吳應熊要為孫元化平反，是因為他早就派人將孫元化的三個兒子接到了京城。

　　孫元化遭原內閣首輔溫體仁等人的誣陷，被冤殺於崇禎五年，即1632年。

　　那一年的一個深夜，北平的雪下個不停，一位老外化裝成送炭工人，買通了看守，走進了大明北鎮撫司陰森晦暗的監獄。他就是孫元化的朋友，曾和他一起在京城炮廠製造過西洋火炮的傳教士湯若望。

　　孫元化生前加入了天主教，湯若望給孫元化做了最後的彌撒。在這最後時刻，忠臣孫元化竟然請湯若望轉告三個兒子，不要因為他被冤殺而抱怨朝廷，不要當官，把他的遺作整理出來傳於後人。

　　孫元化的三個兒子孫和鼎、孫和鬥、孫和京照辦了。在孫元化死後，他的遺體被兒子和部下迎葬於嘉定南門外的荒圩中，墳前立有一方石碑，上書“僉都禦史孫元化墓”。

　　此後，孫元化的三個兒子把全部精力投入在整理父親的遺作上。朝廷多次邀請他們出來做官，都被拒絕。

　　他們十數年如一日，潛心整理父親的文稿，編成《水一方人集》，自己也不知不覺間變成了西洋火炮專家。

　　他們進京後，就住在湯若望的教堂裡。湯若望是意大利的耶穌會傳教士，天主教耶穌會修士、神父、學者。1630年，也即崇禎三年，他由禮部尚書徐光啟疏薦，回京供職於欽天監，譯著歷書，推步天文，製作儀器。同時，利用向太監講解天文的機會，在宮中傳播天主教，受洗入教的有禦馬監太監龐天壽等。湯若望在歷局期間，還同中國學者合作翻譯了德國礦冶學家阿格裡科拉撰寫的論述歐洲開采、冶金技術的巨著“礦冶全書”，中譯本定名為“坤輿格致”。

　　崇禎七年，協助徐光啟、李天經編成《崇禎歷書》一百三十七卷，又受明廷之命以西法督造戰炮，並口述有關大炮冶鑄、製造、保管、運輸、演放以及火藥配製、炮彈製造等原理和技術，由焦勗整理成《火攻挈要》二卷和《火攻秘要》一卷，為當時介紹西洋火槍技術的權威著作。之後，湯奉旨設廠鑄炮，兩年中鑄造大炮二十門。由此可見，湯若望不僅是一位西洋火器專家，還是一位複合型的人才。所以收復京城後，吳應熊就去拜訪湯若望，將宣武門內原天主堂擴大送給了他，此處成為了湯若望等神父的日常起居地，並且吳應熊將孫元化的三個兒子也送到了這裡。

　　吳應熊對明末的傳教士，是懷有好感的，這時的明朝，其實並不閉關鎖國，本身已經開始意識到洋人的智慧。而且大明朝的科技也比很多人想象的還要發達，李時珍《本草綱目》，朱載堉《律學新說》、潘季馴《河防一覽》，程大位《算法統宗》，屠本畯《閩中海錯疏》，徐光啟《農政全書》，宋應星《天工開物》，徐霞客《徐霞客遊記》，吳有性《瘟疫論》，很多經世致用的書籍都已經面世，只是當時的讀書人，大多以東林黨那種滿嘴仁義道德的腐儒為主，吳應熊是看不起這種百無一用的書生。

　　吳應熊倒願意將湯若望和孫元化三個兒子那樣的科學人才籠絡到自己的麾下，尤其是西洋的傳教士。明末來華的傳教士，大都是當時西方的飽學之士，在科學上有著較高的造詣，以宣傳西方的科學文明作為傳教的重要手段。其中規模最大的一次是法國傳教士金尼閣於1620年攜入的7000部書，這些書中包括哲學類、神學類、教義類及其他名著外，余所搜醫學、法學、音樂類書，

亦複甚多。傳教士們一面編譯出版，一面還與中國學者合作，直接用中文進行著述，向中國傳播西方的自然科學知識，西方的先進火器技術就是在這樣的背景下開始傳入中國的，可惜大明因為戰亂和天災，並沒有來得及好好利用。　　最早為大明效力的是利瑪竇，他也是意大利的天主教耶穌會傳教士、學者，萬歷年間就來到中國傳教，他是天主教在中國傳教的最早開拓者之一，也是第一位閱讀中國文學並對中國典籍進行鑽研的西方學者，通過“西方僧侶”的身份，“漢語著述“的方式傳播天主教教義，並廣交大明官員和社會名流，傳播西方天文、數學、地理等科學技術知識，他的著述不僅對中西交流作出了重要貢獻，對日本和朝鮮半島上的國家認識西方文明也產生了重要影響。

