在農民軍被關寧軍和魯軍聯手趕出直隸和山東的同時，關寧軍和滿清的戰事也迅速進入了尾聲，此時明軍鎮壓和清軍在各條戰線都陷入了僵局，在遼南新葡萄牙總督穆裡尼奧中將和魯軍總兵尚可喜指揮的葡魯聯軍在蓋州跟多鐸統帥的清軍展開了拉鋸戰，雖然多鐸統帥的清軍裡有大量戰鬥力很強的滿清漢軍和八旗軍騎兵，但是葡魯聯軍憑借著火力優勢和艦隊通過防守打得清軍寸步難行。

　　與此同時穆裡尼奧還出動龍騎兵大肆騷擾遼南，雖然這些殖民軍龍騎兵在正面打不過八旗騎兵，但是這些葡萄牙騎兵成功的焚毀了大量農田，這就讓已經在遼南成家立業的漢軍人心惶惶，多鐸因此再也無力主動發動進攻，而且穆裡尼奧的行動直接導致滿清損失大量的糧食和人口，要知道滿清境內的糧田主要就集中在遼南，因此這就意味著穆裡尼奧幾乎癱瘓了滿清的農業，繼續再這麽打下去滿清將會面臨斷糧的風險。

　　在這種情況下滿清內部也開始有了議和停戰的想法和聲音，但是這種極其動搖皇太極權威的思想自然會受到皇太極的嚴厲打壓，皇太極還在希望圍攻錦州的濟爾哈郎，多爾袞和阿濟格等八旗軍主力能盡快取得突破，皇太極還下令投入了火炮部隊參與進攻，而錦州防線在關寧軍兵變後受到了重視，畢竟坐鎮於此的祖大壽就是關寧軍的領袖，所以關寧軍此後開始大力修繕關寧防線，他們除此之外還部署了很多炮台和西式的棱堡去環繞四周，所以祖大壽就憑借著要塞多次擋住清軍的猛烈進攻。

　　很快山海關總兵祖大弼統帥保安總兵張韜和天津總兵王洪抵達錦州來支援祖大壽，這下祖大壽就擁有了更多的機動兵力來跟清軍作戰，於是他很快就集結明軍對清軍展開反撲，此外水師提督周文鬱也統帥引進了蓋倫帆船的新式艦隊提供火力支援，結果就這樣明軍多次出擊成功挫敗了清軍的進攻，於是很快清軍在錦州戰線也陷入僵局之中，而且由於葡萄牙軍隊不斷侵擾遼南，這讓清軍的補給無法支撐他們跟明軍打消耗戰。

　　至於此前撤回塞外的阿濟格的遠征軍，由於遼南戰局的情況不斷的惡化，皇太極也無法繼續去讓阿濟格率部在塞外維持戰線，於是他不得不下令把阿濟格的遠征軍撤了回來，而明軍這邊雖然也有心出兵趁機北伐塞外蒙古各部，但是由於農民軍入侵直隸導致他們的計劃取消，但是神機營提督陸澄和其他關寧軍將領還是對北伐蒙古念念不忘，在他們的勸說下主事的兵部尚書吳襄開始組織大量夜不收進入蒙古去跟察哈爾，烏梁海，朵顏衛等部進行秘密聯絡，關寧軍本來就跟這些蒙古部族交情不錯，他們見現在關寧軍勢力蒸蒸日上就也有歸附的想法，所以很快他們的關系就越來越緊密。

　　不過曠日持久的消耗戰對明軍和葡萄牙人也沒有好處，明軍在直隸的農田也遭到了農民軍襲擾，而且這讓關寧軍意識到跟清軍和農民軍兩線作戰非常困難，雖然吳襄意圖利用戰爭去擴大自己威望，但是關寧軍將領久經沙場非常清楚利害得失，他們很清楚繼續這麽打下去，自己這邊雖然防守可以，不過以他們的實力也無法進軍遼東。

　　而葡萄牙人則認為跟滿清作戰實在撈不到什麽好處，所以他們就派出傳教士前往盛京進行斡旋，葡萄牙知道大明和滿清之間的深仇大恨，所以他們希望能夠成為大明和滿清的中間人，畢竟這樣他們就能同時增加大明和滿清的關系，這對於葡萄牙人開拓貿易市場非常重要，穆裡尼奧認為在他們取得戰爭勝利的情況下完全可以提出這個要求。

　　此時皇太極也意識到自己繼續打下去已經沒有好處了，所以對於葡萄牙方面的求和他就坡下驢，他對葡萄牙傳教士表示善意並且表示願意和談，葡萄牙傳教士立刻明白皇太極的意思，於是他們回去後立刻告知穆裡尼奧說和談有望，而穆裡尼奧也立刻聯系上祖大壽表示可以進行和談，關寧軍其實對跟滿清和談本身也並不抵觸，畢竟死要面子活受罪的也只有崇禎罷了。

　　而祖大壽的關寧軍政權見滿清方面態度軟化就派人溝通，就這樣最終三方在經過眾多拉扯後最終在蓋州達成了和平協議， 大明和滿清雙方約定繼續以錦州寧遠為邊境線，同時在關寧軍的要求之下，皇太極答應滿清不在渤海去設置海軍，但是作為回報大明要給滿清提供大量的糧草，此外在葡萄牙的斡旋下他們宣布在寧遠和錦州進行長期停戰。

　　穆裡尼奧則答應葡萄牙歸還滿清他們所佔領的遼南領土，但是作為回報葡萄牙可以派傳教士前往滿清傳播天主教，同時滿清還要對葡萄牙方面開放貿易，並且葡萄牙還從滿清獲得旅順作為租借地，而祖大壽為了感謝葡萄牙的幫助給了葡萄牙治外法權和天津塘沽作為租借，就這樣葡萄牙獲得了很大的貿易利益並且拓展了他們的貿易路線。

　　除此之外魯國公孔有德也在戰後獲得了很多利益，關寧軍給他提供了很多錢糧和物資進行獎賞，而更重要的是這次尚可喜率領魯軍跟隨穆裡尼奧屢破清軍，這個戰績極大的鼓舞了魯軍上下的士氣，畢竟此前他們出身東江軍跟清軍作戰很少能討到便宜，而在此之後魯軍則把目光放到中原，孔有德想之後打著討伐農民軍的旗號向中原擴張，為此他開始跟孫可望等農民軍別部聯系。

　　至此大明和滿清的戰爭算是告一段落，祖大壽和吳襄聲稱關寧軍取得巨大的勝利，當然他這麽說也沒有任何人敢於質疑，畢竟事實就是關寧軍擊退了清軍的入侵，為此關寧軍的威望算是達到頂點，祖大壽也算是以此堵住了朝廷內部對他的質疑，從此朝廷內部基本上再也沒有推翻關寧軍的可能性，而在經歷了直隸遇襲的情況後，關寧軍意識到他們必須確保河南的穩定。