擔任總督直隸的三千營提督祖寬親自率領神機營提督陸澄，保定總兵劉國柱，河間總兵彭友謨，真定總兵牟文綬五路明軍主力全面出擊，很快他們就打得在直隸南部活動的農民軍各部是全線崩潰，八大王張獻忠帶著本部殘兵敗將逃走，但是深知張獻忠危害的祖寬命令各路明軍去全力追擊張獻忠，很快張獻忠就被迫帶著麾下殘部逃入大名府。

　　此時張獻忠的情況已經窘迫到了極點，他之前幸幸苦苦重新集結的老營再次崩潰，而且由於這次張獻忠遭遇了擁有大量騎兵的關寧軍追擊，這導致他根本無法擺脫明軍的追擊，最終甚至連他的義子劉文秀和艾能奇都被明軍騎兵打散，他們倆雖然對張獻忠也算是忠誠，但是經過這次慘敗他們也不敢繼續在直隸跟關寧軍交戰，他們只能帶著跟隨他們的殘兵逃亡河南。

　　張獻忠見明軍來勢洶洶本來也想回河南，結果此時小袁營投靠明軍的噩耗傳過來了，此前袁時中就一直想要被大名朝廷詔安，陸澄得知這個情況後立刻說服祖寬詔安袁時中並且任命他為彰德總兵，袁時中本來覺得自己能在之後當上參將就很滿意了，所以他得知關寧軍任命他為彰德總兵非常高興，他立刻帶著小袁營宣布歸順朝廷並且封鎖了大名府，他還趁機起兵俘虜大量逃亡河南的農民軍殘部，更重要的是這下張獻忠退入河南的計劃泡湯了，劉文秀和艾能奇見狀只能逃到開封府。

　　面對明軍的窮追不舍張獻忠決定要向東竄入山東，為此他命令義子李定國率部到東昌府接應他，李定國見狀趕緊率領本部人馬向東昌府挺進，然而此時張獻忠的行動已經被魯國公孔有德所部發現，孔有德立刻判斷李定國肯定要出兵跟張獻忠會和，此前他一直在計劃抓住李定國指揮的農民軍精銳，但是魯軍的追擊始終被李定國主力甩開，這次孔有德立刻集結麾下魯軍直撲李定國。

　　李定國見狀只能率部硬著頭皮前去應戰魯軍，孔有德先命令魯軍步兵列陣跟李定國部展開交戰，魯軍步兵裡有部分魯軍主力和近衛軍士兵，但主要還是狂熱的山東天主教民兵，他們雖然訓練不太好但是作戰意志非常的狂熱，李定國率領麾下精銳拚死抵抗菜勉強擋住魯軍步兵，結果此時孔有德率領近衛騎兵和魯伊上校率領的葡萄牙軍隊突然從兩翼殺出，孔有德本來就是遼東將領自然很熟悉騎兵，結果很快李定國所部農民軍直接被毫無懸念的打崩了，孔有德率領麾下魯軍各部連續追擊四十公裡，魯軍直接把李定國直接趕出了山東，經過此戰李定國的精銳損失殆盡已經無力進入山東。

　　於是張獻忠進入東昌府後直接遭遇了孔有德親自率領的主力軍隊，面對孔有德麾下的近衛軍騎兵農民軍瞬間全面崩盤，張獻忠急忙帶著衛隊殘余想要繼續逃竄，但是孔有德的近衛騎兵卻窮追不舍，最終魯軍近衛騎兵把張獻忠的殘部包圍在了丘縣，張獻忠之後多次率領士兵突圍但是都沒有能成功，而且孔有德對他的請降信也毫無反應，畢竟張獻忠的惡名已經是路人皆知了。

　　最終孔有德出動紅衣大炮炸毀了丘縣城牆，魯軍士兵立刻瘋狂殺入城中發動進攻，而張獻忠最終也在丘縣裡面死於亂軍之中，他的首級被近衛軍士兵割了下來，至此橫行天下十幾年的張獻忠戰死，張獻忠死後孔有德把俘虜的張獻忠殘部全部處死以泄憤，然後他還調集魯軍直接開始前去反攻河南，由於聖戰的號召魯軍天主教教徒士兵都非常狂熱，他們在淇縣，胙城，封丘，蘭陽打著消滅異教徒的旗號開始大肆展開了屠戮，結果有數萬農民軍俘虜遭到他們無情的處決，而大量民眾紛紛逃到彰德府尋求歸順朝廷的彰德總兵袁時中的庇護。

