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　　「我的未來，由我決定！」
　　21世紀中葉，日本關東地區發生了史無前例的強烈大地震，日本政府力圖振興打造了全新的空中首都——亞特拉斯。這座位於東京上空、以新首都之姿屹立的13層巨大空中都市，由高科技碳材料製成的驚人巨型支柱支撐，裡頭交通便捷、四季分明，完全不受任何氣候異常的威脅。
　　然而，地面上居民卻因政府惡魔般的森林化政策被驅離家園，財力不足而無法移居新首都的住民，只能在已暖化成熱帶氣候的險惡環境與暴雨、熱帶性傳染疾病對抗。在此情況下，對日本政府心生不滿的反抗軍「金屬世紀」應勢崛起，在新任超強女子高中生總裁北條國子的帶領下，誓言奪回他們應有的居住空間！
　　同一時間，森林化惰勢一發不可收拾，樹木一一化身貪婪猛獸，不斷蠶食東京僅存空間，21世紀日本為求環保引致建國以來最大危機！而亞特拉斯建設計劃背後更隱藏著一個欺瞞世人五十年之久的巨大祕密，現在即將一口氣爆發，並將反抗軍首領北條國子完全捲入其中，徹底改變她和全東京人口的命運！