在清朝初期，武英殿刻印的書籍以其精致超越前代而著稱，這些珍貴的雕版全都儲存在武英殿旁邊的閑置房屋中，因常年不常使用進行印刷，導致大量雕版被盜賣。到了光緒初年，時任翰林的南皮張之洞(張文襄)曾計劃籌集資金請求朝廷重新啟動印刷，以廣泛傳播這些寶貴的文化遺產。然而，有人提醒他，若要這麽做可能會引發大的紛爭，因為這些雕版早已流失嚴重，一旦查明真相，歷代擔任過武英殿相關職務的官員都將受到牽連，可能導致數百人被革職，如此舉措實難實行。張之洞聽取意見後，放棄了這一計劃。

　　武英殿周邊的空屋同時也被實錄館佔用，供職人員集中居住，一間屋子往往擠住五六人乃至三四人不等，以便於早晚進出實錄館。他們在此住宿、飲食，冬季取暖時甚至會劈開殿版作為柴火。更有甚者，有人偷盜雕版出去，刮去兩面的文字後賣給市場上的刻字店鋪，每塊雕版可換取相當於四千枚京當十錢的收益。這些雕版由堅硬耐久的紅棗木製成，厚度約為一寸，歷經兩百年仍未出現裂縫，當初耗費巨資打造的珍貴資源，就這樣逐漸被這些人破壞殆盡，實在令人痛惜。

　　文淵閣每年例行的伏日晾書活動，持續大約十余日，然而主管的直閣學士並不會親自監督，而是委托給下級職員辦理，這就導致每次晾書之時，書籍總會遭受盜竊，甚至不乏學士自己參與盜竊的情況。不過，被盜的大多是單本，大規模的成套書籍因體積龐大不易盜走。究其原因，這些都是源於將國家資產視為私有物的弊病，官方不公開管理，而是私自利用，卻忽略了官職流轉不定，而民間百姓才是長久居住在一個地方的實際情況。對比東西洋各國的博物館、圖書館等文化機構，均由當地鄉紳管理，不經過官府之手，因而能更好地長期保存文化遺產。