　　張獻忠被殺的事情很快震動了整個中原，在直隸和山東活動的農民軍見狀紛紛意識到敗局已定，於是他們立刻全都向河南方向逃跑，結果他們遭到了明軍和魯軍的追擊，大批農民軍遭到明軍殲滅，很快農民軍殘部投奔彰德總兵袁時中並希望他能說動朝廷接受他們投降，而與此同時由天主教徒組成的魯軍以聖戰的名義處決了他們抓到的全部農民軍俘虜。

　　魯軍的殘暴行為很快就讓整個河南都陷入恐慌之中，甚至關寧軍政權都派使者出使濟南希望勸說魯國公孔有德能夠盡快收手，而耿仲明和王子登等魯軍將領也紛紛勸說孔有德行事不要過於的極端，畢竟要是孔有德繼續這麽魔怔下去，這會導致魯軍日後進軍河南的行動非常的困難，而孔有德也從被農民軍暗算的憤怒中逐漸清醒了過來，於是他很快又轉而號召教徒要以傳播福音為主。

　　張獻忠死後他此前直轄的部眾基本也分崩離析，目前他的兩個養子李定國和孫可望還手握重兵，而李定國此前被孔有德重點打擊導致麾下的人馬損失慘重，所以他只能撤到衛輝府裡面去苟延殘喘，但是由於他此前差點率部擊殺孔有德，而且之後還在積極的前去援助張獻忠，這就讓李定國很快積攢了不小的聲望，除此之外李定國為人也是寬厚義氣，這讓張獻忠的余部紛紛前去投靠他。

　　在這種情況下李定國很快集結了上萬張獻忠殘部，而這些士兵大多是隨軍轉戰多年的老營殘部，這彌補了李定國之前在山東折損的本部精銳人馬，就這樣李定國開始率部在衛輝府和開封府去活動，關寧軍任命的彰德總兵袁時中忌憚李定國的實力，所以他主要就是背靠直隸組織兵力開始防守轄區， 畢竟關寧軍之所以讓剛剛投降的袁時中出任總兵，就是打算讓他成為日後關寧軍進軍河南的橋頭堡，所以他們只是要求袁時中在河南北部區充當屏障，因此袁時中就坐視李定國在南方擴張自己的實力。

　　孫可望在得知張獻忠敗亡的消息後也想要趕緊撤入河南，但是魯軍總兵耿仲明和王子登從徐州府和兗州府出兵前來追擊，孫可望於是親自率領精銳士兵殿後狙擊魯軍的追擊，並且他還多次利用伏擊擊退了魯軍各部的追擊，魯軍各部見孫可望所部如此難打就紛紛繞開孫可望去打其他農民軍軟柿子，就這樣孫可望成功的保住了麾下的主力軍並撤入汝寧府。

　　至此孫可望在河南東南部的汝寧府立足，但是讓他感到非常不爽的是，明明他在山東保存了主力並且屢次擊退了明軍，但是張獻忠余部卻大多投奔李定國，這仿佛李定國菜是張獻忠的正統繼承者，在這種情況下孫可望很抵觸給李定國當部下，於是他開始跟周圍的其他勢力進行去接觸，於是他開始允許魯國和西班牙的傳教士進入汝寧府傳教，並且孫可望通過這些傳教士在暗地裡跟魯國和談。

　　除此之外張獻忠的養子劉文秀和艾能奇則進入開封府活動，但是他們的威望和實力都不如李定國和孫可望這兩個實力派，所以他們無法召集多少張獻忠的舊部，而且他們也沒有實力攻佔開封城作為自己在中原的立足之地，而且他們也不想去投奔跟自己同為張獻忠樣子的李定國和孫可望充當小弟，在這種情況下劉文秀和艾能奇只能帶著部眾四處遊蕩混飯吃。