　　當然，這裡需要說明，十六世紀歐洲思想界的主流依然是神學，科學依然處於裨女的地位。耶穌會興辦教育的目的也只是讓傳教士掌握必要的知識以論證上帝的存在——比如《幾何原本》，最為精彩的地方就在於它嚴密的邏輯體系，傳教士就把這種形式邏輯運用到宗教論證中，在傳教士眼裡，科學僅僅只是一種感悟上帝的手段。

　　一開始利馬竇到中國只是為傳教而傳教，結果到處碰釘子，很不順利。後來利馬竇改變了策略，曲線傳教——先向公眾開放教堂的圖書室、展示地圖、宣傳西方科技知識等，然後再伺機結交感興趣的人，馬上就改變了處境。利瑪竇的行動不僅吸引了很多平民百姓，而且也招至大批中國士大夫的青睞，影響也越來越大。

　　利馬竇到京城後發現，如果不向中國的士大夫階層提供西方科技知識，相互交往就很不暢，因為中國的書生，信鬼的多，信神的少。

　　不得已，利馬竇和徐光啟開始翻譯工作，介紹西方科學知識。

　　徐光啟和利馬竇在翻譯《幾何原本》的時候也備受關注的，在翻譯的過程中，很多中國最高等級的官員和士大夫都參與進來研討商量，如楊廷筠、李之藻、葉向高、馮應京、曹於汴、趙可懷、祝宰伯、吳大參這些人，看一看葉向高，就知道他們這些人的地位都是不低的。

　　當時，孫元化作為徐光啟的學生，也來到京城，和傳教士的關系不錯，便入了天主教。

　　吳應熊知道，明朝是不排斥西學的，到崇禎九年，明朝官員士大夫入天主教者有一等大員14人，進士10人，舉人11人，生員300人。崇禎十三年，明朝宮廷內及皇族宗室奉洗入教者有後妃3人，宮女50人，宦官40余人，皇族140余人。全國范圍內入教的到明末估計可達四、五萬人。可見，明末朝野上下已有相當濃厚的崇尚西學、西教的氣氛。排斥西學，是滿清二百多年閉關鎖國的種下的毒瘤，至今余毒未了。

　　湯若望也知道，要想在中國傳教成功，必須學習中國的語言文字，並尊重中國人敬天、祭祖、祀孔的禮儀習俗，而“最善之法莫若以學術收攬人心”，他對吳應熊的到來抱有極大的善意——明朝在這時候絕對是一個泱泱大國，人口過億，教徒發展潛力巨大。

　　吳應熊帶了明帝朱慈烺為孫元化平反的詔書，孫元化官複右僉都禦史，巡撫應天十府，由其長子孫和鼎繼承官位。

　　孫和鼎俯首在地，接了聖旨，痛哭流涕，說:“家父在天之靈，可安息了。多謝聖上。多謝吳丞相，不過，家父有遺言，孫家子孫不得為官。”

　　“沒有讓你做官，你們以後就幫我做事吧，我聘請你們當禁衛軍的西洋火器顧問。大明軍營是將你們父親的學問發揚光大的好地方， 將來，我們要為你們的父親報仇，要滿清韃子血債血償。”吳應熊說。

　　“家父生前教導我們忠於大明。要是能為大明驅除韃虜，孫家後人死而後已。”孫和鼎慨然道。

　　“好，有你們這些忠義之人相助，大明必勝！”吳應熊道:“還有你，湯若望先生，承蒙不棄的話，繼續主持京城的西洋炮廠的工作。你的工錢，不會少的。”“吳大人，我也給你準備了禮物。”湯若望給吳應熊準備了地球儀、望遠鏡、鍾表等，這些原本都是教會拿來準備進獻給皇帝的。

　　吳應熊愉快地接受了湯若望的禮物，問湯若望道:“根據朝廷兵部的記載，當年你們在京城炮廠造了二十門火炮，為何沒有下文了?”

　　“生鐵，吳大人懂麽。因為你們的生鐵不好，容易炸膛。”湯若望用生硬的中國話說。

　　“略懂。哦，原來大明火炮不行，是這個原因。你有辦法改進麽?”吳應熊點點頭，問湯若望。

　　吳應熊知道，鐵是近代工業之母，軍工武器離不了，一旦生鐵質量過關，這時代各種有趣的創新和發明其實都可以應用。比如想要製出近現代的弓弩出來，首要就是煉出更好的鐵，弄出更好的木料。還有西洋火炮，其實明末近代意義的火炮已經成熟，可問題在於，由於炮身的鑄鐵工藝技術不過關，不但精度極差，射程也不如意，時不時還炸膛，有是還不如滿清鐵騎的射箭好用。而且明末火炮雖然有了應用，但是真正大規模的應用卻沒有真正鋪展開。其中最大的難題，也就在於此。