神創造了世界，於是有了萬物，又創造了萬物之靈，人。
不知從何時起，神明消失，大地出現鬼怪的身影，以人為食，且沒有天敵的鬼自此勢力日漸壯大，自此世間魔影縱橫，怨靈交錯，生靈塗炭。
為了消滅鬼怪，世界上出現了一種人。他們的體內擁有神創造人時留下的一絲神性，借此窺得天機，修得包羅萬象的卦卜和神秘莫測的咒語，驅邪除魔、斬妖滅怪，他們自稱陰陽師。
此後，鬼怪回到鬼界，陰陽師居於陰陽界，世界的秩序得以平衡。
時間如白駒過隙飛快流逝，陰陽界現任四位府主反叛，奪走《百鬼夜行》。為了拿回這本書，陰陽界發生翻天覆地的變化。