在她眼裡就是逆賊，再加上張獻忠確實生性殘暴，經常濫殺無辜，秦良玉對他痛恨非凡，恨不得立刻絞殺了張獻忠，經常想主動出擊，擊殺張獻忠的隊伍。

　唐通也久聞張獻忠殺人如麻，但是他得到吳應熊的要求，是要堅守衢州等地，阻擋張獻忠入川，便下令嚴防死守，免得四川人唄張獻忠屠戮。

　張獻忠早在崇禎十六年就已經佔領且比較穩定的湖南和江西的袁州、吉安兩府，但後來卻放棄此兩地，率領主力圖謀四川。因為張獻忠同李自成部義軍的關系不好，而崇禎十六年前後的大順軍勢如破竹，眼看就要著手實現統一天下的大業。張獻忠不打算並入李自成的大順軍，又不甘心向李自成俯首稱臣，所以就遠離他人的臥榻，另尋出路。至於選擇四川，是因為張獻忠去過四川，對這一帶的地理條件了解;而且四川偏處一隅，北有秦嶺，東有三峽，都是易守難攻的天險。蜀中又有豐富的人力、物力資源，足可立國圖存。

　張獻忠對四川志在必得，因為唐通和秦良玉坐鎮，李自成的大順朝敗亡後，張獻忠還沒殺入四川。吳應熊收復關中之後，率領十萬新軍和唐通的大軍夾擊張獻忠的軍隊。

　這個時候張獻忠處於內外交困、舉棋不定的境地。明軍大舉來攻，張獻忠一方面知道抵擋不住，另一方面又舍不得丟棄自己所佔據的四川部分地盤。

　關鍵時候，大西軍內部發生了劉進忠叛變事件。劉進忠原是大西軍驍騎營都督，叛變的原因是他的一名部將叛投了南明，而劉進忠懼怕受到張獻忠的嚴厲懲罰，率部倉皇出逃，同搖黃十三家中的袁韜部合營，向吳應熊投降，引明軍進攻大西軍。

　張獻忠的軍隊戰鬥力實際上是比較差的，打大順軍都打不贏，根本不是吳應熊和唐通的對手，不久兵敗被俘。在被俘虜之前，張獻忠還親手殺了自己的妻妾和兒子二十余人，自己卻準備投降。

　吳應熊允許張獻忠的義子李定國等將領投降，卻單單不放過張獻忠，下令將張獻忠押解到成——都，公開凌遲處死，以彰顯人間的正義。

　“凌遲”俗稱“千刀萬剮”，是最殘酷的刑罰。“凌遲”主要是針對犯了謀反、犯上作亂、“口語狂悖”等“大逆”、“逆倫”罪的人設置的。

　“凌遲”的執行方式是將犯人零刀碎割，使其極盡痛苦而死，讓那些聲稱“腦袋掉了不過碗大個疤”的好漢，想速求一死而不得，起到一定的震懾作用。

　“凌遲”處死時，劊子手先在犯人前大肌上割一塊肉拋上天，這叫“祭天肉”;第二刀叫“遮眼罩”，劊子手把犯人頭上的肉皮割開，耷拉下來遮住眼睛，避免犯人與劊子手四目相對，防止犯人在極其痛苦時放射出異常陰冷、恐懼的目光而使劊子手心慌意亂，影響行刑。

　歷史上有記載被“凌遲”處死的人，如明朝末年的大宦官劉瑾，“例該3357刀，先10刀一歇一喝。頭一天先剮357刀，如大指甲片，在胸膛起開刀，一共剮了3天。”

　張獻忠這個大魔頭被凌遲處死，去圍觀的四川老百姓都高聲叫好:“你這殺千刀的賊死囚，忠於該遭到報應了！”

　張獻忠行刑的那天，四川萬人空巷，有很多人都從遙遠的山村趕來看這大惡人罪有應得。

　在剛開始的兩個時辰裡，完全出乎劊子手意料的是，殺人太多的張獻忠不但沒有痛呼一聲，而且連表情，都沒有過度扭曲，甚至也沒有用縱聲長笑來抵禦劇痛。

　劊子手大怒，吩咐助手就地點火，再把一塊烙鐵燒得通紅。這個猥瑣的家夥呲牙獰笑著，將燒紅的烙鐵緊緊貼在張獻忠被剜成魚鱗狀、鮮血淋漓的右肩。

　伴隨著“呲啦”一聲，張獻忠右肩的肌肉發出了刺鼻的焦臭，濃煙熏得劊子手一陣咳嗽。撕心裂肺的灼燒劇痛，讓張獻忠幾乎昏厥。

　然後，劊子手用小刀，一點點割下張獻忠右肩的皮膚，在割到傷疤處時，劊子手將手裡鋒利的小刀， 狠狠插進張獻忠的傷口裡。

　“殺了我吧，快殺了我吧！”張獻忠這才感覺到絕望的痛苦和死亡的恐怖，感覺自己到了地獄，大聲求饒不得，轉而求死！

　“我呸！”張獻忠犯的罪孽太重，劊子手反覆進行幾百次、上千次……足足動了三千刀，才完成任務，將張獻忠凌遲處死。

　四川的老百姓紛紛買下張獻忠的碎肉和皮骨，拿回家喂狗。就這樣，一代殺人魔王張獻忠，得到了他應得的下場，老百姓紛紛放鞭炮慶賀。

　至此，大明的天下初定，內地十八省的失地基本上收回，只剩下台灣還在荷蘭人手中沒有收復。為此，吳應熊讓鄭成功去帶領水師去收復台灣，他還給鄭成功的父親鄭芝龍開除了難以拒絕的條件:如果鄭家收復台灣，封鄭芝龍為平南王。

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